賴清德「元旦」講話的「台灣必須做最壞的打算，也做最好的準備應對」語音剛落，其子弟兵「賴系立委」林宜瑾就「聽弦歌而知雅意」，積極配合並撰寫了一個「兩國論修法」提案，糾集了王義川、徐富癸、張雅琳、賴惠員、楊曜、陳瑩、吳思瑤、林俊憲、沈伯洋、黃捷等二十多名民進黨「立委」連署。該「兩國論修法」提案提議修改《兩岸人民關係條例》，其核心內容包括：其一，把條例的名稱從「台灣地區與大陸地區」改為「台灣與中華人民共和國」；其二，刪除條例中「國家統一前」的序言表述；其三，把條文裏所有的「台灣地區」字眼拿掉。
  該「兩國論修法」提案理所當然地受到大陸國台辦的嚴厲批判，島內在野陣營也極力譴責。而作為《兩岸人民關係條例》主管單位的陸委會，卻陷於極度尷尬。一方面，倘林宜瑾的「兩國論修法」獲得成功，兩岸關係事務就被視為「國與國關係事務」，被移交「外交部」主管，陸委會就不再有存在的價值；另一方面，陸委會當然深知「賴系立委」林宜瑾此次「兩國論修法」有著賴清德直接或間接指示的背景，作為「屁股指揮腦袋」的自己，卻又不能公開否定。這就讓陸委會陷入「忠於黨綱」還是「維持存在」的尷尬困境。
  因此，陸委會在第一時間的反應是，「立法委員」提案屬於立法權核心事項，基於尊重「國會」自主，行政部門不會表示意見。如果進入法案審議程序，行政部門自會依程序表達立場。陸委會又表示，「兩岸條例」是基於「憲法增修條文」授權制定，做為規範兩岸人民往來交流所依循的重要法制基礎。「兩岸條例」具備高度政治敏感性，相關修正都必須獲得社會多數共識。陸委會強調，為了因應目前兩岸關係與中共「統戰滲透」，「政府」優先提出「兩岸條例部分條文修正草案」，期盼委員會儘速安排審議，補強現行法制缺漏，進一步強化「國家安全」保障。
  這種表態與民進黨當局的激進路線形成鮮明對比，暴露了陸委會的尷尬處境：一方面要配合執政黨政策，另一方面又擔心一旦法律框架被推翻，自身的存在價值將受到嚴重衝擊。如果兩岸關係被重新定義為「國與國關係」，陸委會的職能定位將陷入困境。
  因此，陸委會罕見地未完全支持該修法提案，反而回應稱：「修法必須獲得社會多數共識」，並強調該「條例」是依據「憲法增修條文」授權制定，不能由單一政黨或「立委」任意更改。這被外界解讀為：陸委會為求自保，不得不與激進「台獨」路線切割，以免自身機構被架空甚至廢除。
  陸委會在去年陸續推出多項阻礙兩岸交流的措施，還要求一萬多名大陸配偶及子女補交「除籍證明」，否則可能被註銷戶籍甚至遣返，已引發人道爭議。如今又面臨黨內「立委」試圖掏空其法理根基，可謂「腹背受敵」。
  是的，陸委會確實在考慮修改現行《兩岸人民關係條例》及相關法律，但其修法方向與林宜瑾等綠營「立委」提出的激進版本存在明顯差異，反映出內部立場的分歧。陸委會主導的修法動向，是阻礙兩岸交流，包括強化對赴大陸及港澳人員的管制；限制台灣民眾在大陸申領居住證、身份證等證件；加強兩岸交流審查機制，擴大對兩岸教育、文化、經貿等交流專案的行政審查許可權，強調「國家安全風險評估」等。這些修法雖未直接否定「兩岸同屬一中」的法理框架，但實質上是在收緊兩岸互動、製造制度性障礙，服務於民進黨「抗中保台」的政治路線。不過，陸委會對「徹底改名」或「法理台獨」持保留態度。
  因而可以說，陸委會確實在修法，但「修而不破」，支持「管控型修法」：強化管制、限縮交流、防範「統戰」，這是其當前主軸。但陸委會反對「顛覆性修法」：如直接否定「一個中國」框架等，因其危及機構存續與兩岸基本互動機制。因此，陸委會並非不修法，而是選擇「在紅線邊緣跳舞」——既要配合執政黨的政治需要，又要避免觸碰大陸不可接受的底線，同時保住自身體制合法性。這種矛盾姿態，正是當前台灣當局在兩岸政策上的典型困境。
  陸委會對「兩國論修法」抱持保留態度，可能還有一個技術性的考慮。那就是，部分中國國民黨籍「立委」已經揚言，即使是在野陣營掌握「立法院」過半議席，但也將不會做「剎車皮」，亦即無論是在「院會」一讀還是程序委員會審查，都將「放行」，甚至要求「逕付二讀」，付委審查時才是「戰場」。這種「誘敵深入」的戰略，國民黨黨團曾於二零二零年「英系立委」蔡易餘提出同樣的「兩國論修法」提案時使用過。但在付委審查時，國民黨「立委」摩拳擦掌要「修理」應召前往備詢的陸委會官員時，蔡易餘卻突然宣布撤提案。現在國民黨「立委」可能也是要採取同樣的「誘敵深入」戰略，在內政等委員會審查「兩國論修法」提案時，當眾「羞辱」陸委會的官員。
  不過，林宜瑾與蔡易餘的「背景」不同。蔡易餘是「英系立委」，而蔡英文雖然也是主張「抗中保台」，但仍然維持「憲法增修條文」的定論。實際上，在二零零一年修訂《兩岸關係條例》時，民進黨黨團就提出要拿掉「國家統一前」，時任「陸委會」主委的蔡英文就以「憲法增修條文」是「上位法」，作為「下位法」的《兩岸關係條例》不能與之抵觸，而予以否定。而蔡易餘在蔡英文即將宣誓就任第二個任期時拋出「兩國論修法」提案，被蔡英文視為不利於其「開局穩定」，因而擋下。但林宜瑾是「賴系立委」，而賴清德是「台獨工作者」，林宜瑾的「兩國論修法」是與賴清德的「新兩國論」高度契合的。因此，林宜瑾可能不會像蔡易餘那樣撤回法案，屆時在付委審查時，陸委會的官員就要「剉咧等」。