「馬英九基金會風波」事件震撼政壇，越演越烈，從一場由人事變動引發的紛爭，逐步升級為涉及財務爭議與黨內鬥爭的複雜政治事件。綜合多方資訊，這場風波背後實為多重力量博弈，其一是內部權力鬥爭，馬英九陣營與鄭麗文派系之間的路線分歧與人事角力；其二是財務合規爭議，是否有人員借馬英九基金會名義進行未經批准的財務或政治操作；其三是兩岸路線之爭，蕭旭岑作為兩岸交流推動者，其去留牽動「九二共識」路線的延續；其四是外部勢力疑雲，蔡正元所提「美國介入」雖未證實，但加劇了事件的敏感性。該事件對台灣地區政局走向及兩岸關係發展態勢，都將造成重大影響。
  「馬英九基金會風波」事件的核心已經被解讀為馬英九與中國國民黨現任主席鄭麗文之間的路線之爭和權力博弈。馬英九直接授權前「國安會秘書長」金溥聰及高華柱對基金會進行「內部清洗」，並公開切割其最信賴的兩岸事務助手蕭旭岑及王光慈，被視為對鄭麗文領導權威的直接挑戰。而鄭麗文對此反應激烈，公開痛批此舉是「扯破臉」，並質疑馬英九陣營的動機。這種高層公開互撕的局面，暴露了國民黨根深蒂固的內鬥頑疾，嚴重削弱了黨的團結形象，導致基層支持者困惑與失望。輿論普遍認為，這場內耗將直接影響二零二六年底的「九合一」地方選舉。若國民黨無法在選前彌合裂痕、達成共識，將難以整合資源對抗民進黨，甚至可能導致中間選民流失，給民眾黨等其他政黨提供操作空間。
  「馬英九基金會風波」事件將會導致兩岸交流管道受阻。蕭旭岑長期負責馬英九的兩岸交流事務，他的突然離職和被切割，使得馬英九基金會這一重要的民間兩岸交流平台陷入停滯，實際上基金會已經宣布今年度的多場「大九學堂」全數停辦。外界擔憂，這將影響未來兩岸民間交流的穩定性與可預測性。事件折射出藍營內部在兩岸關係上的深層分歧。馬英九陣營可能認為蕭旭岑等人的操作偏離了其設定的「穩健」路線，或者涉及未獲授權的敏感接觸（有傳言指涉不當利益交換或非官方政治接觸）；而鄭麗文陣營則可能借此強調黨對兩岸論述的主導權。這種不確定性讓北京方面也難以捉摸國民黨未來的兩岸政策走向。
  「馬英九基金會風波」事件已經從單純的人事異動升級為涉嫌貪腐或違規的司法調查。馬英九辦公室及基金會高層證實，內部審計發現嚴重財務問題，馬英九本人更表態要「法辦」涉事人員。若後續檢調介入，不僅蕭旭岑等人面臨法律風險，馬英九本人的判斷力及其「清廉」形象也將受到嚴峻考驗。馬英九對其長期親信的「六親不認」式切割，雖然意在止損，但也引發了關於其識人不明或管理疏失的質疑。對於追隨者而言，這種劇烈的轉變可能造成寒蟬效應。
  此次風波被視為二零二八年「總統」大選的前哨戰。馬英九通過此舉可能意在重新掌握黨內話語權，或為特定接班人鋪路；而鄭麗文若不能妥善化解危機，其黨主席地位及參選前景將岌岌可危。國民黨的混亂局面讓原本就脆弱的在野整合（包括與民眾黨的合作）變得更加困難。其他政黨可能會對與一個內部四分五裂的國民黨合作持保留態度。
  因此，「馬英九基金會風波」事件不僅是一次簡單的人事地震，更是國民黨內部長期矛盾的總爆發。它在短期內造成了國民黨的形象重創和戰力分散，中期可能干擾兩岸交流節奏，長期則深刻影響著二零二六年地方選舉乃至二零二八年台灣地區政權更迭的格局。目前，隨著司法調查的潛在介入和雙方言辭的激化，事態仍有進一步升級的可能。對於渴望兩岸和平發展的力量而言，這無疑是一次沉重的打擊。
  「馬英九基金會風波」事件使人想起了十二年前的「馬王政爭」。二零一三年九月爆發的「馬王政爭」（又稱「九月政爭」），是台灣地區政治史上具有轉折意義的重大事件，其政治後果深遠且複雜。該事件直接導致國民黨內部嚴重分裂，凝聚力下滑，成為其由盛轉衰的關鍵轉捩點，並間接導致國民黨再次丟失台灣地區的管治權，教訓極為深刻及沉痛。
  「馬王政爭」這場公開化的權力鬥爭坐實了外界對國民黨「內鬥內行、外鬥外行」的批評。黨內派系因站隊問題進一步分化，消耗了大量政治能量，削弱了黨的凝聚力和戰鬥力。馬英九在此事件中採取的高壓手段（如監聽「立法院長」、公開指控同黨同志）引發社會對其濫用權力、破壞憲政分際的質疑。事件後，馬英九的個人聲望與支持度急劇下滑，長期處於低檔，使其在剩餘任期內推動重大政策（如服貿協議等）時缺乏民意基礎和政治資本。由於馬王失和，「行政院」與「立法院」之間的溝通協調機制失效，導致許多重要法案在「立法院」受阻，政府施政效率大幅降低，形成實質上的「少數政府」困境，並引發了「太陽花學運」，使其在剩餘任期內推動重大政策（如服貿協議等）時缺乏民意基礎和政治資本，直接影響了二零一四年的「九合一」地方選舉和二零一八年的「總統」大選，選民對國民黨內鬥不止、改革無力的失望，促使大量中間選民流失，導致國民黨不但失去了包括台北市在內的多個關鍵縣市執政權，而且最終致使民進黨蔡英文上台，國民黨失去執政權並淪為在野黨。許多分析認為，「馬王政爭」是國民黨由盛轉衰的轉捩點。在隨後的多年裏，馬英九與王金平雖同屬國民黨，但在許多重大黨務和選舉策略上各行其是，甚至在某些時刻相互掣肘，這種裂痕直到近年才有所緩和。
  「馬英九基金會風波」事件與「馬王政爭」的「主角」都是馬英九，因而「馬英九基金會風波」頗有「馬王政爭」「2.0版」的類比，其後果可能也類似「馬王政爭」。當然，兩起事件的「配角」不同，王金平與馬英九的關係是競爭關係，尤其是在二零零五年的國民黨主席選舉中，連任結下了「梁子」；而蕭旭岑是長期跟隨馬英九的忠心近身親信，在馬英九處於低潮時也不離不棄，但在馬英九過度的「自潔癖」及「六親不認」下，都遭受重傷，並因此而傷害了國民黨。而且「馬英九基金會風波」事件比「馬王政爭」更棘手的是，蕭旭岑現在還是國民黨副主席，也是負責國民黨目前兩岸聯繫的窗口，馬英九在賴清德高舉「抗中保台」大旗，祭出「十七條措施」，瘋狂迫害進行兩岸交流人士之際，卻竟然主動要求司法介入，這勢必會對國民黨的兩岸政策以至兩岸交流帶來難以預料的衝擊。