自上世紀80年代兩岸民間開始交往以來，兩岸司法互助從無到有，從個案合作走向規範臂制度化建設，合作範圍逐步擴大，合作機制不斷發展，合作成效不斷顯現。

2009年《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協定》簽署，7年來，兩岸執法部門在協議框架下密切合作，破獲了很多廣受關注的案件，開展了一系列的司法互助合作，為保護兩岸人民的福祉，維護兩岸的交流秩序，做出了貢獻。

《金門協議》

1987年11月後，隨著兩岸交流的不斷擴大和深入，臺灣民眾也迫切要求解決兩岸交往中衍生的具體問題，因而兩岸事務性商談不可避免，解決兩岸相關實務問題迫在眉睫。

在處理實務問題方面，大陸首先釋出善意，1989年4月大陸警方通過新加坡警方將被臺灣通緝的殺人嫌疑犯楊宗明轉交臺灣警方。有鑒於此，同時又感到有共同解決事務性、功能性問題的迫切需要，臺灣當局於同年 8月開始考慮籌設一由「官方」授權 的民間仲介團體，建立與祖國大陸方 面非正式接觸的正常管道。隨後，並 有了先由兩岸的紅十字會組織，經授 權後，處理兩岸相關法律事務成了現 實的途徑。

1990年7月21日、8月13曰， 發生「閩平漁5540號」和「閩平漁 5202號」事件，臺灣軍警在兩次遣返大陸私渡人員時，採取非人道的做法，在海上遣返福建途中，致使46人死亡。為杜絕今後發生類似慘痛事件，由此為開端。同年9月，兩岸「紅十字」在金門舉行商談，就解決違反有關規定進人對方地區的居民（即私渡人員）和刑事嫌疑犯或刑事犯的遣返問題進行協商，並於1990年9月10日簽訂《海峽兩岸紅十字會組織在金門商談達成有關海上遣返協議》（即《金門協議》）。協議就遣返原則、遣返對象、遣返程式和交接地點等形成5條原則協議，就通過海上途徑相互遣返偷渡者、刑事嫌疑犯或刑事犯達成共識。其中規定遣返的原則是「應確保遣返作業符合人道精神與安全便利」，並且規定遣返交接地點（馬尾一馬祖，金門一廈門）和程式。這是1949年以來，兩岸分別授權的民間團體簽訂的第一個書面協議，也是一份具有准刑事司法協助性質的協議。

自《金門協議》簽署以來，截至2009年1月，根據該協定，兩岸紅十字組織共同實施雙向遣返作業212批，雙向遣返38936人。其中，大陸向台方遣返非法入境人員、刑事犯、刑事 嫌疑人91批366人。

但該協定只是有關遣返刑事犯的單項協議，不包括經濟犯，而且實施遣返作業時須通過民間機構，兩岸司法部門本身並沒有建立直接聯繫。這使兩岸在聯合打擊犯罪過程中取證難、執行難、公證程式繁複、兩岸警方難以聯合行動等問題懸而未決。

《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法 互助協議》

2008年5月，國民黨重新上臺，在「九二共識」的共同政治基礎上，兩岸關係大幅改善，兩岸兩會於2009年4月在南京簽署了《海峽兩岸共同 打擊犯罪及司法互助協議》，兩岸司法互助實現了里程碑式的突破。按照協定，兩岸同意在打擊電信和網路欺詐、走私毒品和偽鈔等犯罪方面共同合作，分享資訊，協調通緝行動，協助遣返嫌疑人等工作。

據瞭解，近年來，針對電信詐騙高發的勢頭，兩岸警方共組織聯合行動47次，破獲個案17,000餘起，抓獲 犯罪嫌疑人超過了7,700人。在兩岸警方嚴厲打擊犯罪的震懾下，不法分子開始將窩點轉移至第三地實施電信詐騙，電信詐騙犯罪在臺灣明顯緩解，但在第三地設點冒充「公檢法」詐騙大陸群眾的犯罪卻有增無減。此外，近年來，兩岸警方合作偵破重大毒品案件50多起，繳獲毒品、易制毒化學品20多噸。同時，兩岸警方在合作打擊嚴重暴力犯罪、經濟犯罪、網絡犯罪、拐賣人口、走私、偷渡等犯罪方面也取得顯著成果，連續偵破多起重大涉台傳銷案件、跨境制售假藥、假酒等侵犯知識產權案件，摧毀多個兒童色情網站、網路賭博集團和拐賣大陸婦女赴台賣淫團夥。2009年以來，大陸公安機關協助臺灣方面緝捕遣返臺灣通輯犯和犯罪嫌疑人460多人，兩岸警方在合作打擊犯罪 方面取得明顯成效，得到了兩岸民眾的肯定。