由於在二零零八年的台灣地區領導人選舉中，幾乎已經確定是由中國國民黨主席馬英九代表泛藍各政黨出戰民進黨提名的候選人，而且贏的機會甚高，故馬英九的政治立場，兩岸政策及個人特質，也就成了第十五屆「兩岸關係研討會」所關注的一個熱點。除了台灣大學政治系名譽教授張麟徵的論文《台灣政局前瞻－－簡論馬英九的機遇與挑戰》，福建省亞洲問題研究所所長曾建豐的論文《馬英九兩岸政策評析》，及南京大學台灣研究所副所長劉相平的論文《馬英九大陸政策主張辨析》，系統、全面地進行分析之外，其他的與會學者專家 ，也分別在其論文中或分組討論中，對馬英九的方方面面有所談及。
曾建平對馬英九兩岸政策的評價持正面態度，認為馬英九承認「九二共識」，堅持「一中憲法」；主張「維持現狀」，反對「台獨」；主張兩岸「極終統一」，目前不追求「急統」；主張兩岸建立「新互動關係」，推進兩岸交流對話；強調「立足台灣」，堅持「台灣優先」原則。但劉相平的論點則不盡是全盤肯定，在肯定馬英九主張兩岸通過對話、談判，簽訂協議，緩和兩岸緊張局勢的同時，又對馬英九的一些表面看來似是頗為正面的口號提出質疑甚至是批判。如承認「九二共識」，但卻將其內容解讀為「一中各表」；推動大陸民主化，謀求「三民主義統一中國」；「維持現狀」卻將「現狀」界定為「四不一沒有」；極力主張台灣的未來應該由台灣人民來決定，並將「台獨」也列為台灣人民的選項之一；提出「活絡模式」，希望台灣更多地參與國際活動；及主張穩定台灣與歐洲、日本、東盟國家的關係，強調加強與美國的關係，借助國際力量來推動大陸「民主化」。
曾建豐還從理論上分析馬英九的兩岸政策思維，指出其具有以下主要特徵：首先是傳承性，馬英九傳承了國民黨對兩岸政策的基本立場與主張。從馬英九堅決維護「中華民國憲法」、鮮明的「反共」、「反台獨」立場以及「三民主義統一中國」等論述，可以清楚地看出其思想體系仍保留著蔣經國時代「反獨反共黨國體制」的痕跡。對當前兩岸事務的立場、觀點，馬英九又基本上繼承了前主席連戰的立場與主張，可以說是「連規馬隨」。連戰「和平之旅」開啟了國共兩黨以及兩岸交流的新平台，馬英九接任黨主席後，基本上按照連戰的的既定政策「走下去」，繼續推動兩黨交流與兩岸關係的發展。在國民黨「十七全」大會上，馬英九正式就任國民黨主席，就將連戰訪問大陸時與胡錦濤總書記達成的五項共同願景，列為國民黨政策綱領中的第一項行動綱要。馬英九在兩岸政策中反覆強調的「五要」主張，其內容也基本上與「五項共同願景」相銜接。
其次是策略性，馬英九兩岸政策具有很強的服務於政治現實的策略性。馬英九的兩岸政策是現實政治環境的產物，又必須服務於現實政治需要，因而具有極強的策略性。馬英九肩負「帶領國民黨贏回執政權」的歷史使命，又受限於當前台灣社會「藍綠對峙、統獨對立」的現實政治環境，尤其是在二零零八年選舉之前，為了爭取「中間選民」的支持，避免被扣上「聯共賣台」或「急統」紅帽子，他不可能像連戰那樣無所顧忌地表達自己「聯共制台獨」的立場。馬英九在論述兩岸政策的觀點與主張時，顯然試圖能夠兼顧「接近大陸」和「立足本土」兩個方面。如「終極統一論」，在明確表達國民黨的終極目標是統一的同時，又不得不顧及所謂的「主流民意」或「民主精神」，聲稱：「台灣的未來有很多可能的選項，不論是統一、獨立維持現狀，都必須由人民決定」，甚至以所謂的「訴諸民主為兩岸統一必備前提」等借口，宣稱「統一沒有時間表」、「最務實的選擇是維持現狀」。
其三是獨創性，馬英九兩岸策也有不少個性鮮明的論述與主張。「終極統一論」、「六四不平反、統一不可談」、「大陸不民主、台灣不談判」、「大陸不撒彈、台灣不談判」、不信任「一國兩制」政策、認為《反分裂國家法》沒有必要等論述，都是馬英九標誌性的口號。此外，馬英九還試圖為國民黨創立一套「立足台灣」的「本土新論述」。馬英九通過國民黨先驅與台灣的淵源關係，建立「先連結台灣才有中國」的歷史論述，來證明國民黨不是外來政權，反而與台灣的關係非常密切，強調國民黨沒有理由自外於台灣，國民黨與台灣的命運密不可分，並把建立「新台灣文明」和建立「民主、和平、新台灣」作為國民黨政治路線。
為此，曾建豐認為就目前觀察，馬英九以「五不」、「五要」主張為核心內容、以「維持現」為核心思想的兩岸政策已現雛形，國民黨內對此也有高度的共識，未來馬英九或許會提出一些新的、更有創意的主張，但已經形成的基本政策主張與論述不會出現重大變化或調整。馬英九已經較成功地塑造出國民黨處理兩岸問題的穩健形象，當前國民黨是島內最重要的「反獨」、「遏獨」力量，如果二００八年國民黨重新「執政」，兩岸關係勢必出現一番新的景象。首先，是馬英九不會扮演「麻煩製造者」的角色，而將會做一個負責任的「和平製造者」，促進兩岸關係朝著和平穩定雙方向發展。不過，曾建豐亦指出，兩岸和平統一仍將是一條漫長的道路，兩岸關係發展也將面臨一些現實的難題。但總體而言，馬英九以「維持現狀」為核心思想的兩岸政策，將有利於兩岸關係朝向和平穩定的方向發展，這既符合當前島內民眾「求和平、求穩定、求發展」的主流民意，也符合大陸維護台海「和平穩定」、抓住「和平發展」戰略機遇期加快發展的總體戰略，同時還符合以美國為代表方亞太地區國家維護「地區和平」的戰略利益。可以說，馬英九的兩岸政策找準了當前各方利益的最大公約數。
張麟徵則對馬英九的個人特質，進行分析和批判。她指出，就馬英九本人而言，他有幾項人格特質是正面的。馬溫文儒雅，長相英挺，為人誠懇，行事中道，外語流利，相對較年輕，親和力足，是魅力型的政治人物。尤其是其個人操守，清廉自持，絕無緋聞，在時下這些貪腐的政治人中，確實是鶴立雞群。但是馬英九也不乏負面的人格特質。馬缺乏臨機決斷，掌握機勢的能力。馬是太平歲月中成長的政治人，在治世是一流政治人才，在亂世卻未見得能從容決變。他對「三•一九槍擊案」、「三•二七群眾運動」、選舉弊案的反應顯然都錯判形勢。他太執著於台北市長的身份，搞不清事件的法律性與政治性，所以會以低層的違反交通、噪音、秩序等法則，來處理像「三•二七」這樣重大的政治事件。
另外，馬英九欠缺人和，整合能力也不佳。馬自視頗高，與宋楚瑜一向有瑜亮情節。黨主席一役，馬又同時得罪了連戰與王金平。連戰退出實際政治運作，專心經營兩岸關係，不與馬計較，還時授機宜。但是王金平對選戰時的恩怨耿耿於懷，對馬頗有芥蒂。王與綠營的曖昧交往，與宋楚瑜的相互拉拔，不僅對馬頗有威脅，對國民黨也極其不利。
張麟徵認為，馬英九在識人之明上也有待提升。所謂物以類聚，馬團隊及其智囊多半是馬同構型頗高的人。這些人與馬英九一樣，欠缺對國民黨傳統價值與理念的信心，立場搖擺，謹小慎微，害怕變革，沒有挑戰綠營論述的能力。立場與想法不同的人很難見容於這個團隊。同構型高，好處是容易溝通，較少爭執，但也意味看法想法囿於一隅。另外，馬英九重小節而沒有大方向、大格局。馬英九對公文、講稿都親自閱讀刪改，小到用詞、標點符號都要改。馬英九每天行程滿檔，運動不懈。這都很好。但是他有足夠的時間思考嗎？偉大的政治領導人需要沉淀、思索、孤獨，否則忙得像陀螺，就會失去方向感，格局也很難提升。馬英九在人格特質上有這麼多有待去除的瑕疵，支持度在一年來也跌了三成，應該自省檢討。
（北京專電）