馬英九「特支費案」於本月十四日一審獲判無罪後，台北地檢署和檢察官候寬仁等表示將會上訴。由於地檢署是於八月十七日才收到「判決書」，而台灣地區的刑事訴訟程序也規定上訴期為十天，故地檢署是於上訴期的最後一天－－八月二十七日將完整的「上訴理由」送達台北地院的。據台灣媒體報導，「上訴書」及其「上訴理由」厚達三十七頁，「上訴理由」包含十大項，主要內容為檢方逐一駁斥法官判決的邏輯與倫理矛盾之處，檢方並認為「特支費」性質非屬「實質補貼」，馬英九仍有「藉職務之便詐取財物」之嫌，故請求二審法官依「貪污罪」論判。但報導並未交代台北地檢署是否就「背信罪」部份進行上訴，而按一般人理解，檢察署即使就「貪污罪」上訴得值，按當初「起訴書」並未具體求刑及要求法　官「予以輕刑」的訴求，及台灣地區的司法實踐往往是二審判刑輕於一審的情況看，二審法院對馬英九的判刑期，也不會高於十年有期徒刑，因而並不會影響馬英九的參選資格。而至於極有可能會影響馬英九參選資格的「背信罪」（注：按《總統副總統選舉罷免法》規定，「背信罪」即使是被判緩刑，當事人也不得進行「總統」候選人登記），且「背信罪」是二審定讞，如果在一審庭審最後一刻才加訴「背信罪」的地檢署放棄對這一罪名的上訴，對馬英九以至整個藍軍的威脅，也就相應減少。

地檢署要上訴，乃為理所當然的事。一方面，上訴是檢方的權利。何況，台北地方法院在「判決書」中，竟然對檢方的起訴理由全部予以駁斥，不留餘地，更不留情面，此乃檢方的「奇恥大辱」。如果放棄上訴，等於是放棄自己的「尊嚴」。另一方面，台灣地區的司法體制有點奇怪，各級法院的確是獨立機關，法官完全可以不受任何干預地進行獨立審判；但檢察機關卻不是獨立機關，而是由「行政院」的「法務部」主管，因而檢察官的職務行為很容易受到當權者的左右。既然如此，曾對絆綁馬英九參選寄予很高希望的民進黨當局，又豈會有讓馬英九輕易逃脫司法「絆馬索」的道理？勢必會指令檢察機關無事找事地上訴到底，即使不能把馬英九入罪，也必要令馬英九陷於無窮無盡的司法訴訟中去，使他難以集中精力參加「總統」選戰。

還有一個勢必要上訴的理由，是屬於檢察官候寬仁個人的。那就是「判決書」花了頗大篇幅，批評候寬仁在作詢問筆錄時做假及「斷章取義」。這個指控非同小可，等於是宣判了候寬仁檢察官資格及職業道德的「死刑」。因此，候寬仁為了自己的「飯碗」著想，也是為了自己的職業道德聲譽考量，也就必然會主張上訴，「取回公道」。因此，據說「上訴理由」花了相當多的篇幅，為候寬仁的詢問筆錄作了辯護，並譴責馬英九的辯護律師團向外曝光對台北市政府會計吳麗洳的筆錄對照內容，既是抵觸「司法保密」原則，又是對檢察官發動興論審判，從而影響法官的裁決。

台北地檢署及馬英九「特支費案」承辦檢察官黃惠敏、候少卿、候寬仁、周士榆決定要上訴及其上訴的理由，即使是有摻雜個人私心在內，也是屬於「可以理解」之列。但承辦吳淑珍「國務機要費案」的陳瑞仁檢察官也扮演亦師亦友的角色，全力支持候寬仁上訴，而且上訴的主張是針對「特支費」並非屬於「實質補貼」部份，則令人難明所以了。

實際上，陳瑞仁在起訴吳淑珍時，是把「國務機要費」中需要發票核支部份與可徑自支領部份，區隔得很清楚的。也就是說，陳瑞仁對「國務機要費」中可徑自支領的一半，全部不予偵查，亦即承認了這一半「國務機要費」是屬於「實質津貼」的性質。而對需要發票核銷部份，則查出吳淑珍搜集各種與公務並不相干的發票來冒領「國務機要費」的事實，並據此來起訴吳淑珍「貪污」。

而馬英九的案情則剛好相反。在需要核銷部份，並無任何一分一毫流入馬英九的衣袋，全是實報實銷。至於余文以搜集來的大額發票來代替小額發票入帳，一來是馬英九確有公務支出，二來是馬英九對余文的做法並不知情，因而連檢方也無法就需要核銷部份的「特支費」支出問題，找到馬英九的「碴」，只能以「偽造文書罪」起訴余文 ，來作發泄。

因此，既然陳瑞仁已認同「國務機要費」可徑自支領部份是類似「實質津貼」，就沒有理由支持候寬仁就馬英九「特支費」中無須核銷部份，以有「藉職務之便詐取財物」進行上訴，這樣做等於是打了自己的咀巴。可以說，陳瑞仁的做法，不排除是要藉此對以「國務機要費」起訴吳淑珍向陳水扁及民進黨當局作出的「補贖」。