推動「法理台獨」，這是陳水扁在其第二任「總統」任內的極終目標。由此，激發台灣地區「求和平，求穩定，求發展」民眾的堅決抵制，也導發必須履行三個「中美聯合公報」的美國政府的關切，施以「四不」壓力，當然更引發中國人民及政府的高度警覺，透過制訂《反分裂國家法》等法理手段予以反制。再加上受台灣地區「修憲高門檻」的限制，陳水扁要在其最後一個任期內以「公投制憲」方式實現「法理台獨」的目標，將難以達成。於是，他就另闢蹊徑，採用目的論與方法論相結合，追求「法理台獨」與為實施「法理台獨」大做興論相結合的手法，爭取即使撿不到實現「法理台獨」的「西瓜」，也要拾到推動「 法理台獨」過程中附加利益的「芝蔴」。
一、陳水扁推動「法理台獨」的目的及時間表
甚麼是「法理台獨」？中國社會科學院台灣研究所政治研究室主任劉紅研究員有很精闢的闡釋。他指出，「法理台獨」是指陳水扁當局在「二階段憲政改革」名義下，通過把《中華民國憲法》中象徵「兩岸屬於一國」的相關條文，修改為對「台灣共和國」的表述，在「根本大法」中完成「台獨的法源建設」，實現把台灣從中國分裂出去的圖謀。因此，「法理台獨」也被稱為「二階段憲改」、「中華民國第二共和」、「中華民國是台灣」、為台灣提供一部「合身、合用、合時」的「新憲法」，讓台灣成為一個「正常、完整、偉大的國家」等。「法理台獨」的說法有多種，性質沒有變，是在製造要把台灣從中國版圖分裂出去的惡性事變（華夏經緯網，二零零六年十二月九日《「法理台獨」的危險仍然存在》）。
陳水扁要推動「法理台獨」，關鍵是在於「公投制憲」，完成「台獨」的法源架構，亦即透過所謂體現「台灣主權屬於二千三百萬台灣人民」的「公民投票」，來徹底放棄以「五權分立」為核心的「中華民國政治體制」，並將《中華民國憲法》總綱第四條對「中華民國領土」的闡述，即組成「中華民國固有領土」的「大陸和台澎金馬」，改為由台灣當局完全控制的「現有領土」－－「台澎金馬」，從領土的角度確定「台灣獨立」，達到以「憲制」方式確定將台灣從中國的版圖上分裂出來。
陳水扁在其第一個「總統」任期之內，已為推動「法理台獨」大造輿論，包括拋出「一邊一國論」等。二零零三年九月二十八日，他在爭取連任的競選過程中，召集一批「台獨」基本教義派大老開會達成共識，並制訂了「公投制憲」的時間表：一、二零零三年十月成立「新憲法小組」（即「制憲九人小組」），規劃「制憲」方式與「制憲」推動具體時程，檢討分析現行「憲法」問題，蒐集各界對於現行「憲法」的意見，規劃學者專家諮詢名單，及「新憲法推動委員會」成立前各項準備工作。二、二零零四年六月成立「新憲法推動委員會」，徵求各政黨、民間各團體與各領域學者專家有關「新憲法」的意見，進行彙整與條文研擬，舉辦各項公共討論，預計以一年為期，於二零零五年五月提出「新憲法」具體建議內容、條文與方案。三、二零零五年六月，「制憲會議」成立，由各界人士組成「制憲會議」，以「新憲法推動委員會」所提出的建議內容、條文與方案為基礎，整合各方意見，預計以一年為期，於二零零六年五月提出「新憲法草案」，並公佈其內容。四、二零零六年十二月十日，由人民「公投」，決定是否通過「新憲法草案」內容。人民通過「新憲法」後，由「總統」公佈。五、二零零六年十二月十日至二零零八年五月二十日，根據「公投」通過的「新憲法」內容，制定或修正各項配套立法，以及進行各必須的組織調整準備工作。六、二零零八年五月二十日，「新憲法」於新「總統」就職日正式施行，台灣進入「新憲法」的時代。
二、陳水扁推動「法理台獨」的主要幾種「新憲」版本
由於「第一階段修憲」中，國親「立委」挾其在「立法院」中的多數，對「修憲」設置了很高的「門檻」，從而打亂了陳水扁的「公投新憲」計劃。但陳水扁和民進黨仍不死心，自行進行實質性的「新憲」版本研擬工作，一些「台獨」基本教義派人物也自行草擬《台灣共和國憲法草案》文本，御用學者陳明通亦根據陳水扁「第二共和」的設想，草擬了《中華民國第二共和憲法（草案）》等文本。民進黨政策會暨「憲政改造研議會」二零零六年十月四日向民進黨中執會作的《新契約運動－－民主進步黨二零零六憲政改造工程黨版研擬報告》提出了三版本六方案。其中三版本是依「新憲」的性質設計了不同的方向：「A版」是依據民進黨「台獨黨綱」精神而編制的徹頭徹尾《台灣共和國憲法》亦即「台獨」版本；「B版」是依據民進黨《台灣前途決議文》精神而編制的「兩個中國」亦即「獨台」版本；「C版」則是在現有《中華民國憲法》基礎上，進行適當修改的「一中各述」版本。
以上每一個版本都以「總統制」或「內閣制」的不同內容，組合成了六個方案。不過，以上六個版本只是擬定了原則內容，並未形成具體文本。
在上述三個「新憲」版本中，由於「C版」並不符合陳水扁要「改變現狀」的「憲改」終極目標，故已被拋棄；與此同時，由於「A版」既是向《反分裂國家法》挑戰，又是抵觸美國強烈主張的「四不」，而且在島內反「獨」政治力量的強烈抵制下，根本不可能成案，連在民進黨內也有人（包括「台獨理論大師」林濁水）認為行不通，故已被陳水扁「忍痛割愛」。現在將要正式推出的，是欺騙性甚高的「B案」。
但為了進一步降低其欺騙性，好蒙混過關，並便於向「立法院」提交可供具體操作的「新憲」文本，再由其御用學者陳明通於今年三月擬出《中華民國第二共和憲法》草案文本。但由於陳明通並非是憲法學專家，這個文本存在著嚴重的法學缺陷，且在要割斷與「大中國」的聯繫方面又持「猶抱琵琶半遮面」、「藕斷絲連」的態度，因而普遍並不被民進黨人所看好，更遑論接受。
（上，這是作者在「第十六屆海峽兩岸關係學術研討會」上發表的論文）