北京關於擴大開放台灣水果進入大陸市場的措施，本來是屬於大陸方面「可操之於我」的單向措施。由於台灣當局沒有任何一條法律條文是管制水果出口的，而且也無須進行兩岸協商，故只要大陸方面打開了大門，台灣當局要禁也禁不了。但是，台灣當局擔心該項措施將會不利於其「去中國化」的所為，及將會鬆動其在中、南部的「大票倉」，因而就抬出種種理由，要求在「WTO」架構之下進行兩岸協商，為台灣水果輸往大陸製造障礙。
這一立場，在台灣「經濟部」和「農委會」分別近日向「立法院」經濟及能源委員會提交的《台灣農產品銷往大陸最新情況及因應措施》報告中，作出了明確而又系統的闡述。其中「經濟部」的表述是：依據世界貿易組織《食品安全檢驗與動植物防疫檢疫措施協定》〔SPS〕第二條規定，「WTO」各會員應保証檢驗檢疫措施之實施，且應基於科學原理，若無充分科學証據即不應維持該措施。「經濟部」認為對岸對農產品檢疫開放清單的不透明作法，以及缺乏法源基礎而直接宣佈台灣特定農產品免徵關稅的權宜作法，對台灣農民並無保障，隨時有片面禁止台灣水果進口或是提高關稅的可能。基於上述理由，「經濟部」仍希望兩岸能夠在「WTO」架構下研議此案。由於檢驗檢疫問題長久以來都是全球農產品貿易最主要的非關稅貿易障礙，以「WTO」相關協定作為台灣農產品出口至中國大陸的法律保障，是避免大陸當局日後片面以檢驗檢疫為由，限制台灣蔬菜水果以及農畜產品售至當地的最妥適作法。唯有如此，一旦中國大陸單方面以檢疫因素不預警停止台灣農產品進口；或是突然取消給予台灣水果優惠關稅待遇，台灣才能夠平等地在「WTO」要求中國大陸說明理由，甚至進行諮商，「政府」也才能透過國際機制維護島內農民與貿易業者應有之權益。
「農委會」亦在「報告」直接提出了與中國大陸進行正式諮商的要求：中國大陸雖提出通關、檢驗、檢疫便利和部份農產品零關稅等優惠待遇，惟此種片面、未經談判諮商即對台灣農產品給予關稅及通關之優惠，缺乏具體實施方案，隨時可能發生變化不符國際貿易慣例。且中國大陸仍未對前述優惠待遇提出具體實施措施，實務上難以推動。因此，應由雙方政府對政府或由政府同意之方式進行諮商，獲取結論後，並形之以文字通報世界貿易組織〔WTO〕，始可有效保障台灣農民之權益。
「農委會」在「報告」中開列了就台灣水果輸往大陸進行兩岸談判的具體內容：
一、零關稅之產品項目應予明訂，另中國大陸國內加值營業稅減半徵收亦應具體明確訂定其稅率。
二、所提台灣農產品通關、檢驗、檢疫便利措施，應包括審批制度綑綁、簡化入境檢疫〔驗〕及通關程序、核價等之具體作法。
三、提供台灣水果順暢行銷管道，包括代理商制度、促銷活動、專賣店、後續進貨訂單等。
四、將目前對十二項台灣水果准入之模式，擴大進口品國至其他水果、花卉及蔬菜，以及農漁畜產品及加工品。
這几點尤其是最後一點，顯見「農委會」對大陸擴大開放水果入境的措施，是持抱正面積極態度，而且還希望能將此模式擴大至其他水果及花卉、蔬菜，以及農漁畜產品及其加工品等項目的。這可能是與「農委會」本身所主管的業務密切相關，因而它與「陸委會」、「經濟部」相對較為僵化、保守的態度相比，有著明顯的差異。盡管它亦必須服膺於民進黨當局所謂要在「WTO」架構下談判台灣水果輸往大陸問題的立場，但在具體作法上，卻是持抱較為正面積極的態度。
實際上，「農委會」的「報告」在談及台灣內部配合水果輸往大陸所應採措施方面，就明顯地展現了其主動作為的態度：一、必須對島內農民及農民團體積極進行整合。為提升台灣水果的競爭力，並保障農民權益，對水果外銷中國大陸，除強化「農委會」已輔導果農及貿易商共同建立之優良供果園供貨體系外，並將整合農民、農民團體及貿易商成立台灣水果外銷中國大陸之對口機構，負責商情蒐集、貿易洽談、下單採購，以及於中國大陸主要消費都市辦理宣傳促銷活動等，以建立台灣水果外銷中國大陸之出口秩序。
二、推動建立農產貿易糾紛仲裁機制。為因應台灣農產品銷往中國大陸後，可能遭遇之商業紛紛，建議透過「陸委會」及海基會協調建立商業仲裁機構，協助農民團體或貿易商解決相關之貿易糾紛問題。
然而，「農委會」仍對兩岸農業交流設限，主張落實中國大陸投資「積極開放，有效管理」政策。「報告」聲稱，為避免台商赴中國大陸進行農業投資，導致台灣優良農業科技與品種流入中國大陸，以及產品回銷影響台灣農業發展，「農委會」將大部份島內具技朮優勢或生產仍多之農產品列為赴中國大陸投資「禁止類」項目，並將加強赴中國大陸農業投資案之審查機制，避免農業技朮外流。
「農委會」的「報告」亦指出，為長遠規划台灣農業生產，「農委會」目前正積極推動「加強農產品國際行銷方案」，從加強國外促銷活動、排除農產品外銷關稅與非關稅障礙、建立以外銷為導向之產品供應鏈，以及提供外銷資訊、培育人才為方向，積極開拓多元化市場，以增進農民收益。未來輸往中國大陸的農產品以優質高價值之產品為主，以滿足中國大陸大都會地區高消費民眾之需求。「胡連會」及「胡宋會」後，中國大陸方面所釋出的加強台灣農產品輸銷中國大陸之訊息，為目前台灣農產品諸多外銷市場之商機之一，惟亦應審慎評估其具體作法與對台灣農業可能帶來之長遠影響，以保障台灣農民權益，維護台灣農業永續發展。