繼陳唐山與邱義仁對調，許惠祐接任「國家安全局長」這一波人事異動之後，陳水扁身邊的第二波人事異動，隨即進行。「總統府」昨日宣佈，陳其邁將接任「總統府」副秘書長，而現任「總統府」副秘書長的劉世芳則轉任「國家安全會議」副秘書長，現任「國家安全會議」副秘書長的王西田則調任「國家安全局」政務副局長。這一波人事異動案將於二月十二日起生效。「總統府」公共事務室主任李南陽表示，這是配合「總統府」秘書長調整後所做的人事異動。
陳水扁對「總統府」所作的連續兩度人事異動，「選舉」考量的跡象越來越明顯。當然，也含有交叉輔助、牽制的意思，防止某一種勢力的坐大。這是陳水扁在「四大天王」間進行「恐怖式平衡」之餘，又在「總統府」與「國家安全會議」之間進行「恐怖式平衡」。
當然，重用陳其邁，更是具有補償、犒賞、護扁、制衡等多種意圖。在「補償」方面，既是要補償陳其邁的父親陳哲男，也是要補償陳其邁本人。實際上，陳哲男原本就任「總統府」副秘書長，並在其任內，為陳水扁聯繫和協調工商巨賈、黑社會勢力等方面，起到別人不可替代的作用。但是，卻因捲入多宗案件而黯然辭職。現在陳水扁不顧陳哲男正遭受司法審判、懲處的不利境況，仍要安排他的兒子接任他同樣的職務，除了是要對他所涉及的、被告也包括自己女婿趙建銘等司法案件表達「無聲抗議」之外，顯然也是含有要補償陳哲男「損失」的意思。
至於對陳其邁本人的補償，同樣也是源自於其父陳哲男的司法案件。本來，在前高雄市長謝長廷被任命為「行政院長」後，陳水扁隨即安排陳其邁出任高雄市代市長，並規劃他參選高雄市長。但因受陳哲男司法案件影響，而黯然下台，失去一個攀登政壇更高階的機會。現在陳水扁讓他重新出山，並安排他在身邊高升「總統府」副秘書長，也含有要補償他的「損失」的意思。
在「犒賞」方面，陳其邁雖然失去參選高雄市長的機會，但卻毫無怨言，全力為陳菊輔選，頗有「出以公心」之態。在陳水扁遭受「紅衫潮」、「罷免案」衝擊，民進黨陷入低潮，而陳菊也因其具有前「新潮流系」的背景，遭到高雄市黨內各派系抵制，因而陳菊的選情並不被看好之際，陳其邁硬是憑藉其在高雄市的豐厚人脈關係，聚攏了黨內各派系全力支持陳菊，及運用其豐富的選戰經驗，拆解了國民黨黃俊英的各種選戰招數，終於化險為夷，讓陳菊能驚險當選，守住了民進黨的「根據地」。對此重大戰績，陳水扁還以「總統府」副秘書長的犒賞。
在「護扁」方面，陳水扁既要利用陳其邁是自己的嫡系子弟兵，曾出任過「正義連線」的秘書長，忠心耿耿於自己的背景，讓其作自己的近身鐵衛軍；也是要利用陳其邁之父陳哲男的「黑金」人脈關係，繼續為自己調鼐捭闔。可以說，有陳其邁在自己身邊，就幾乎等於是陳哲男仍在擔任「總統府」副秘書長。
另外，讓陳其邁出任「總統府」副秘書長，使他可「免戰」今年底的「立委」選舉，也既是可化解民進黨在高雄市三民西選區的紛爭（民進黨另一戰將管碧玲已經預為登記在該區參選），也是避免倘陳其邁參選「立委」，但在「單一選區兩票制」下無法贏過國民黨的候選人的落敗尷尬。
在「護扁」方面，正如前述，陳其邁是陳水扁的嫡系子弟兵，對陳水扁忠心耿耿，而且也曾任過民進黨「立法院」黨團的負責職務及「行院」發言人。陳水扁就可藉此重新掌握民進黨，收回曾經下放的權力，避免被架空提前跛腳。
而在「制衡」方面，意圖更為明顯。正是因為新任「總統府」秘書長邱義仁是前「新潮流系」的大老，當陳水扁妻子吳淑珍因「國務機要費案」被起訴時，又表態支持檢方，故盡管陳水扁明知邱義仁的「忠誠」不成問題，但仍是放心不下。而將自己的嫡系子弟兵陳其邁叫來出任「總統府」副秘書長，就可起到暗中牽制邱義仁的作用，達成「恐怖式平衡」。
陳水扁把劉世芳調離「總統府」，除了是要給陳其邁騰出位置之外，也是擔心劉世芳亦是前「新潮流系」成員，倘正、副秘書長都是前「新潮流系」，盡管此二人並未參與前「新潮流系」的「改革」運動，與「十一寇」關係疏離，但始終是放心不下，故有必要將她調離「總統府」。
至於劉世芳離開「總統府」後，是到「國安會」出任副秘書長，顯然是出於邱義仁的要求。邱義仁也明白 ，「總統府」總不能「新潮流」「聚流」，劉世芳必走無疑。但既是要使劉世芳走得不太難看，不致發生當年劉世芳被「炒」掉「行政院」副秘書長職務後，就沉到底的尷尬情況，也是要讓劉世芳為自己「看好」「國安會」，構成另一層次的「恐怖平衡 」，就要迫使王西田「讓」出位子，「屈就」「國安局」副局長（按：「國安會」副秘書長的職級比部長高，享受「副院長」級的待遇，而「國安局」副局長則只是十四職等，相等於副部長）。
「趕走」王西田後，「國安會」首次實現「全綠」。亦即秘書長陳唐山，副秘書長張旭成、柯承亨、劉世芳，以至諮詢委員陳永誠、陳忠信、林錦昌、林成蔚，全是民進黨人。也就是說，原本對前朝國民黨籍情治高官依賴度很高的「國安會」，首次不再依賴國民黨籍情治人員。
邱義仁要將劉世芳安排在「國安會」，可能還有另一層意思，就要通過劉世芳繼續控制「國安會」，以保留前「新潮流系」的這一「軍機重地」。實際上，前「新潮流系」的謀略和組織能力，在民進黨內是一流的，而「國安會」的工作又帶有戰略研究性質。只要權力、不要地位金錢的邱義仁對於自己離開這個戰略研究位置，去擔任雖然地位更高，但卻偏重於行政雜務性質的「總統府」秘書長，心猶不甘也。而讓劉世芳為他「看住」「國安會」，才使他稍為放心。