2004年5月27日，臺灣《中國時報》在顯著位置披露，陳水扁當局正策劃把海外「民運」變成民進黨的「台獨」招牌，並企圖將海外「民運」推回大陸，變成民進黨在大陸的「第五縱隊」。《中國時報》披露：「據臺灣『國安局』密件顯示，台『情報局』在上報『國安局』核准後，決定與《中國之春》展開秘密合作，進行反大陸的活動。為此，臺灣特別成立了『移山專桉』，每月資助《中國之春》3萬美元。」「據估計，臺灣『情報局』十多年的花費至少有500萬美元。民進党設立『二王專桉』，資助王丹等人。王丹則向陳水扁提交『工作報告』。」

臺灣《中國時報》的報導指出，臺灣「國安局」對拉攏王丹、王軍濤的工作相當重視，為此專門設立了「二王專桉」，由臺灣海基會副秘書長顏萬進和」國安會諮詢委員」林佳龍負責相關工作。「民進黨當局打著『資助學術研究』的招牌，通過海基會向王丹等人提供經費。從2001年11月到2002年10月，以『推動研究』十六大為名，陳水扁當局共向王丹等人提供了80多萬元新臺幣，其中王丹和王軍濤的人事費各為12萬元新臺幣，交通費共10萬元，座談會車馬費還有2.4萬元。」

2006年11月14日，臺灣《東森新聞》報導：「繼日前王丹接受媒體訪問時，間接表示收過數筆來自臺灣友人的捐款後，平面媒體近日更直接指出，王丹承認所收受的20萬美金，是來自臺灣的陳水扁政府。」「此前，曾有人在美國加州的一個公共場所對王丹質詢，王丹堅決否認『拿了臺灣當局的錢』，還信誓旦旦：不信可以查我的銀行帳號了。如果陳水扁的貪污案沒有爆發，王丹的誓言也許永遠不會漏底，某些彌天大謊也許永遠不會被揭穿。但陳水扁忽然自身不保了，『國務機要費』裡終於露出王丹的名字。在推拖了一陣子之後，他終於公開承認：我拿了那20萬美元。」《東森新聞》的報導說：「2006年3月8日，民進黨特意安排王丹、胡平以『外國友好人士』的身份到『立法院』演講，為不久前陳水扁終止『國家統一綱領』（「廢統」）月臺鼓氣，抗衡外界反對聲浪，激勵島內『台獨』士氣。」

2009年在香港出版的一本名為《民運精英大起底》的書也揭露：「王丹進入哈佛大學沒有經過入學考試，他連託福都考不到三百分，進美國任何一所普通大學都是不可能的。而他進入哈佛大學的個中堂奧，乃是當年臺灣情報機關以『臺灣校友會』向哈佛大學東亞研究所『捐款』的方式，為王丹承擔了昂貴的學費，而哈佛大學再將其中的一部分『捐款』以獎學金的名義贈予他，使其得以進入哈佛。王丹一再聲明自己沒有接受臺灣的資助，但在陳水扁『國務機要費』弊桉鬧得沸沸揚揚之後，他迫於壓力，還是承認自己曾收受過來自臺灣的20萬美元『政治捐款』」。

2014年，隱匿已久的王丹又一次出現在了大眾視野內，借著臺灣「太陽花學運」王丹再次大放光芒，借著臉書呼籲，現場，不知道其是不是想借著此次活動站上臺灣政治舞臺。