在馬英九成功連任後的黨政職位大調整中，前「立法院」副院長、中國國民黨副主席曾永權接替另有任用的伍錦霖出任「總統府」秘書長，看來是馬英九在未來四年為爭取實現國民黨永續發展戰略，為其協調處理好黨內外關係，及推動兩岸關係和平發展縱深進行的一枚活棋甚至是高棋。
曾永權的離開「立法院」，表面上看，是因為他此前已連續兩屆獲國民黨提名並當選為不分區「立委」，按國民黨相關內部規章規定，在剛舉行過的第八屆「立委」選舉中已不得被再次提名為不分區「立委」候選人（王金平也是已連續出任兩屆不分區「立委」，但國民黨中央專門為他度身訂做修改內規，規定現任「立法院長」不受此限，而此「王金平條款」卻未能惠及「立法院」副院長曾永權），而他倘若返回其家鄉屏東縣參選區域「立委」，一方面因為屏東縣政治版圖綠大於藍，另一方面更因為「立委」選舉已改制為「單一選區兩票制」，再加上曾永權已疏於選區服務，因而根本不可能當選，也就不能再獲國民黨安排參加「立法院」副院長選舉。而海基會董事長江丙坤發動組織大陸台商返台投票有功，也不可能為了按原計劃安置曾永權而換掉江丙坤。因此，籍著伍錦霖的「另有任用」而讓他出任「總統府」秘書長，作為對在「總統」大選中出任馬英九競選總部執行總幹事而立下汗馬功勞的曾永權的犒賞，就是一個合理的安排。當然，伍錦霖的「另有任用」，更可能是為了安置曾永權而必須挪出位子。
其實，早在馬英九第二次競選國民黨主席時，曾永權就已擔任過其競選總幹事，積極為馬英九輔選，從受馬英九委託領取參選表格，到綜理選戰事務性工作，主持決策會議，協調企劃、文宣、活動、選情、動員等各小組工作，確實掌握選情，監督全局，都親力親為，確立了其「馬系」的色彩。尤其是馬英九這次參選黨主席，因為是只有一人參選的「等額選舉」，躺著選也能篤地當選，但馬英九為了使自己的「黨意基礎」更為厚實，希望能夠衝高投票率和得票率，而按照選戰經驗，往往是各位參選人勢均力敵時，戰況必會激烈，吸引大多數選民出來投票；如果選舉結果一早就是「大局已定」，許多選民都會認為「反正必能當選，少我一張選票無所謂」，投票率和參選人得票率都不會很理想；故而馬英九為了塑造自己「黨望所歸」的形象，就要委請一位有力的總幹事來統籌協調全局。而曾永權時任國民黨副主席和「立法院」副院長，也曾任國民黨「立院」黨政協調工作會主任，協調功力一流，因而確實是在動員協調黨內各山頭、各地地方派系勢力等方面發揮了關鍵作用。
在「總統」大選中，馬英九又委任曾永權出任「台灣加油讚」的執行總幹事，襄助總幹事金溥聰。去年金溥聰率團訪美時，因金溥聰不具官職，美方難以提供相應禮遇，曾永權就以「立法院」副院長身分扮演團長，讓訪美團「師出有名」；曾永權原曾打算提前返台，但金溥聰在「兩岸和平協議」等兩岸議題發言遭到批判僭越，連帶遭質疑其訪美身分時，曾永權當下取消提前返台計畫，繼續「帶團」全程陪同金溥聰，發揮「最佳救火隊」角色。另外，曾永權在開拓南台灣票源方面，也有戰功，因而應當獎賞酬庸。而按體制，「總統府」秘書長相當於「五院」副院長，這與曾永權曾任的「立法院」副院長職級相等，但卻更接近中樞權力中心，更足證他受到馬英九的高度信任。
這些表面原因當然是有其理由。但在馬英九強調自己「有歷史評價壓力」，昨日又進一步強調在國民黨的永續發展層次上也有「連任壓力」，因而在此次黨政大調整中甚為重視「世代交替」的情況下，仍然委任已經六十五歲的曾永權出任「總統府」秘書長，應是還有其他更重要的戰略意圖及功能考量：
其一、是要借重曾永權的嫻熟協調能力。「總統府」秘書長是」總統府」此一幕僚機關的首長，也具有「總統」幕僚長的職能，必須具有較高的協調能力。
而曾永權曾長期身兼俗稱「大黨鞭」的國民黨政策會執行長，在民進黨執政的藍綠激烈惡鬥中，曾永權指揮國民黨團，貫徹封殺阻擋民進黨的各式提案，驍勇善戰；尤其是當時沸沸揚揚的三項軍購案，每週都由曾帶頭封殺，替藍軍立下汗馬功勞。但是，曾永權的身段卻很很軟，廣結善緣，更以脾氣好著稱，就算是在「立法院」議事協商較為緊張的時期，被黨籍立委吼個兩句也都能若無其事。他與「立法院長」王金平配合默契，王金平主持朝野協商，曾永權則主持議事，在兩人分工合作下，「立法院」第七屆任期通過八百多個法案，也讓人見識到曾永權耐操、耐磨、耐煩的超級功力。 他在與在野黨團協商中，及對無黨職「立委」關心的地方建設或是所屬委員會的法案，也不吝分權，總是把法案的議事主導權交給專業「立委」，讓議事運作更有效率。而在新一屆「立法院」中，將面臨「立法院」將有兩個新黨團加入，議事運作更需協調溝通能力的新情勢。因此，讓在人際關係和黨務等領域很有經驗，以圓融、有耐力特質見長的曾永權出任「總統府」秘書長，與林益世、林中森形成府院黨鐵三角，可以看出黨政高層急欲強化三方聯絡關係，並協調好黨內外的關係的急切心理。
其二、是要曾永權作為馬英九與連戰、吳伯雄及王金平等元老之間的橋樑。連戰和吳伯雄先後出任國民黨主席時，曾永權作為國民黨中常委及政策會執行長，是連戰和吳伯雄的得力助手，因而被視為「連家班」人馬，並因由吳伯雄主席任命為副主席，又被視為「吳伯雄的人」。曾永權在出任「立法院」副院長時，與王金平院長親密合作，因而與王金平的關係也不錯。因此，馬英九對曾永權的重用，等於是向連戰、吳伯雄、王金平等黨內元老「致敬」，並應可透過這座「橋樑」溝通及改善與他們的關係。
其三、是要曾永權在推動借助兩岸關係和平發展中發揮特殊作用。在此之前，「總統府」主管兩岸關係事務的是副秘書長高朗。現在高朗的借調期滿，必須返校教書，而接替其職務的羅智強的兩岸關係經驗不足，因而就將使「總統府」缺少兩岸關係的人才。而曾永權的兩岸關係經驗豐富，曾長期擔任國民黨大陸台商服務協調小組組長，在海協兩會恢復協商之前，曾經常以此身份到北京，就台商權益保護及「台商包機」事宜與國台辦協商，因而在大陸台商中具有很高的威望。他還曾多次跟隨連戰、吳伯雄訪問大陸，也曾多次參加兩岸經貿文化論壇，並代表國民黨致辭，與代表中共致辭的賈慶林關係良好。更重要的是，曾永權曾作為中國國民黨政策會的主委，在世紀突破的「胡連會」中，是國民黨先遣工作組的召集人，參與撰寫「胡連會」《兩岸和平發展共同願景》，及安排連戰「破冰之旅」的行程。曾永權出任「總統府」秘書長，就必能以其豐富的經驗，襄助馬英九推動兩岸關係既積極又穩健的發展，甚至是有所突破，落實執行「胡連會」《兩岸和平發展共同願景》中的「促進終止敵對狀態，達成和平協議」的共識。