蔡英文與賴清德的交接工作機制已經於本月十九日啟動並舉行第一次會議。在隨後幾天，尚未見對籌備交接工作有何頭緒，卻突然傳出民進黨高層開始內部討論「特赦陳水扁」的議題，並聚焦三個可能方向，包括蔡英文在卸任前宣布「特赦」、賴清德就任後宣布「特赦」，及將陳水扁、馬英九、蔡英文三人的案件打包一併處理，乾脆一次「大赦」，展現企盼朝野和諧態度。
  其實，對於「特赦陳水扁」的議題，蔡英文與賴清德是抱有不同態度的。蔡英文由於與民進黨前輩的「戰鬥情誼」不深，加上其個人還算較為自潔清廉，因而只是爭取陳水扁的「司法程序正義」，卻並不同情甚至是反感陳水扁的貪賄事實。因此，在其將近八年的任期內，多次頂住民進黨內「特赦陳水扁」的強烈訴求，甚至連其「姊妹淘」陳菊也「冇面俾」。
  而賴清德則不同，雖然他也並非是民進黨的創黨前輩，但畢竟入黨的時間很早，因而與老一輩民進黨人的感情及關係較深，尤其是受到「台獨大佬」們的左右，而這些人是堅決主張「特赦陳水扁」的，因而他也就「隨波逐流」甚至是「領導輿論潮流」。因此，在二零一九年民進黨「總統」黨內初選時，不少民進黨人要求蔡英文和賴清德獲勝後「特赦陳水扁」，面對蔡英文的「顧左右而言他」，賴清德則是正式表態「阿扁應該要得到特赦」。不過，在這次「二零二四」大選的過程中，賴清德反而沒有碰觸「特赦陳水扁」的議題。
  基於此，如果交接機制真的要討論「特赦陳水扁」議題的話，蔡英文一方可能會「推卸」給賴清德。但賴清德一方卻可能會要求蔡英文在卸任前宣布「特赦陳水扁」，這讓就可令賴清德在上任後避免遭受在野黨批評。畢竟，蔡英文是「多數總統」，而且其任期即將結束，因而「拼死無大害」。而賴清德因為是「雙少總統」——不但是其本人的得票率未過半，而且民進黨的「立委」議席也是少於在野國民黨。在此情況下，倘若賴清德在就職後宣布「特赦陳水扁」，可能會遭到在野勢力的強烈抨擊，施政更為舉步維艱。
  如果雙方僵持，可能會「中間落墨」，由賴清德宣布，對陳水扁、馬英九、蔡英文三人所涉的案件實行「大赦」。畢竟，馬英九也是官司纏身，除了是「馬王政爭」中的洩密案外，還有「賤賣國民黨三中案」、「國發院土地交易等黨產案」、「富邦併北市銀案」、「大巨蛋圖利遠雄案」等四大案，仍在北檢偵辦中或是法院審理中，因而也是勤跑法院。可以說，馬英九則是繼陳水扁後，第二位被判有罪的「卸任總統」。蔡英文也身負「論文案」等案件。如果是以「打包」方式處理「一風吹」，來自在野勢力的反對聲音可能較低。
  然而，「特赦」和「大赦」是兩個不同概念。按照台灣地區「憲法學」權威謝瑞智博士所撰著的《法律百科全書‧憲法卷》詮釋，「特赦系對特定刑事犯，於判決確定後，免其刑之執行。其情節特殊者，得以其罪刑之宣告為無效，謂之特赦。特赦之效力僅消滅其刑，非消滅其罪，故必須明令宣告復權而後才可恢復公權。如再犯罪時，構成累犯。」由此觀之，「特赦」的最基本先決條件，是「判決確定」，亦即終審定讞罪名成立。
  而「大赦」則是指「總統」針對全島性的特定罪行行使赦免權，其罪行在法律上完全消滅，就算再犯也不算累犯。至於「特赦」，則是「總統」對「特定已受確定判決的刑事罪犯」，免除其刑罰，但罪行並無法在法律上消滅，如果再犯，將成累犯。而且更重要的是，不管是要「免除其刑」（不用關），或是「罪行無效」（沒有罪），先決條件是都必須是「受罪刑宣告之人」，也就是「有罪的人」。
  而按照《赦免法》規定，陳水扁並不符合「特赦」的要件。這是因為，其一、「特赦」必須是針對已判決定讞的案件實施，對於仍在審理之中的案件不能干涉，否則就是「總統」破壞司法權獨立，在台灣地區「五權分立憲政體制」下，屬嚴重「違憲」，「總統」甚至有被「監察院」「彈劾」的可能。而陳水扁被控涉嫌犯下十多宗貪污案，至今有龍潭洗錢案等四案三審定讞確定有罪，辜仲諒等兩案無罪，另外有「國務機要費」等六案正在審理中。即使是賴清德或蔡英文有意「特赦」陳水扁，也只能是先行特赦其已被法院三審定讞的龍潭案等四案；至於其他正在審理的六個案件，只能是每逢有罪定讞一案才能特赦陳水扁一次，直到「扁案」全部結束為止。但問題是，現在陳水扁正「保外就醫」，按規定倘被告患有重病（這是獲批准「保外就醫」的最基本依據），法院不得開庭審訊。因此，除非是陳水扁返回監獄服刑，法院才具有條件開庭審訊。因此，陳水扁的申請「保外就醫」，其實是弄巧反拙。
  其二、正如前述，「特赦」只是免其刑，並沒有免其罪，因而即使是陳水扁獲得「特赦」，但其貪污罪名仍然「揹」在身上。而按台灣地區法律規定，凡犯貪污罪者不得參加各種政治公職選舉，也是等於被判處政治死刑。當然，「大赦」是既免其刑更免其罪，這是陳水扁最希望能夠得到的司法救濟方法。但「大赦」針對不特定多數的人和事，「特赦」則針對特定的人和事；「大赦」的程序比較複雜，「特赦」的實施則相對簡單得多。倘是為了陳水扁一人而實行「大赦」，全台灣地區正在服刑的各式犯人，都將立即獲得釋放，而且不留「案底」，對社會的負面影響極大。