在延宕了整整一年之後，賴清德終於在昨日下午正式頒令，宣告「監察院長」陳菊已請辭，並一併辭去「國家人權委員會」主委一職，將於二月一日正式生效。這紙命令的發出，也正式宣告了陳菊將結束其監察院長的任期。陳菊早在二零二四年十二月底便因流感住院，卻又發現右側腎臟有三點五公分腫瘤，經評估後進行切除手術。不過，在手術結束後，突發左側腦血管阻塞，一度進到加護病房診治，後來情況好轉，但她也一直請假至今。而在她請假期間，職務都是由「監察院」副院長李鴻鈞代理。賴清德昨日批准陳菊請辭後，委請李鴻鈞代理「監察院長」。
  本來，陳菊在因中風住院後，就第一時間即提出辭呈。但賴清德卻以「盼其安心復健、待身體狀況允許再行歸位」為由，未予批准。在這整整一年間，陳菊僅「上班」約十天，其餘時間均處於病假狀態。因而多次引起在野黨的不滿，不但是批評批評陳菊儘管長期缺席，「佔著茅坑不拉屎」，卻仍領取高額薪資，後雖主動退還部分薪資（約四百六十二萬元新台幣），但未能平息輿論怒火，指出在台灣年輕人薪資停滯、連感冒都不敢請假的現實下，陳菊卻能長期病假並享高階醫療資源，是「特權養傷」，輿論質疑：「監督者誰來監督？」而且也抨擊政治責任缺失，輿論普遍認為，陳菊作為「監察院長」，其職責重大，長期缺勤等同於「公器空轉」，而且也暴露了民進黨當局制度雙重標準，早年主張廢除「監察院」，批評其為「威權遺毒」，如今卻將其視為政治酬庸工具。因而多家媒體批評：「陳菊案不只是個人健康問題，更是一面照妖鏡，映照出台灣政治對權力的縱容、對問責的迴避，以及對監督機制的虛化。」若「監察院」淪為卸任高官的「榮譽退休所」，不僅削弱其「憲政」功能，更將加劇民眾對「民主空轉」的失望。更諷刺的是，有網友在論壇發文問「陳菊走了？」警方在四小時內查緝，依《社會秩序維護法》送辦。此舉被批評為「以打擊假消息之名，行箝制言論之實」，動搖民主根基。
  昨日，賴清德終於「頂不住」了，批准陳菊的辭呈。因而此舉是賴清德「清掃戰場」之舉。其一是在「即時效應」而言，為「大法官」、「中選會」以至「監察院長」的提名獲得「立法院」同意而「清掃戰場」。如果陳菊繼續「佔著茅坑不拉屎」，就將為「立法院」在行使對「大法官」提名人的同意權，及「立法院」對正在審議的「中選會」提名人行使同意權時，使得本來就有意杯葛的在野黨黨團，更為增添投下「不同意票」的正當性及必要性理由。因此，賴清德必須「清掃」這些「障礙」，即使是仍然未能讓再次提名的「大法官」人選獲得通過，也必須讓爭議性不是很大的「中選會」提名人獲得通過。否則，編制為九名委員的「中選會」，因缺額五人未能過半而無法運作下，將會致使在今年進行的「九合一」地方選舉無法進行。
  其二是在「中期效應」方面，為民進黨的「九合一」選舉尤其是高雄市長選舉的選情「清掃戰場」。「九合一」選舉被視為對賴清德的「中期信任投票」，有著「輸不得」的風險。而由於民進黨當局施政荒腔走板，民怨極深，再加上「大罷免，大失敗」導致民進黨士氣受挫，因而賴清德必須採取多方措施進行「補救」，而已經引發輿論質疑的陳菊長期告假，就是其中一環。尤其是在陳菊曾經出任十二年市長（含縣市合併前的市長）的高雄市長選舉的選情，民進黨提名的參選人賴瑞隆，因為背負著「兒子霸凌」等「包袱」，多個民調都呈現「危急」之勢，受到中國國民黨參選人柯志恩的嚴重「威脅」，可能會導致民進黨再次丟失高雄市。倘此，賴清德就必須引咎辭去民進黨主席，而且在「二零二八」大選前的民進黨內初選中，遭到包括「捲土重來」的蔡英文等人的挑戰。因此，賴清德不能有失，而批准陳菊辭職，就是其中的一項自我「搶救」措施。
  其三是對「長期效應」來說，為民進黨爭取長期執政而「清掃戰場」。民進黨再次上台九年多，也逃脫不了「長期執政會導致腐敗」這個基本規律，讓部分曾經支持標榜「清廉」的民進黨的選民失望。而陳菊的長期告假，被視為「監督者缺乏監督」的典型，讓這種情緒更為強烈。再加上民進黨當局執政內外政策失靈，「重政治、輕民生」，強化「抗中保台」敘事，推動「大罷免」等政治清算，
  忽視基層經濟、居住正義、治安與環境保護，結果導致民眾真實生活困境無人聞問，累積出強烈反彈情緒，民進黨執政面臨嚴重的信任危機與民怨高漲。民進黨當局如今面臨的不只是政策失敗，更是治理價值與道德正當性的全面質疑。而陳菊的長期告假，也是遭到質疑的重點，因而賴清德必須拆除這個「炸彈」。
  陳菊屬民進黨內「新潮流系」核心人物，與賴清德都是「南流」的精神領袖。賴清德批准陳菊辭職，可能會被部分「新潮流系」流員解讀為「賴清德逼退元老」。本來「北流」就已經對賴清德動用司法工具打壓其在民進黨內及「新潮流系」內的對手鄭文燦有所不滿，因而此舉可能會進而激化「新潮流系」的內部矛盾，導致「新潮流系」動員力受挫。另一方面，陳菊卻又與蔡英文的關係極為密切，蔡英文在執政過程中極為倚重陳菊的資歷與地方實力，曾經多次邀請陳菊擔任關鍵職務，包括「總統府秘書長」，被視為蔡英文的「大管家」，協助穩定黨內整合與對外溝通；提名陳菊為「監察院長」，進一步將陳菊置於「憲政」高位，顯示高度信任，因而賴清德此舉，可能也讓蔡英文及「英系」人馬視為「清理蔡英文—陳菊勢力」的象徵性舉動，因而「不爽」。
  總之，賴清德批准陳菊辭職，是一項高度政治化的決定，涉及派系平衡、民意回應、「憲政」現實與選舉策略，是基於風險控管優先於改革象徵的務實判斷。