素有「新潮流戰略之神」之稱的「國家安全會議」秘書長邱義仁接掌民進黨縣市長選舉操盤兵符，已獲証實，也引起曾吃過邱義仁選戰怪招大虧的中國國民黨的高度關切。馬英九主席前日質疑，全世界有哪個民主國家，是把國家安全顧問〔國安會秘書長〕拿來作地方選舉的操盤手的？馬英九還質疑說，聽說邱義仁閱讀許多拉法葉案的機密資料，「我們怎知道他閱讀這些資料時，是用國安會秘書長身份，還是地方選舉操盤手的身份？我們怎能確定，他會不會用這些資料來打選戰？」

馬英九的質疑，固然是有其理由，但這還是從本性為「不沾鍋」的馬英九所看重的「行政倫理」及「政治道德」的層次，來批判陳水扁與邱義仁的踐踏「國安系統」應當保持行政中心的原則的。其實，邱義仁總綰民進黨縣市長選戰兵符對國民黨選情的衝擊，並非是在此層次，而是厚道的馬英九所不具有的選舉怪招。實際上，由於邱義仁常常是不按牌理出牌，而令藍軍措手不及，防不勝防。在二００四年「總統」選舉過程，正當「連宋配」選情一片大好之際，邱義仁提出了「割喉割到斷」戰術，組織了嚴密及穩、準、狠的「割喉戰」，並附以「公投綁大選」戰略，使到陳水扁的當選看好度逐步攀升。最後更搭上了「兩顆子彈」，而使選情一夕翻盤，陳水扁以微弱多數得以驚險連任。

因此，在「總統」選後，藍軍便在「三．一九抗議潮」中，將其中的一個抗議矛頭對準了邱義仁，質疑他在請假出任陳水扁競選總部執行總幹事期間，在「槍擊案」發生後卻在尚未「銷假」的情況下就以第一時間返回「總統府」召開「國安會議」，宣佈啟動「國安機制」，是混淆了民間與官府的角色。而陳水扁的競選搭檔呂秀蓮則更是直接質疑邱義仁就是「槍擊案」的策劃者，目的是利用「總統副總統選罷法」未對「副總統」候選人死亡是否須中止選舉作出規定的漏洞，設計把她弄死後，既不用停止「總統」選舉，又可激起泛綠支持者的悲憤及危機意識，出來投票給陳水扁，是以她的「生命來換取陳水扁的選勝」。

不管「槍擊案」是否就是邱義仁的傑作，但他利用「總統府」秘書長的身份擅自召集「國安會議」〔按：此是「國安會」主任委員亦即「總統」的職權〕，並貿然啟動「國安機制」，卻是起到了將「槍擊案」對陳水扁勝選的有利因素予以最大化的作用。僅此，就可知邱義仁確是懂得「選舉政治學」及「選舉權謀學」，將其原理發揮到淋漓盡致。而按照常規選舉套路打選戰的藍軍，往往被他不按牌理出牌的戰法，打到頭昏眼花，不知所措。即使是原先佔有選情優勢，最後也被他打翻在地。

目前的情況與二００四年「總統」選舉有點相似，也是在選舉競選活動啟動前，藍軍的選情看好；也如同「總統」選舉時，陳水扁的選情因陳由豪「爆料」及吳淑珍的「內幕炒股醜聞」而陷入低迷那樣，民進黨的選情亦因「TVBS」及邱毅「爆料」及民進黨被揭發高捷弊案及陳哲男「不假出境參賭」而陷於低潮。也正在此時，邱義仁奉召出任總操盤手。而他一接綰兵符，就立即制訂了「火燒全台，各個擊破」戰略，及「百分之十八優利存款改革」、「揭弊案」、「反親中」等三項議題，全面出擊。從台北縣的「永洲案」，台中縣的「濫發電玩牌照案」、台中市的「詐領退休金案」，到彰化縣的「台鐵計軸器案」、南投縣「盜採砂石案」，以圖重新凝聚綠營選民對國民黨」黑金」的同仇敵愾。而「火燒全台，各個擊破」戰術運用的結果，果然是成功地使部份選民的關注焦點從高捷弊案中轉移出來，也使部份縣市的國民黨候選人的選情受到打擊，最少也是拉近了藍綠候選人的距離。因此，有輿論評論說，「永洲弊案」等弊案，是民進黨射出的「第三顆子彈」。

值得注意的是，以往邱義仁掌綰民進黨選戰兵符，雖然並未辭去其本兼各職，但也是辦了請假手續，才進駐民進黨的選戰總部的。但這次卻一反常態，並未請假，亦即等於是在設在「總統府」大樓內的「國安會」辦公室內操盤選戰。而「國安會」是台灣地區各情治機關的「總司令部」，掌握大量情報機密，包括各地情報員、調查員分別呈報給「軍情局」、「國安局」、「調查局」的有關藍軍候選人「污點」的情報。因此，邱義仁在未請假的情況下為民進黨操盤選戰，不但是不符行政中立原則，而且更使其實施「火燒全台，各個擊破」戰術時，就將會更為得心應手、如魚得水，那些不利於藍軍候選人的情治資料，將會成為邱義仁手中的又一次「兩顆子彈」，置藍軍候選人於死地。

然而，「針無兩頭利」。盡管陳水扁在民進黨選情危急時關鍵時刻徵召邱義仁「出山」，確是有利於扭轉民進黨的選情，從而使陳水扁可以避過「提前跛腳」的厄運，但卻又因此而讓在「總統」選後因陳水扁顧忌鋒芒畢露的「新潮流系」而形同被「打落冷宮」的邱義仁，又找到了吒叱風雲的舞台，並得以坐大勢力。甚至促使「新潮流系」與民進黨主席蘇貞昌真正「結盟」，建立起民進黨內實力最大的派系山頭，從而打破陳水扁刻意營運的「恐佈平衡」。當蘇貞昌不再顧忌陳水扁的心理感受，敢於與「新潮流系」結盟之後，不但將會令到陳水扁「挑選接棒人」的主導權受到衝擊，而且也很可能會使民進黨陷入「實質分裂」──分裂成「蘇派」和「扁派」兩大派系，說不準羅文嘉、段宜康的「新民進黨」之說，就會得到應驗。