台南市原本是民進黨「全面執政」（也稱「完全執政」）的典型直轄市，亦即是市長與市議會議長都是民進黨人。由於市長與市議會議長均為同黨同志，因而市議會在審議市政府提請的各項議案，包括尤為重要的市政府年度預算案，均能在同黨籍議長的全力保駕護航之下而獲得通過，從而使得賴清德市長在推動市政建設中得心應手，這也正是賴清德在全台二十二個縣市行政首長的政績評鑑中，一直獲得全島第一的「秘訣」所在。因此，民進黨在獲得「九合一」選舉大勝，奪得十三個縣市的執政大權之後，深受鼓舞的蔡英文主席為了讓各執政縣市的施政更為暢順，進一步擦亮民進黨「綠色執政，品質保證」的「招牌」，以利於「地方包圍中央」戰略的實施，因而希望將台南市「全面執政」的經驗推廣到十三個民進黨掌政的縣市去。為此，蔡英文在縣市議會正副議長選舉的前夕，不惜違反「秘密投票」的民主政治「普世價值」和台灣地區法律制度，下達了等於是「公開亮票」的「一致性投票」命令，並祭出了嚴厲的黨紀。蔡英文以為，經此一番嚴密部署，「台南經驗」一定能推廣到由民進黨掌政的十三個縣市去。
但選舉結果卻是令她大失所望，雖然有高雄市等三個縣市確實是實現了「全面執政」，但其他縣市都未能「達標」，與民進黨在「九合一」選舉中所展現的「氣勢」相差十萬八千里。尤其是被視為「典範」的台南市，竟然陰溝裡翻船，台南市議會全數五十七席，民進黨就佔了過半的二十九席，還有台聯黨一席，而國民黨只有十六席，即使是無黨籍的十一席全部投向國民黨，國民黨提名的議長候選人也不可能會獲勝。但偏偏卻是國民黨提名的市議長候選人李全教，在毫無實質優勢的情況下，竟然以二十九票對二十六票，擊敗民進黨提名的議長候選人賴美惠。在確認台聯黨議員楊中成、無黨籍的原住民議員古暮哈投票給賴美惠後，推算民進黨籍市議員有五人「跑票」。
這個選舉結果，簡直是民進黨的恥辱，因為台南市原本的「全面執政」的「典範」，而且單憑民進黨所擁有的議員選票而無需借助「外援」，就可穩把議長拿到手，但卻是「煮熟了的鴨子」也飛走！還說什麼向其他由民進黨掌握政權的縣市「推廣經驗」？這叫蔡英文的臉往哪兒擱？!
因此，蔡英文當堂發飆，並下令以黨紀嚴懲「跑票」的黨籍市議員。但為掩飾民進黨在台南市議長選舉中的嚴重失利，民進黨中央卻將矛頭指向國民黨「買票」，並透過特定渠道放風說，是藍營政壇大老高育仁（即朱立倫的岳父）在操盤，深入了解每位議員的經濟狀況，並詳細打探綠營之間的矛盾，包括誰對賴清德和賴美惠不滿，再以鉅額金錢介入，大致上每位國民黨議員約獲五百萬元，無黨籍議員約獲一千萬元，民進黨議員約獲二千萬元，其中一張關鍵票更花了高達三千萬元……等等。
說是國民黨「買票」，奇怪的是既然如此，民進黨為何不向檢調機關提告，只是停留於口頭指控？實際上，倘是確有確實證據，民進黨在向檢調機關提告後，就將不但可證明自己的落敗是「非戰之罪」，而且也可在與國民黨的競爭中抓到更多的政治籌碼。
其實，民進黨台南市議長選舉意外失利所掀發的激烈內鬥，已經隱隱昭告了其真實原因，是黨內派系鬥爭所致，具體來說就是「新潮流系」與「一邊一國連線」在控制台南市政權的鬥爭的反映。實際上，負責督導的「立委」陳亭妃在為此請辭民進黨中常委後，同黨「立委」邱議瑩卻仍公開發炮，不顧自己是「一邊一國聯線」的重要成員，點名要也是「一邊一國連線」重要成員的陳亭妃說明：一、為何與民進黨籍副議長候選人郭信良關係密切的「一邊一國連線」，在市議長選舉中會大「跑票」？二、但為何在副議長選舉中，郭信良卻能拿到三十六票，比民進黨全體議員的二十九票還多七票？三、為何陳亭妃率領往台中監獄宣誓就職的無黨籍「一邊一國連線」成員郭秀珠，卻會與國民黨的李全教搭配參選副議長？
這就正是民進黨台南市議會議長選舉失利的端倪所在。由於賴清德市長是屬於「新潮流系」，而民進黨中央提名（當然是由蔡英文「話事」）的市議長賴美惠據說也是屬於「新潮流系」，因而引發其主要地盤在台南市的「一邊一國連線」的強烈不滿。實際上，台南市是陳水扁的故鄉，陳水扁在台南市的影響力極大，因而曾有台南市選民「寧願肚子扁扁，也要票投阿扁」的說法。而陳水扁被判入獄後，為了延續自己的政治生命，以台南市的民進黨籍政治人物為骨幹，成立了以其為精神領袖的「一邊一國連線」。其主要的實質性領袖，如陳唐山、許添財等，都曾出任過台南縣、市長。
而「新潮流系」早就盤算，在二零一六年「總統」大選時，由賴清德作為蔡英文的「副總統」搭檔。倘此部署成功，賴清德當選並就職後，就必須辭台南市長職，而此時其餘下任期超過兩年，就必須進行補選。由此，在「九合一」選舉後，據說屬於「新潮流系」的黨籍「立委」李俊毅在重申「蔡賴配」的同時，由自己參加台南市長補選。這當然是引起「一邊一國連線」的強烈反彈，尤其是在黨中央規劃市議長也是由「新潮流系」賴美惠參選（其實是爭取連任），就更加不滿。因此，才在「賄選」傳言的掩護之下，上演了一齣「寧願將議長奉送外敵，也不願由黨內政敵獲得」的鬧劇。
這就折射了蔡英文存在著的一個「盲區」，蔡英文以為與「新潮流系」合作，就可直搗「總統」大選「黃龍」，因而在日前的民進黨籍十三個縣市長的就職禮中，只是出席了「新潮流系」總召鄭文燦的桃園市長就職禮，而忽略了其他各縣市。盡管也有高雄市長陳菊等多個縣市長是「新潮流系」，但台中市的林佳龍卻是「游系」，而在「九合一」選舉中，游錫堃最受冷待，到了選戰後期多次慨嘆「糧盡彈絕」，選得很辛苦。事後有分析說，如果蔡英文稍為有心，多些關照游錫堃，這二萬多票就一定能拿下來，六個直轄市就將全歸民進黨及其盟友！
何況，黨內所有其他派系都與「新潮流系」有過節。蔡英文可能是「撿了芝麻，丟了西瓜」。但蔡英文仍然陶醉在「九合一」的選情中，渾然不覺她與「新潮流系」的「蜜月」，正是黨內其他派系的不滿之源。尤其是民進黨獲得「九合一」選舉的勝利，並非是民進黨「怎麼樣」，而是選民們對國民黨及馬政府不滿，但這些「不滿票」並沒有自動轉移給民進黨。倘國民黨在「非馬化」後，朱立倫等仍然是蔡英文的「剋星」。實際上，上週五「TVBS」就公佈了一份島內主要政治人物的聲望調查，依此為陳菊、賴清德、朱立倫、蔡英文、柯文哲、王金平、郝龍斌、毛治國、吳敦義、馬英九，朱立倫還比蔡英文高出四個百分點。因此，蔡英文的「二零一六總統夢」，仍處於外患內憂之中。