台灣幾家媒體在馬英九遭起訴後進行民意調查活動，調查結果卻顯示，馬英九的聲望不降反升，逆勢上揚。《中國時報》、《聯合報》、《蘋果日報》和「TVBS」、「雅虎奇摩」等媒體所公佈的民調數字都指出，有六成多的民眾認為馬英九是清廉的，比去年十一月的調查增加了五至十個百分點；認為馬英九貪污的民眾只有二成三。也有六成多的民眾認為，馬英九應當選「總統」，並表態將會投票給馬英九；只有百分之二十二的民眾表示不支持馬英九選「總統」。另外，有七成五的受訪者認為檢方應採用相同標準檢驗綠營「四大天王」。

這就應了一句戲曲唱詞：「老百姓心中自有一桿秤」，人們對馬英九遭起訴事件的是非黑白，都了然於胸。當然，這一事件又證明，同情弱者的逆反心理，確實是一般市民百姓的普遍心理狀態。或許，正是高檢署決定起訴馬英九，才喚起主流民意社會的危機意識，凝聚了團結力，並提前結束了藍軍以至國民黨內部紛亂的分歧及利益相爭局面尤其是「王馬相爭」狀態，連一向不服氣馬英九的宋楚瑜，也表態全力支持馬英九選「總統」。這可能是高檢署及其背後的那股政治力量所始料不及的。

因此，有人以近乎謔笑的語調笑說，說不好這是偵辦「國務機要費案」起訴吳淑珍、並把陳水扁也列為潛在被告，這次也參加了偵辦馬英九「特支費案」的陳瑞仁檢察官在「用間」。尤其是以「人手不足」為由，先行偵辦馬英九所涉「特支費案」，而把蘇貞昌、謝長廷、游錫（方方土）、呂秀蓮等也有意參選「總統」的綠營「天王」所涉「特支費案」的偵辦時間往後挪移，在客觀上就將會使馬英九的案子在距離明年大選還有一年多的時間提前引爆，使之能有足夠的時間將其負面效應逐漸遞減；而「四大天王」同樣也涉及的「特支費」問題的偵辦及起訴，則拖延到較為接近大選的時間進行，屆時「四大天王」要進行危機處理，也就沒有足夠的時間。現在，民進黨已初步將「總統」黨內初選的時間訂定在五月間，倘高檢署也是以偵辦「馬案」的時間進度（去年十一月至今年二月）來偵辦此「四大天王」的案子的話，結案之日就正好是民進黨黨內初選之時，可能對他們造成的傷害比馬英九還要大。

實際上，高檢署偵辦「馬案」的品質，十分粗糙，使人讀完「起訴書」，反而從另一角度進一步證實了馬英九的清廉。這是因為，檢察官偵辦馬英九「特支費」的方向，與偵辦陳水扁「國務機要費」的角度，有所不同。偵辦馬英九的重點是不需單據報銷的那一半，但由於馬英九過於老實，過於相信制度，而被抓到「包」。相反，需要單據核銷的另一半，卻是各項支出清清楚楚，全部用作公務支出；所謂「瑕疵」，只是余文為便宜行事所為，與馬英九無關。但是，在陳水扁需要單據核銷的「國務機要費」中，卻發生了主觀犯意事實，包括搞了個「假線人」。另外，在報帳單據中，出現了一私人物品，包括「嬰兒用戶」。兩相比較，更使人信服了馬英九的清廉，並強化了對馬英九的被起訴是「政治迫害」的意識，也就更利於馬英九大打「悲情牌」。

人們對馬英九定能透過司法程序取回清白的認定，還在於檢察官侯寬仁過往起訴的案子的定罪率甚低。實際上，侯寬仁過去起訴的幾宗大案，包括周人蔘案、「太極門案」、羅福助案等，雖然在起訴時信心十足地宣稱要辦成「鐵案」，並求刑都甚重，但卻不是被法院宣判無罪，就是被法官輕判。而侯寬仁對「馬案」卻是聲厲內荏，沒有求刑，相反還要求法官輕判。這除了是連侯寬仁自己也對該案的「證據」心中有數，因而能否入罪並無信心之外，似也折射了對其在其背後那股政治勢力所施加壓力之下所作出的起訴決定，頗為無奈的心態。

實際上，「起訴書」不但是凸顯了偵辦方向的謬誤，呈現出其「欺負老實人」的司法不公，而且在具體事據上，也是漏洞百出。比如，「起訴書」聲稱，馬英九每月薪資只有十七萬，但匯給其夫人周美菁戶口的款項卻有二十萬元，這個「差額」就是「貪污」所得。檢察官似乎將馬英九薪資以外的合法收入，包括稿費，演講費等其他合法收入，都刻意排除在外。另外，檢察官也刻意混淆了「構成要件事實錯誤」與「違法性認識錯誤」之間的不同，將馬英九應被認定為無罪的「違法性認識錯誤」等同為可被視為有罪的「構成要件事實錯誤」。在法庭的控辯雙方辯論中，將很難站得住腳。

因此，從事態的發展看，馬英九的被起訴，已從「負債」轉化為「資產」，因而其從政生涯中所遭遇的最大「危機」，也即是「轉機」。只要馬團隊能準確掌握戰機，這場危機必能大步跨過。