橫琴新口岸實施的安檢方法存在嚴重問題，從此經過的旅客經常因遭多度安檢而與安檢人員發生言語衝突。旅客經過安檢通道，即使安全門沒有發出警報，安檢人員也要進行人身檢查，包括每天出入此口岸的澳門各大學的師生等所有的旅客都被認為具有人身危險性。在進行人身檢查時，不僅用金屬掃描器掃描一遍身體，還進行搜身，要求旅客打開雙臂，安檢人員把手插入領子中摸、手插腰帶內摸、手摸褲兜、手摸褲腿，甚至還要求把兜裡的錢包拿出來打開檢查；不但對旅客進行面對面的人身安檢，而且還要求旅客轉過身來對背後進行安檢。同樣屬於珠海市的拱北口岸的安檢主要是對旅客的隨身行李進行檢查，原則上不對旅客人身進行安檢。橫琴口岸的安檢方式比澳門機場都嚴格，在澳門機場，乘客過安全門沒有警報，就不再進行人身檢查。如果從保障安全的角度來說，涉及飛行安全的澳門機場和每天過關人數是橫琴口岸幾十倍的拱北口岸應該執行更為嚴格的安檢方式，但實際上的情況恰恰相反。
　　在口岸設置安檢是必要的，也是有法律依據的。《中華人民共和國反恐法》第三十四條規定，大型活動承辦單位以及重點目標的管理單位應當依照規定，對進入大型活動場所、機場、火車站、碼頭、城市軌道交通站、公路長途客運站、口岸等重點目標的人員、物品和交通工具進行安全檢查。雖然在口岸、地鐵、港口等地方設置安檢有法律依據，但如何進行安檢並沒有統一的規範，屬於自由裁量權的範圍。而橫琴口岸的檢查方法，明顯涉嫌濫用自由裁量權，在保障安全的同時，也已經產生了較大的負面影響。
　　首先，橫琴口岸的安檢措施已經明顯違反了行政法上的比例原則，並涉嫌侵犯了過往旅客的人身權，特別是人格尊嚴。行政法上的比例原則包含適當性原則、必要性原則和狹義比例原則三個子原則。其中，妥當性原則是指所實行的措施必須能夠實現行政目的或至少有助於行政目的達成並且是正確的手段。也就是說，在目的—手段的關係上，必須是適當的。在能達成法律目的諸方式中，應選擇對人民權利最小侵害的方式。換言之，已經沒有任何其他能給人民造成更小侵害而又能達成目的的措施來取代該項措施了。即行政權力所採取的措施與其所達到的目的之間必須合比例或相稱。橫琴口岸的安檢一些過度方式，顯然是不必要的，明顯違反比例原則中的必要性原則。
　　其次，因一想到過橫琴口岸安檢就有抵觸情緒，一些居住在橫琴的澳門居民以及在澳門上班的內地居民準備不再居住在橫琴。為此，他們要付出更多的生活成本或降低居住條件，這也直接影響橫琴在為澳門居民改善居住條件作用的發揮。此外，有的在橫琴上班的澳門居民也會因此過度安檢方式不想再去橫琴。習近平主席曾指出設置橫琴新區的初心就是為澳門產業多元發展提供條件，他對橫琴的建設非常重視，曾多次到橫琴考察指導。如果澳門居民因為橫琴口岸的過度安檢而不願意到橫琴工作（投資），不知道橫琴新區是否還能發揮為澳門產業多元發展提供條件的作用。
　　再次，中共中央、國務院頒佈的粵港澳大灣區發展規劃是鼓勵澳門居民融入內地，橫琴口岸的過度安檢不僅涉嫌侵犯過往旅客的人身權，而且不利於中央推進大灣區融合的政策。此外，橫琴是粵澳深度合作區，即將由珠海與澳門實行「共建、共管和共用」，如此的過度安檢明顯阻礙合作目標的實現。
　　希望有關部門能夠儘快干預此事，依法規制橫琴口岸的安檢方式，對於旅客過橫琴口岸安檢通道，如果安全門沒有警報，原則上就不再進行人身檢查。
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