據李福鍾在《國統會與李登輝大陸政策研究》一書所述，作為「國統會」研究委員及幕僚小組核心成員的馬英九，不但直接參與「國統會」的創立，及《國統綱領》、「國統會」《關於一個中國的涵義》草案的研擬，而且還參加了「國統會」運作過程中的許多重要活動。因此，曾為此作出重要貢獻的馬英九，沒有理由不宣佈恢復「國統會」的活動，及恢復《國統綱領》的適用的。
由於李鍾福在撰寫這份博士論文的過程中，得到時任「研考會」副主委陳俊麟的幫助，並向「行政院檔案管理局」借用了完整的「國統會」檔案影印本，因而發現到馬英九在「國統會」籌組過程中及成立後所參與的工作，其中一些文件檔案還是馬英九當時的手稿。其中，一九九零年十月七日上午十時，「國統會」第一次會議在台北賓館召開，主委李登輝宣佈「國統會」成立。會議除由主委介紹各項人事聘任情況外，還由「總統府」秘書長蔣彥士報告「國統會」籌備經過，並聽取「行政院大陸工作會報」（即「陸委會」的前身）執行秘書馬英九的專題報告《兩年來的大陸政策與兩岸關係》。
台灣海基會和大陸海協會分別成立並進行初步接觸後，關於「一個中國」的內涵的爭議，開始端上了海峽兩會協商的桌面。台灣當局感到很有必要盡快定義自己的「一個中國」內涵，以爭取主動，避免被北京的「世界上只有一個中國，台灣是中國的一部分，中華人民共和國政府是代表中國的唯一合法政府」定義牽著鼻子走。為此，一九九二年七月二十九日，第二屆「國統會」研究委員召開第二次會議，討論關於「一個中國」涵義的草案文本，最後提出以三段文字為說明的《關於一個中國的涵義》（未定稿），送交「國統會」第八次委員會議議決。
值得注意的是，在馬英九於月前「總統府」緊急記者會上，所提「當時我也在場」的討論通過《關於一個中國的涵義》的一九九二年八月一日「國統會」第八次全體委員會議上，有兩個人是發言反對《關於一個中國的涵義》的文本的。其一是陶百川，強烈質疑一旦通過這個文本，就等同於提倡「兩個中國」甚至是「一中一台」，因而主張將之送回研究委員會，並將之束之高閣。其二是康寧祥，則是以民進黨「台獨黨綱」的立場予以反對。但由於沒有更堅決的反對聲音，而行政主管部門（「行政院長」郝村和「陸委會」主委黃昆輝）基於職責所在，必須為「草案」背書，因而李登輝仍以主委的職權，裁示「草案」通過。
其實，馬英九雖然反「獨」，但同時又反共。實際上，在於一九九一年十月二十九日召開的「國統會」研究委員第二次會議上，時任「陸委會」副主委，同時也是「國統會」研究委員的馬英九，作了一個題為《終止動員戡亂後對中共及兩岸關係之定位》的報告。馬英九在這份報告中，呈現的是代表當時「行政院長」郝村內閣的整體構思。根據這份報告，堅持了四十年的「一個中國」立場屬於「政策不變」的部分，而「中華民國之主權及於大陸全境」的立場也不會改變。至於「三不政策（不接觸、不妥協、不談判）」雖然不再提起，但仍然堅持「現階段我政府與中共政府不作政治性、實質性接觸」。比較重大的調整則是放棄以「戡亂」方式統一中國，與此相對應的是不再視中共為當然的「叛亂團體」，同時將中共定位為「實際控制大陸地區之敵對政權」。至於如何定義「一個中國」，「行政院」的態度是「一個國家，兩個地區，兩個政治實體」，而且「我為合法之中央政府，中共為控制大陸地區之敵對政權」。
《國統會與李登輝大陸政策研究》一書，附錄了馬英九於當年二月二十日手草的《動員戡亂時期終止後，中共政權與兩岸關係之定位》說帖尚未完成的草稿，其全文如下：
壹、終止動員戡亂時期之政治涵義
一、回歸憲政常態，落實憲政改革
二、認知國家暫時分裂之政治現實
三、正式放棄以武力統一中國之政策
（說明：終止戡亂時期之首要原因為落實台灣地區之憲政改革，其次方為兩岸關係之調整。惟此說明屬背景參考性質，不一定列入國統會未來正式討論時之內容。）
貳、終止動員戡亂時期之影響
一、政策改變部分－－我方不再以「戡亂」方式統一中國
二、政策不變部分
（一）一個中國的基本立場。
（二）中華民國之主權及於大陸全境。
（三）以和平及民主方式統一中國。
（四）反共。
（五）在中共放棄武力犯台之前，兩岸交戰狀態尚未終止，雙方敵對關係依然存續。
（六）現階段我政府與中共政權不作政治性、實質性接觸。
（說明：
叄、對中共政權之定位（原則：務實、對等、前瞻、可行）
一、不再視中共為當然之叛亂組織：對大陸之黨、政、軍組織、法人團體或其他機構、或個人，應視其有無具體叛亂行為，依法就個案認定。
二、視中共為一實際控制大陸地區之敵對政權，對其使用左列稱謂：
（一）中共政權（較貶抑之稱謂）
（二）中共（中性之稱謂）
（三）中共當局（較禮貌之稱謂）
（說明：
肆、對兩岸關係之定位（原則：務實、對等、前瞻、可行）
一、初步定位－－「一個國家、兩個地區、兩個政治實體」：適用於《國家統一綱領》之「近程」階段。
（一）在「一個中國」之架構下，兩岸分屬兩個地區－－「台灣地區」與「大陸地區」。
（二）我為合法之中央政府，中共為控制大陸地區之敵對政權，現階段雙方為一個中國境內之兩個政治實體。
二、次步定位－－視中共在左列三方面有無善意之具體回應再作決定：
（一）推行民主政治或自由經濟制度
（二）放棄在台灣海峽使用武力
（三）不阻撓我們在一個中國的前提下開展對外關係
（說明：
由此可見，馬英九雖然「反獨」，但亦反共，直到如今仍然如此，他把當時的「三不」－－「不接觸、不妥協、不談判」，改為現在的「三不」－－「不統、不獨、不武」。他與連戰、吳伯雄的反「獨」但不反共，以至是宋楚瑜的反「獨」親共的政治態度，有所不同。
（發自盧森堡）