在中美兩國都對「入聯公投」發出嚴厲的警告之後，藍綠兩陣營都有人開始檢討是否需要舉辦「入聯／返聯公投」。其中，藍營的王金平是主張民、國兩黨都停止進行「入聯／返聯公投」活動，胡志強則沒有「撈過界」，只是建議國民黨自己停辦「返聯公投」。在綠營方面，民進黨「總統」參選人謝長廷則擔心藍綠兩黨分別搞「公投」，將導致兩個「公投」案都過不了半，因而主張藍綠合辦「入聯公投」。呂秀蓮則進一步指出，倘若藍綠「入聯公投」不能合併，那就乾脆撤棄。
從以上言論看，王金平、胡志強發出「停辦返聯公投」的呼籲，是基於即使「公投」能獲通過，也無法完成「返聯」訴求的事實，及擔心一意孤行地推動「入聯／返聯公投」，將會破壞台海平衡，引發台海危機。而謝長廷則是擔心藍綠分別搞公投，必會導致兩個「公投」議題都被否決，不但是將會讓國際社會「看笑話」，認為台灣人民「不願加入聯合國」，而且也將會影響他本人的選情。謝長廷的想法，與陳水扁不管「入聯公投」能否過關，都要硬闖的心態，有著微妙的差異。
實際上，目前藍綠兩黨的「入聯／返聯公投」議題，都「殺紅了眼」但又「騎虎難下」。尤其是在國民黨方面，陳文茜竟不諱言，如果停辦「返聯公投」，馬英九將會輸得很慘，片甲不留。值得注意的是，陳文茜的這番話，北京《人民日報》屬下的《人民網》連續多日將之掛在其「台灣」頻道的主頁上，即使不是贊同此語，也在客觀上含有瞭解國民黨目前的尷尬處境甚至是明白其也搞「返聯公投」其實是帶有「圍魏救趙」的戰略意圖。
當然，身為民進黨「總統」參選人的謝長廷擔懮「入聯公投」過不了半，並非是杞人之懮。實際上：《公民投票法》第三十條規定，「公民投票案投票結果，投票人數達全國、直轄市、縣（市）投票權人總數二分之一以上，且有效投票數超過二分之一同意者，即為通過」。從目前情況看，全台灣地區的選民總數約為一千七百萬人，故兩個「入聯公投」案要獲得通過，就必須符合以下兩個要件：一、投票率，百分之五十以上，換算為投票人數則為八百五十萬人以上；二、得票率，百分之五十以上，換算為得票數量則為四百二十五萬票以上。
而民進黨堅持要搞「入聯公投」的一個最為「有力」的一個「理由」，是有七成多的台灣民眾支持台灣加入或重返聯合國。如果將這個民意調查數據化為選票的話，就是一千二百萬票以上。但由於是有兩個「公投」議題，故民進黨提出的「入聯公投」議題，肯定不能囊括這一千二百萬票，必然會有相當大比例的「公投」選票投給國民黨提出的「返聯公投」議題。兩相拉扯之下，藍綠兩個「公投」議題都有因得不到過半有效票而遭到否決的可能。
何況，這場「公投」還存在著如下的幾個變數：一、民進黨提出的「七成以上民眾支持加入或重返聯合國」的民調數據，其實是扣除了在民意調查活動中通常會遭遇到的不願接受訪問或干脆「報假答案」等數據的，水分較大。倘將未成功訪問的數據（通常是三成左右）相權加，支持「人聯」的數據也就跌至五成多左右。將之換算為選票，得不到一千萬票，這本身就將與「投票權人總數二分之一以上」的「死線」頗為接近。何況，民意調查的電話訪問抽樣範圍較為狹窄，抽樣樣本也較少，所謂「七成以上」的結論未必能準確反映真實民意。
二、簡錫（土皆）等「第三勢力」，目前正在醞釀發動「投白票」運動，呼籲反對藍綠惡鬥的選民，在「總統」投票日對「公投」議題投下白票、廢票。如果這一呼籲得到較大程度的響應，就勢必會衝擊「入聯／返聯公投」的「有效投票數」，進一步威脅藍綠兩個「公投」的得票率。
三、倘若在即將召開的聯合國大會上，美國公開發言反對「以台灣名義加入聯合國」的申請，並在表決時投入反對票，這將使到民進黨推動的「入聯公投」喪失正當性，並將會使原本支持「入聯公投」的綠色選民，受到這股「美國反對」效應的影響。
四、當然，如果中國在聯合國大會上提案「台灣是中華人民共和國的一部份」，盡管具有完全的正當性，但卻會在台灣綠民中引發反效果，從而刺激「入聯公投」的得票率飆高，而且美國對此議案也不會贊同。但若是提案「台灣是中國的一部份」，綠民們反彈肯定會有，但力度將會弱於前一項議題，美國也不便反對，因為其並不抵觸美國的「一個中國」政策的內涵。畢竟，在美國政府和台灣民眾眼中的台海定位，「中國」並不完全等於中華人民共和國。
有一個技術問題必須注意的是，《公民投票法》第三十三條規定，「公民投票之提案經通過或否決者，自各該選舉委員會公告該投票結果之日起三年內，不得就同一事項重新提出」。也就是說，倘「入聯／返聯公投」遭否決，三年內不得重新提案。
這些，正是謝長廷所懮慮的主要原因。因此，在本月五日召開的民進黨中常會上，謝長廷就指出，「公投」要辦就是要通過，如果沒有通過的話可能會更糟糕。「喊爽的結果，總統大選輸了，『入聯公投』也無法通過」。故「入聯公投」要有策略性，應與馬英九坐下來談「兩案合併」。
盡管謝長廷此議遭到黨內「獨派」的圍剿，也盡管藍綠合併搞「公投」存在著極大的政治和技術障礙，根本不可能，但從此也可看出，其實謝長廷心裡就像十五個吊桶打水，七上八落，甚至可說是已經對「入聯公投」的前景開始悲觀起來。