《內政部入出國及移民署組織法》於去年底三讀通過後，「內政部」正積極籌備，再過幾個月便可以掛牌運作。此後，號稱「天下第一大部」的「內政部」之下，就一共有五個「署」級機構：警政署、入出國及移民署、役政署、營建署、消防署。而目前的入出境管理局，則是警政署轄下的次級機構。也就是說，入出境管理局將脫離警政署，並「升格」成為與警政署同級的機構。

然而，新成立的入出國及移民署，並不單純是由入出境管理局整體「升格」而成，而是以入出境管理局為主體，整併「僑委會」管轄的華僑証照服務，「內政部」戶政司的移民業務，警政署航空警察局及各港務警察局的証照查驗業務，警政署及地方政府的外僑管理業務，並「接收」上述各相應機構的員額指標。

據負責入出國及移民署籌立事宜的「內政部」次長簡太郎指出，入出國境事務是「國家主權」象徵之一，世界各主要國家都設置專責機構，很少將入出境業務放在警政機關之下。且入出境管理局的位階也太低，提升至「署」的層級較符合世界潮流，並可統一事權，提升行政效率。加上近年外籍與大陸配偶、外籍藍領或高科技勞工來台衍生的問題日漸複雜，也凸顯了成立入出國及移民署的重要性。

據《內政部入出國及移民署組織法》規定，該機構的業務重點包括加強外來人口停居留管理；建構面談查察機制，有效遏阻假結婚；制定完善移民政策，加強移民輔導；整合建立完善的資訊網絡；建構難民認定、庇護及安置制度；使收容所法制化，擴大收容量等。

值得注意的是，該「組織法」將過去主管機構所主管的業務，由入出「境」改為入出「國」，帶有濃厚的「兩國論」或「一邊一國論」的意涵。這是因為，入出境台灣地區者，不但有大量的外國人，而且也有為數不少的大陸和港澳地區人士，包括前往台灣地區參訪、旅遊、探親、勞務，及依親定居的人士，其中有的是大陸地區各部門的官員。按道理，他們是在同一個國家的不同境域之內進行跨境流動，不應被視為「入出國」。但台灣當局將這部份人士的入出境台灣地區稱之為「入出國」，很明顯就是要凸顯「台灣大陸，一邊一國」。

另外，按照原先的《行政院組織法草案》，「行政院」屬下的部、會、署，將進行大幅度的壓縮、合併，連「陸委會」也差點要被撤銷。但現在卻又是要製造多一個「署」級機關，可能與此方向背道而馳。屆時「行政院」改革方案定案之後，「入出國及移民署」可能也會被列入「整併」、「刪砍」的對象，就將使現時的籌立工作，白忙一場。

「立法院」在三讀通過《內政部入出國及移民署組織法》之前，已於一九九九年五月十四日三讀通過《入出國及移民法》。據前入出境管理局局長曾文昌指出，該法具有如下幾個特點：一、提升法律位階。將分屬於不同機關〔單位〕掌理的業務，如本國人及外國人的入出境管理；停留、居留及永久居留管理；移民輔導；機、船長及運輸業者之責任等相關業務，予以整合規範於《入出國及移民法》，以提升法律位階，俾資取得限制在台無戶籍國民入境居留及設籍的法律依據。二、確立移民政策，落實移民輔導。明定台民移居外國，「政府」應予以保護、協助、規劃及輔導，並得以國際經濟合作投資、獎勵海外投資、農業技術合作等方式辦理集體移民，或輔導民間團體辦理。其次經營移民業務的營利機構，必須具備一定條件與專業人員，經主管機關許可設立方能經營，以提升其服務品質，確保移民消費者權益。三、賦予執法人員司法警察權，遂行維護「國境」安全。為有效管理入出境及移民業務，明定賦予主管機關所屬辦理入出境或移民業務人員，於執行查輯非法入出境或移民犯罪調查職務時具有司法警察權。四、加強外籍人口停留及居留管理，確保「國家」安全。為適度管制外籍人口，明定主管機關得衡酌「國家」利益，依「國家」、地區擬訂居留、永久居留及定居之數額；申請居留或永久居留者，除未滿十四歲者及駐華外交人員外，應按捺指紋錄存；外國人經許可在台灣居留或永久居留的查察登記事宜；對於舉發違反本法規定事實經查証屬實給獎勵之等規定，以落實外籍人口停留、居留之管理。五、建立外國人永久居留制度，達到人流暢通目標。配合發展台灣成為「亞太營運中心計劃」人流暢通的重要目標，明定外國人或居住台灣地區設有戶籍國民之外國籍配偶或子女在台灣合法連續居留達一定期間，並符合一定要件者，得申請永久居留，以彰顯「政府」重視居住台灣境內外籍人士之權益。六、建立單一窗口服務，落實」政府」再造目標。目前入出境及移民事權分散，造成民眾洽公不方便。「內政部」積極籌設「入出國及移民署」，規劃將「僑委會」、「內政部」戶政司、「警政署」外事組、外事警官隊、境管局、航空警察局、台灣省政府警政廳及所屬各港務警察所暨省〔市〕、縣〔市〕警察局外事科、課等機關「單位」掌理之入出境管理、証照查驗、外籍人口之停留、居留及定居管理、移民輔導及國籍行政等事權，予以整合建立單一窗口服務，以達到提高行政效能及簡政便民的「政府」再造目標，落實「主權在民」之民主理念。

由此可見，《入出國及移民法》，也是凸顯了「兩國論」及「一邊一國論」。