「任務型國大」複決通過「修憲案」後，陳水扁當即宣佈，將正式啟動「第二階段憲改」。為此，將加速籌組「憲改委員會」，廣邀各界參與，凝聚全民共識、新的「國家共和體」意識，為子孫寫歷史。他還表示，期盼在卸任「總統」前，能為台灣催生一部合時、名身、合用的「新憲法」。這部「新憲法」將在新一任「總統」就職時實施。
「第二階段憲改」，修改什麼內容？「總統府」秘書長游錫（方方土）前日透露了其中的一些內容，包括是「總統制」還是「內閣制」，「三權分立」還是「五權分立」，省府是否繼續存在，公民權是否下降至十八歲，募兵制還是徵兵制等。似是為了消除人們的疑慮，游錫（方方土）還特地表示，「第二階段憲改」不會涉及「國號」、「統獨」、「領土」、「主權」等全民共識較低的部份。游錫（方方土）昨日又表示，「總統府」幕僚已開始規劃「二階段憲改」的方式、步驟，預計一個星期內可以研究出來。
如果陳水扁確是要在其「總統」任期結束前再次啟動「修憲」，完成二零零六年「修憲」、二零零八年實施「新憲」的計劃，那麼，就會創下在十六年的時間內，連續八次「修憲」、平均每兩年一修的「健力士紀錄」。而按政治學和憲法學的理論，頻密修憲，應是屬於政局混亂、憲政基礎不穩定，甚至是發生憲政危機之下的異常現象。而目前台灣地區並未發生「憲政危機」，但卻頻頻「修憲」，這除了是由於現行「憲法」是於「國民政府」統治整個中國的一九四七年時頒行，確實不適應現時「中華民國」的治權僅限於台澎金馬的客觀實際情況，有必要使兩者之間相適應的實際需要之外，也與當事者要藉「憲改」來實施「法理台獨」以至「憲政台獨」的圖謀有密切關連。
實際上，李登輝時代的「修憲」，將「總統」產生由「國大」選舉改為全民直選，就是為了凸顯「主權在民」──在台澎金馬地區的二千三百萬人民，而要把「主權」及於中國大陸的「中華民國」，與中國大陸割裂開來，從而為其「特殊兩國論」製造「憲政依據」。而李登輝的第六次「修憲」及陳水扁的「第一階段憲改」，聯手廢除了「國大」，也是要與原「中華民國憲法」所設計的「憲政體制」「告別」。因此，依此邏輯思路，我們也就不難看出，盡管台灣當局聲聲句句聲稱「第二階段憲改」不涉及「國家定位」問題，但其徹底改變現行「中華民國憲法」政制設計，以至「修憲」的方式等，都將會是實質性的「憲制台獨」了。
實際上，盡管從表面上看，「第二階段憲改」的修改內容，雖然只是圍繞著屬於「內政」事務的政制設計兜轉，確實是並未觸及到涉及「國家定位」的第一至第六條的內容，但不可不知的是，從「中華民國憲法」的體例上看，如果將現行「五權分立」改為「三權分立」，就勢必會觸動到現行「憲法」對「行政」、「立法」、「司法」、「監察」、「考試」等五權都分別設有專章的體例，並將之推倒重來，另立新「憲」，並不是象目前在「憲法」本文附列「增修條文」的「修憲」方式，就可解決得了的。在此情況下，這已與「制憲」無甚區別了。也由於前日「任務型國大」複決通過的「修憲案」規定，今後的「修憲」複決程序，是由「國大」執行改為由全民公決，故兩者結合起來，也就等於是另一種形式的「公投制憲」。
據曾奉李登輝之命撰寫「憲法增修條文提議案」文本的台灣憲法學專家謝瑞智博士送贈筆者的《活用憲法大辭典》一書所示，憲法修改的方法有兩種：其一是全部修改，亦即依舊憲法所規定的修改程序，制定新憲法以廢止舊憲法。如一九四六年日本國憲法雖依明治憲法的修改程序而制定，但其憲法的根本精神已經變更〔將天皇主權改為國民主權〕，故此類修改亦被稱為破壞憲法的革命行為。其二是一部修改，即變更憲法中之一部分規定，其方式有二：一是憲法肯定之修改，即變更憲法中部份規定，而不影響憲法的根本精神者。二是憲法否定之修改：又分為〔一〕量的修改；即修改憲法大部份條款，致喪失憲法原有之根本精神。〔二〕質的修改：即修改憲法其中一小部份之重要條款，而推翻憲法的根本精神，又稱重點修改。〔三〕削除條文：削除憲法中特定條文。〔四〕追加條文：在不廢止憲法原有條文下，增補新條文。〔五〕禁止修改：永遠禁止憲法某一條款或某一部分修改。〔六〕期限修改：即規定憲法非經一定時間不能修改，或每隔若干時間必須修改。
而陳水扁所提「第二階段憲改」的內容，很明顯就完全符合「憲法否定之修改」中的「量的修改」及「質的修改」的要件，即修改「憲法」大部份條款，致喪失「憲法」原有之根本精神，及修改「憲法」其中一小部份之重要條款，而推翻「憲法」的根本精神。因此，盡管「第二階段憲改」仍是屬於「一部修改」，並未觸及到「國家定位」的問題，但由於它已從「量」和「質」的方面，對「憲政體制」進行了重大修改，而致喪失了「憲法」原有之根本精神，甚至是推翻了「憲法」的根本精神，這已是「憲法否定之修改」，實質上已是「不叫制憲的制憲」。也就是說，以表面上不涉「國家定位」的「修憲」來作掩飾，進行推翻「憲法」根本精神的「制憲」。
這也正是陳水扁為何要搶在其卸任之前，完成「第二階段憲改」的重要原因：他仍未放棄要當「台灣國父」的「歷史定位」，或是是突破兩岸關係和「台灣國父」兩個可為他建立「歷史定位」的機會，都要同時緊握在手，不肯輕易放棄。至少是在其中一個可能的機會不能實現之下，也可實現另一個機會。
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