北京向台灣人民送出的「台灣農產品輸銷大陸」及「台灣水果零關稅輸陸」大禮，受到台灣民眾尤其是中、南部農民、果農的熱烈歡迎，台灣當局再也不能以「統戰」或「投共賣台」之類的「紅帽子」來壓制。尤其是在年底縣市長選舉即將進行，而中、南部農民、果農又構成民進黨的「大票倉」的情況下，台灣當局更需小心應對，避防作為民進黨當局政權重要群眾基礎的農民、果農「變心」。因此，「行政院長」謝長廷在陳水扁默許之下，不得不公開宣佈將以複委托方式，指定「外貿協會」與對岸就水果輸陸問題進行談判。

表面上看，台灣當局是順從了民意。但實際上仍是製造政治障障，至少是不愿見台灣水果輸陸問題能夠順利解決，或是實施步子走得太快，致使喪失主導權及監控權。實際上，「外貿協會」是台灣當局的半官方機構，是在當年世界各主要西方國家紛紛與中國建交的情況下，台灣當局以「外貿協會」這個「白手套」向這些國家拓展貿易的推廣機構，其本身並不經營進出口業務，其具體工作是：協助台灣出口業者組團外出訪問，推銷產品或舉辦展覽、展銷，溝通內外業者聯繫，發佈廣告，創辦《台灣貿易機會》周刊等。台灣當局指定「外貿協會」與大陸磋商農產品輸陸問題，而拒絕由已在水果本銷和外銷方面建立了通路的台灣省農會來擔任這一角色，還以「法律制裁」來進行恫恐，這很明顯是要把兩岸農產品貿易設定在「準國際貿易」的定位上，以販賣「一邊一國論」的私貨，並順道向北京示以「顏色」。──大陸方面在連戰、宋楚瑜訪陸期間，正式邀請台灣省農會就台灣農產品輸陸問題進行協商。

台灣當局阻撓台灣農產品輸陸的用心，從「經濟部」和「農委會」分別向「立法院」經濟及能源委員會提交的《台灣農產品銷往中國大陸最新情況及因應措施》報告中，也可窺見。實際上，「經濟部」在「報告」中就聲稱，由於關稅與進口增值稅兩者都屬於大陸海關實施之邊境措施，故中國大陸若片面給予台灣特定產品優惠待遇，將有違反「關稅與貿易總協定」一九九四年第一條「最惠國待遇原則」之虞。「經濟部」的「報告」還指稱，依據世界貿易組織《食品安全檢驗與動植物防疫檢疫措施協定》〔SPS〕第二條規定，「WTO」各會員應保証檢驗檢疫措施之實施，且應基於科學原理，若無充分科學証據即不應維持該措施。「經濟部」認為對岸對農產品檢疫開放清單不透明作法，以及缺乏法源基礎而直接宣佈台灣特定農產品免徵關稅的權宜作法，對台灣農民利益並無保障，隨時有片面禁止台灣水果進口或是提高進口關稅的可能……云。

為此，「經濟部」「報告」的「結論」部份聲稱，「經濟部」仍希望兩岸能夠在「WTO」架構下研議此案。由於檢驗檢疫問題長久以來都是全球農產品貿易最主要的非關稅貿易障礙，以「WTO」相關協定作為台灣農產品出口到中國大陸的法律保障，是避免大陸當局日後片面以檢驗檢疫為由，限制台灣蔬菜水果及農畜產品售至當地的最妥適作法。唯有如此，一旦中國大陸單方面以檢疫因素不預警停止台灣農產品進口，或是突然取消給予台灣水果優惠關稅待遇，台灣才能平等地在「WTO」要求中國大陸說明理由，甚至進行諮商，「政府」也才能透過國際機制維護島內農民與貿易業者應有的權益。

「農委會」可能由於其本身是主管農業的行政單位，較為了解農民的利益所在，故其「報告」也就比「經濟部」務實得多，正面評估台灣農產品輸銷大陸議題，指出未來台灣輸往中國大陸的農產品以優質高價值之產品為主，以滿足中國大陸大都會地區高消費水準民眾之需求。「胡連會」及「胡宋會」後，中國大陸方面所釋出的加強台灣農產品輸銷中國大陸之訊息，為目前台灣農產品諸多外銷市場之商機之一，惟亦應審慎評估其具體作法與對台灣農業可能帶來之長遠影響，以保障台灣農民權益，維護台灣農業永續發展。

然而，「農委會」的「報告」同樣也主張在「WTO」架構下商談台灣農產品輸陸問題。但與「經濟部」的主張是按「WTO」的規定進行商談所不同的是，「農委會」以有效保障台灣農民之權益為由，主張在由雙方政府對政府或由政府同意之方式進行諮商，獲致結論之後，以文字通報「WTO」，其內容應包括：〔一〕零關稅之產品項目應予明訂，另中國大陸國內加值營業稅減半徵收亦應具體明確訂定其稅率。〔二〕所提台灣農產品通關、檢驗、檢疫便利措施，應包括審批制度綑綁、簡化入境檢疫〔驗〕及通關程序、核價等之具體作法。〔三〕提供台灣水果順暢行銷管道，包括代理商制度、促銷活動、專賣店、後續進貨訂單等。〔四〕將目前對十二項台灣水果准入之模式，擴大進口品目至其他水果、花卉及蔬菜，以及農漁畜產品及加工品。

「農委會」的「報告」還主張，為提升台灣水果之競爭力，並保障農民權益，對水果外銷中國大陸，除強化該會已輔導果農及貿易商共同建立之優良供果園供貨體系外，並將整合農民、農民團體及貿易商成立台灣水果外銷中國大陸之對口機構，負責商情蒐集、貿易洽談、下單採購，以及於中國大陸主要消費都市辦理宣傳促銷活動等，以建立台灣水果外銷中國大陸之出口秩序。

另外，為因應台灣農產品銷往中國大陸後，可能遭遇之商業糾紛，「農委會」建議透過「陸委會」及海基會協調建立商業仲裁機制，協助農民團體或貿易商解決相關之貿易糾紛問題。與此同時，為避免台商赴中國大陸進行農業投資，導致台灣優良農業科技與品種流入中國大陸，以及產品回銷影響台灣農業發展，該會將大部份島內具技術優勢或生產仍多之農產品列為赴中國大陸投資「禁止類」項目，並將加強赴中國大陸農業投資案之審查機制，避免農業技術外流。