蔡英文憑藉當年銜命研撰「特殊兩國論」報告，有功於李登輝，以為在二零一二年「總統」大選中，李登輝將會投桃報李，表態支持她並號召台聯黨支持者以至是「獨」派選民都將手中的選票投給她。尤其是李登輝明確表達「推翻馬英九」的態度之後，蔡英文更是以為鴻運將至，在自己宣佈參加民進黨「總統」初選之際，登門拜訪李登輝，尋求支持。因為按照她的邏輯，既然李登輝不喜歡馬英九並希望能由別人取而代之，那麼，自己作為馬英九的最大競爭對手，也就必然會得到李登輝的支持。倘按簡單機械的「二元背反律」，蔡英文有此想法，並不出奇。
實際上，在早期，李登輝的確是曾經將蔡英文視為取代馬英九的首選人物。在「五都」選舉期間，李登輝曾親蒞蔡英文的新台市長競選總部打氣。當蔡英文發生「十八趴危機」時，李登輝又聲稱蔡英文無須道歉，因為錯在制度不在個人。李登輝還曾說過，綠營二零一二的最佳配搭，就是蔡英文配王金平。甚至直到今年三月十七日，蔡英文為參加民進黨「總統」初選赴翠山莊拜會李登輝。據蔡英文會後轉述，李登輝覺得這幾年來她表現不錯，也希望她「繼續努力下去，一定要成功」。黨媒體追問，李登輝是否明確支持她時，蔡英文說，「他是有鼓勵的意思啦」；媒體再問，「有感受到李登輝心中是唯一支持妳嗎？」，蔡英文連忙說，「不要套我的話，能講的我都講了」。至於李登輝是否有建議副手人選，或有無鼓勵蔡英文和蘇貞昌搭檔，蔡英文說，會中沒提到這些，應該是下一階段的事。而當政壇上傳說李登輝認為蔡英文欠缺治理台灣的經驗，表示她是年輕女性，雖然非常優秀，但她要當「總統」的話，時機還嫌早了一點，難像不會重蹈陳水扁覆轍時，李登輝連忙公開否認曾說過這樣的話。這種種跡象顯示，似是蔡英文已經穩過泰山，篤定獲得李登輝的支持，也必然會像四年前對待謝長廷那樣，號召選民支持她。
確實，蔡英文與李登輝的淵源極深。台灣時政評論員黃創夏就曾透露，李登輝上臺後想要在安全機構組建一個關於「WTO」和兩岸關係的研究小組，但他不信任「大陸研究所」、「三民主義研究所」等國民黨的傳統智囊團，開始倚重政大「國關中心」、台大「國發中心」等學術機構。台灣當時正面臨複雜的台美經貿談判，熟悉國際經濟事務的蔡英文在這種情況下進入李登輝的視線，於一九九四年被聘為「陸委會」諮詢委員，正式踏足政壇。此後，擔任政大法律系教授的蔡英文，在李登輝的授意下主持了攸關兩岸關係發展的「零八一六」項目，主要包括台灣參與「WTO」組織和「特殊國與國關係」（通稱「兩國論」），再研究兩個子項目，李登輝為此通過台灣「國安局」為蔡英文「捐贈」了新台幣二百六十二萬元的研究費用用 。
蔡英文參與 「兩國論」的推動及具體檔案的起草工作後，搖身成為李登輝大陸政策體系的核心人物之一，被稱為李登輝 「兩國論」的 「接生婆」，其專業能力和
「台獨」思想越來越獲李登輝欣賞。一九九八年十月，李登輝欽定蔡英文隨同辜振甫率領的海基會代表團訪問大陸，擔任發言人角色，首次從幕後走向台前。李登輝卸任前，還向陳水扁推薦，讓蔡英文出任「陸委會」主委。
因此，李登輝對蔡英文有知遇之恩，他不僅是蔡英文的政壇領路人，也是對她影響最深的政治人物，包括權謀、政治權力的操作，如何利用政客們的私心，以隱忍的態度各個擊破，這些都是李登輝教給蔡英文的。因此，蔡英文一直對李登輝感佩有加且執禮甚恭，經常向李登輝請教問安。蔡英文參選新北市長時，李登輝也宣稱要向她傳授選舉的「必勝秘籍」，把自己的政治資源和影響力全都移交給蔡英文，顯見李登輝對蔡英文的器重和期待。
但在近日，李登輝似是態度急轉直下，多次公開表達對蔡英文的不滿。當蔡英文提出「非核家園」時，李登輝則公開質疑：「非核要怎麼『非』，台灣妳就能源有辦法解決，再來講。」反問，「非核要怎麼非？」台灣的能源問題有辦法解決再說，有能力、有電再來談核四不商轉，「不是隨便說說！」要能解決替代能源再說，現在能源是台灣最大問題，若無核電，應研究其他發電方式。李登輝還指出，台灣的核電廠很新、日本福島核電廠很舊了，「據我瞭解，台灣四個核電廠的位址都不是在地震帶、斷層帶」，大家都說大屯山是斷層，但大屯山不是活火山，地震是否影響核電廠，還要進一步研究，「不要隨便說！」李登輝進一步指出，台灣已興建的三座核電廠，為何放在墾丁和東北角？因為這些地方和斷層、地震帶沒有任何關係；他之前看到新聞報導，說很多核電廠位於地震帶，「我不太瞭解，這些資料哪來的？」
他還表示，蔡英文「沒有治國經驗」，言下之意是蔡英文應該退選。
前日，蔡英文提出台灣的石化業應當搬到中東去，李登輝由反駁說，國光石化以煉油廠為主，是石油化學產業，石化對台灣有許多幫助，和現在的電子業都是產業的中心，至於存廢問題「很難說」。他進一步說，石化業對環境污染很大，如果要廢掉，附近民眾會煩惱就業問題，當就業與環保有衝突，應該廣泛研究。
李登輝認為蔡英文不了解這個問題。
李登輝之所以會批評蔡英文，顯然是衝撞了李登輝的「神主牌」。實際上，台灣的核電政策，雖然是由蔣經國時代開端，並被列為「十大經濟成就」。但是，蔡英文卻提出「非核家園」，這等於是否定李登輝的「核電」理念。同樣，石化業也是在李登輝時代才鼓勵發展的，是被視為台灣經濟轉型的重要標志。現在蔡英文卻要將之否定，那就等於是否定他的政策。既然如此，在公共政策領域上，李登輝認為認為蔡英文仍然缺乏經驗，根本不是她的期望。
為此，有媒體指出，對於蔡英文的核能政見，國民黨若反對，可能被貼上「藍綠惡鬥」標籤；蘇貞昌若反對，就會被解讀成「蘇蔡心結」；但李登輝提出不同論調，跳脫藍綠、跳脫黨內選舉，蔡英文必須正面面對。
當然，李登輝突然轉變態度，可能也與他四年前支持謝長廷，但謝長廷卻不爭氣，狂輸馬英九二百多萬票，令到李登輝「失威」及臉面無光有關。為此，他也力圖避免再次「失威」，而力避公開支持蔡英文。即使馬他認為英九扶不上壁，他也不能因為表態支持馬英九的對立面而令自己「失威」。
從上述情況看，李登輝雖然仍然堅持「推翻馬英九」，但蔡英文並非是取代馬英九的最佳人選。而在台聯黨不準備提名「總統」候選人的情況下，要推翻馬英九，就只能是依靠民進黨的候選人。因此，他可能會把希望寄託在蘇貞昌的身上，因為蘇貞昌對核電政策，沒有象蔡英文那樣與李登輝「對著幹」。但是，在石化業問題上，蘇貞昌卻將與蔡英文相同的態度，這可能又會令李登輝捉棋不定。
「獨派」雖然對蔡英文宣稱要走「中間路線」十分不滿但為了推翻馬英九，這樣的「缺失」仍然可以包容接受，只要能推翻馬英九就行。而李登輝雖然也希望能推翻馬英九，而且目前具有實力能夠推翻馬英九的，就是蔡英文，就連馬英九也研判蔡英文對他爭取連任是最大的威脅，但為何李登輝卻不像「獨派」那樣不拘束於蔡英文的「缺失」，而李登輝則耿耿於懷？看來，關鍵是在於蔡英文否定了李登輝當年的政績，而「獨派」則不存在這個問題。
（發自湛江）