馬政府經兩年多清查，發現民進黨自二零零零年至二零零八年執政期間，正副「總統」及歷任正副「總統府秘書長」等十七人共收到約三點八萬份文件，當中百分之九十三未交回建檔，涉及文件超過三點六萬份，涉及「外交」的則多達二點五萬份。其中陳水扁在任內收到一點四萬份公文，竟只有四份文件歸檔。而有藍營「立委」憶述，「總統府」於二零零七年十二月在預算中，新購置五十七部、每部逾四萬元新台幣的專業碎紙機，懷疑扁政府早有預謀銷毀公文。此前，特偵組曾在陳水扁辦公室等多個地方，搜出逾千份自「總統府」攜走的機密文件。而失蹤的文件中，有「外交」、「國防」與情報等重要文件，其中包括「國家安全局」日報、周報、專報、國安內參考，相關資料如果外洩，對「國家」安全與「國家」利益有重大傷害，除「監察院」要求刑事追究之外，中國國民黨「立法院」黨團昨日也決定，推動「總統」職務交接法制，將國民黨「立委」呂國樟等人於「立法院」本屆第一會期（二零零八年三月）提出的《總統副總統職務交接條例（草案）》列為為黨團的優先法案，並持續推動。

自蔣介石撤逃台灣地區之後，台灣歷任「總統」共計有十二任五人。其中當過四任的蔣介石去世後，依「憲法」規定由「副總統」嚴家淦繼任；當過兩任的蔣經國於任內逝世，由「副總統」李登輝繼位；因都是在國民黨政權內發生，故並未真正踐履過政權交接。唯有在二零零零年政黨輪替後，李登輝將職務移交給交民進黨的陳水扁，才有了政權交接的「初體驗」。當時，李登輝對於職務交卸，慎重行事，指派「總統府」秘書長丁懋時與張俊雄對口。但陳水扁對於交接過程卻未盡滿意而耿耿於懷，他在《世紀首航－－政黨輪替五百天的沉思》一書中說，「政權移交絕對是一個大難題，不要說我們沒經驗，國民黨那邊也沒經驗，這是台灣歷史上第一次，政府並沒有建立一個政權移交的制度，也沒有政權移交的清冊，幾乎所有的人都不知從何做起。我們只能說，這次的政權移交是『良心移交』，不是『制度移交』，是『口頭移交』，不是『清冊移交』」。陳水扁在該書中又說，「除了『國家安全會議』沒有完整的檔案資料外，包括『總統府』、行政部門都不是那麼配合」，「現在想起來，我們都還會捏把冷汗。掌握『國家安全』最重要的『國安會』，有些重大的事情，在移交時竟然連一份會議紀錄的檔案都沒有，我們完全不知道過去『國安會』做了甚麼？碰到過甚麼問題？當時如何危機處理？」「有一句西諺說：『無知讓人恐懼』，這是我們在政權移交時碰到的真實狀況。『國家』安全和兩岸、『外交』緊密相連，這種交接空白對治理『國家』來說是非常危險的事，對我們也做成很大的壓力。我們現在將所有大小檔案全部建制化，就是為了要對歷史負責。」

然而，在八年之後，陳水扁雖然確是將檔案都整理好了，但在政權交接時，卻仍然是「口頭移交」，連「良心移交」也說不上。因為他把所有重要的文件或是用碎紙機「處理」掉了，或是私自帶走了。若不是他因身涉貪腐案被捕判刑，更不是因他的「卸任總統禮遇金」被依法取消，使其「卸任總統辦公室」難以運作下去，私自帶走的文件無處放置而遭曝光，還不知甚麼時候才能被揭露。

為此，早在二零零八年國民黨獲得「立委」、「總統」選舉雙勝利後，國民黨團曾嘗試將「總統」職交接推向法制化，而於「立法院」第七屆第一會期，即二零零八年三月二十六日，提出《總統副總統職務交接條例》草案，並在司法及法制委員會通過了初審。但因陳水扁所涉「國務機要費案」中的「國家機密」問題，在朝野欠缺互信基礎下，無疾而終。國民黨也為避免引發「一黨獨霸」譏評，而不了了之。現在，針對陳水扁將「總統府」文件私自帶走一事，國民黨「立法院」黨團決定繼續推動《總統副總統職務交接條例》草案，並將之列為黨團優先法案。

《總統副總統職務交接條例》草案的「案由」指出，有鑑於台灣民主政治在歷經十多年的民主過渡後，遂於二零零零年「總統」選舉首次出現政黨輪替，而進入民主鞏固階段，台灣民主政治已逐漸步入常軌。政黨輪替本是民主運作與政黨政治的常態，未來台灣地區政權依定期選舉結果而更迭的現象亦將形成常態。但台灣民主政治在發展中，尚未臻成熟。可能因選舉過程過分激烈，造成社會極端對立，執政者或者落選者不願意接受選舉結果而採取激烈手段，破壞民主、法治，以致政權移轉、職務交接無法順利，造成「國家」社會動蕩。為免除「總統」、「副總統」當選人及社會大眾對政權和平移交的疑慮，確有必要將政權交接法制化。為建立政黨輪替的政權和平轉移制度，鞏固民主政治及維護「總統」、「副總統」當選人的安全並得以完成就職前的準備，以確保「國家」的安定及國務的銜接，爰提出《總統副總統職務交接條例（草案）》。

《總統副總統職務交接條例》（草案）共十一條條文，其適用對象、時間為經「中央選舉委員會」公告當選之日起，至宣誓就職日為止的「總統」、「副總統」當選人。「草案」規定，「中選會」公告「總統」、「副總統」當選之日起七日內，應成立「總統副總統交接委員會」，設委員長一人，委員十人，由「總統」當選人指派委員長，委員則由現任「總統」與「總統」當選人各推派二分之一名額，現任「總統」推派未足額者視為放棄。

在「政府」人事凍結方面，現任「總統」、「副總統」未連任者，自「中選會」公告新任「總統」、「副總統」當選人之日起，至其離職止，不得於「中央」行政機關內任用或遷調公務人員；「行政院長」及其所屬各部會首長，也不得於「中央」行政機關內任用或遷調公務人員。

「草案」建議規定，「總統」、「副總統」當選人自公告當選之日起，除「立法院」已通過的法律、預算及「政府」經常性支出外，新增之重大政策、國際條約及特別預算均應凍結。至於與聞國政方面，「總統」、「副總統」當選人可就「中央」行政機關主管業務，要求提供資料或作說明。

「草案」也明定「總統」交接應移交事項，其中包括未辦或未了之重要案件、印信及有關「國防」、「外交」、兩岸及情報之特殊檔案等，逾期不移交或移交不清，若涉及刑責，應移送檢調機關偵辦。

根據「草案」規定，「總統」、「副總統」當選人應受一定禮遇及保護，所需要的車輛、人員由主管機關協調相關機關支應，且自「中選會」正式公告日起，可成立臨時辦公室辦理就職前準備事項，並可調用人員辦事，被調用人員若是公務人員，應依法令借調，交接期間結束後歸建原職。至於「總統」、「副總統」當選人臨時辦公室的員額編制及經費，「草案」規定由主管機關定之並編列預算支應，於「中選會」公告當選之日起三天內撥付，並依法定程序核銷。