就在中國與梵蒂岡的關係可能會發生變化之際,曾因李登輝、陳水扁據位而沉寂一時的台灣天主教會,再次活躍起來。其主要的表徵,主要是體現在天主教台灣地區教會主教鄭再發於四月二日就中梵建交問題給全台神職人員及教友發出一封公開信,及天主教台灣主教團由鄭再發領銜於四月下旬發表了題為《天主教會台灣地區主教團關懷社會公開信》的牧函,信中以嚴厲的措詞,批評台灣的政治人物尤其是陳水扁當局。台灣天主教會的這一鮮明政治態度,值得大陸宗教行政主管部門以至統戰工作主管部門密切關注。
鄭再發四月二日在致發台灣地區各位神父、修女、修士及教友兄弟姐妹的公開信中,針對他們對中梵建交問題的「疑惑與不解」作出解釋,指出中梵建交一事,每二至三年就會被炒熱一次。這次再被炒熱,有可能馬上建交,但也有可能會拖很久。但如果成功了,那也是天主的意思,「因為時候到了」。因為相信教廷已經看到了即將來臨的二零零八年奧運將在北京舉行,通常舉辦國都會在此時釋放出許多的善意,尤其是和平的動作。為此,梵蒂岡也得把握機會來讓中國開放!對此,鄭再發強調,「我不願意只是告訴各位教廷的態度而已,也是我們台灣教會面對中梵關係的時候了」「我誠心的相信天主不只降福中國大陸的教會,同時也會以相等的愛,來看待我們台灣教會的每一分子」。
盡管鄭再發在這封公開信中,鼓吹梵蒂岡對海峽兩岸「雙重承認」,聲稱中梵建交後,大使館會遷到北京,但台北的「大使館」仍然保留它的功能,依然有教廷的代表處理教會的事務,充其量只是回到一九五二年以前的情況而已,但他對中梵建交的樂觀其成,及對中國就中梵建交開出的教廷必須與台灣斷交的條件,並不持異議,卻是明顯的。而他針對中梵建交的議題,盡力安撫台灣地區神職人員及教友的用心,更見彰顯。盡管他以「梵蒂岡從來不與人斷交」來作安撫,但卻又暗示中梵建交後教廷大使館將會遷到北京。他還語重心長地勸告台灣地區的神職人員和教友:中國大陸有至少一千三百萬教友,而台灣地區只有三十萬教友,至今也許只有二十六萬,「但我們更清楚地也捫心自問,到底有沒有十萬教友進教堂?」以此來說明大陸的教友更需要梵蒂岡,而教廷也因此而更應與大陸建立正常關係。
如果說,鄭再發的這封公開信,是在中梵建交問題上安撫台灣地區的神職人員和教友,並未超越教會內部事務的範疇,並是以個人名義作「兄弟姐妹般」的閑話家常的話,那麼,由鄭再發於四月下旬主持的天主教台灣地區主教團例行春季大會,罕見地以「牧函」的方式所發出的公開信,嚴厲批評台灣的政治人物「欺瞞掩飾,以口號代替政策,以意識形態作為善惡忠奸的判準,讓無權可依、無勢可倚、無法可行、無錢可活的百姓,自陷絕苦而難以自救」,及嚴厲批評台灣當局「對外勞的不當方式與態度,對外籍配偶的歧視、排斥,與移民法規的未盡完善。卡奴問題、金控弊案、詐騙、自殺等事件,造成人心浮動,社會不寧」,呼籲台灣當局要「尊重人的價值與尊嚴,秉持上天賦予人的基本良知與善念,在正義、真理內,全面地調整、規劃與落實」,則是明顯的「干政」了。值得注意的是,民進黨的大本營--台南、高雄、嘉義的教區主教,也共同聯名簽署了這封「公開信」,而鄭再發本人更是在台南教區主教任內晉升為台灣地區教會主教的。為此,有台灣媒體驚呼:在教廷與中國大陸、台灣的關係曖昧不明的時刻,天主教台灣地區主教團的這封「公開信」,「格外令人矚目」。
台灣天主教會的政治態度之所以「格外令人矚目」,還體現在它與台灣地區基督教的最大教會--基督教長老會的政治態度出現強烈反差。不要說,基督教長老會長期以來充當了「台獨」的大金主及大後台,就說是在天主教會發表上述兩個「公開信」的同時,基督教長老會卻也發表了一封「公開聲明」,表態支持陳水扁「終統」,並將此「公開聲明」張貼在其網站的首頁位置,以示其「重要文件」地位。
實際上,基督教長老會與「台獨」組織的關係非比尋常,早在「戒嚴」時期,它就發表了「應有主張台灣獨立之自由」的政治主張,其領袖高俊明還因直接捲入「美麗島事件」而被捕判刑。一些「台獨」組織或有「台獨」傾向的團體,如「新國家聯盟」、「台灣政治受難者聯誼總會」、「台灣國際關係基金會」、「台灣人公共事務會台灣總會」、「台灣人權促進會」等,都是由該教會參與組織成立,或由該教會直接派人進行控制的。而民進黨領導層中也有不少人如張俊宏等也是基督教長老會的成員,民進黨屬下的「主權獨立運動委員會」就是在這些 民進黨人的主導下而成立運作。
相比之下,台灣天主教會的政治態度,則較為傾向於並支持中國國民黨,既反共,又反「獨」。在近年則隨著兩岸民間交往的日益發展,要求當局盡速訂定主動的、周全的,以中國之統一為目標的大陸政策,經由經濟的整合而達成統一。主張積極支持兩岸民間的接觸與對話,特別是文化、學術、文藝、宗教、體育等方面的交流。在開放兩岸文化交流範圍中,促進兩岸宗教界人士的交往,而不必擔心大陸的統戰作法。
既然北京對兩岸佛教、道教的交流花了不少心力,極力促成佛祖指骨舍利及媽祖金身訪台,拉近了兩岸佛教、道教信徒的感情,那麼,鑑於台灣天主教會一向主張兩岸統一,尤其是在「國共論壇」舉辦前後,再次活躍起來的情況,也宜因勢利導,鼓勵兩岸天主教會進行民間交流,以結成兩岸天主教教友反「獨」促統的共同陣線。