在中共十九屆三中全會審議通過《中共中央關於深化黨和國家機構改革的決定》和《深化黨和國家機構改革方案》，並決定按照法定程序提交十三屆全國人大一次會議審議之後，社會上曾經流傳，國務院台灣事務辦公室與國務院港澳事務辦公室合併，組建新的「國務院台港澳事務辦公室」，撤銷國台辦和港澳辦。還有一個說法更「前沿」的說法，是國台辦、港澳辦、國僑辦、宗教局、民族事務委員會等機構，合併為「國家統一委員會」。

上述傳說曾經傳得「有鼻子有眼睛」，因而各種揣測、議論紛紛出籠。如果說，倘是民間學者、媒體甚至是作為民意代表的台灣地區「立委」，在保密制度之下，作出各種揣測，可能會與事實有較大距離，但仍屬可以理解的話，那麼，作為台灣當局的公權力機關，在尚未得到確切情資之前就「大嘴巴」式地妄加評論，就完全「失格」了。實際上，「行政院」發言人徐國勇就在新聞發布會的正式場合上公開聲稱：「中國一直想矮化台灣，把台灣與港澳相提並論，這是他們很明確明白貶抑台灣的做法。」反而他的「大老闆」—「行政院長」賴清德，即使是在「立法院」備詢的場合中，被「立委」「突然襲擊」式地質詢對此傳聞的看法時，也是頗為謹慎地回答說，這是中國事務，他不宜置喙，但他相信台灣人民會希望中國不要走回頭路。而陸委會的回應更是較為務實，在表示「政府會予以密切注意，但不評論」的同時，也較為客觀地指出，「中國大陸近年來進行多次相關機構合併或改革，旨在解決其部門機構重疊、職權交叉、政出多門的矛盾，相關情形可能待第十三屆一次人大會議討論確定。」

其實，對於國台辦與港澳辦是否會合併的問題，作為第十九屆中央委員，因而出席了中共十九屆三中全會，參與對上述兩項文件審議及表決的國台辦副主任（現已「坐正」主任）被問到此一傳聞就明確表示「沒有聽說過」，還反問記者「從哪裡聽到這個消息」。劉結一還指出，深化黨和國家機構改革目的是為了把各項工作做得更好，至於具體如何推進改革，請大家耐心等待，但他強調中央對台工作的大政方針是一以貫之，工作只會進一步加強。至於他個人是否願意兩辦合併，劉結一沒有回應。這已經是在該兩項文件正式公開發表之前，必須嚴格遵守保密制度和紀律之時，可以「品味」出「不會合併」答案的回答了。

而在第十三屆全國人大第一次會議上，國務委員王勇受國務院委託，向會議作關於《國務院機構改革方案》的說明，及中共中央印發並公佈了《深化黨和國家機構改革方案》，而國務院第一次常務會議也審議通過的國務院直屬特設機構、直屬機構、辦事機構、直屬事業單位設置方案，並公佈《國務院關於機構設置的通知》，證實國台辦與港澳辦並沒有合併，仍然是像此前那樣，國務院港澳辦仍然屬於國務院的辦事機構，而國務院台灣事務辦公室與中共中央台灣工作辦公室仍然是「一個機構兩塊牌子，列入中共中央直屬機構序列」，亦即仍然是也可被視為國務院辦事機構。這就折射出，作為權威性的「行政院」發言人的徐國勇，卻竟然輕信未經證實的傳言，並就此作出「權威性」而且帶有情緒化的「發言」，就過於輕率及「意識形態化」了。當然，更暴露了台灣當局的蒐情能力的不足。

國台辦與港澳辦沒有合併，反而是此前被視為較為「前衛」，因而可能性較低的另一個方案，倒是有部份實現了，但仍有較大差別，只是國務院僑辦、宗教事務局、民族事務委員會，改由中央統戰部統一領導，其中國家民族事務委員會仍作為國務院組成部門；國家宗教事務局併入中央統戰部，中央統戰部對外保留國家宗教事務局牌子，不再保留單設的國家宗教事務局；國務院僑務辦公室併入中央統戰部，中央統戰部對外保留國務院僑務辦公室牌子，不再保留單設的國務院僑務辦公室。這與將中央直屬機關工作委員會和中央國家機關工作委員會的職責整合，組建新的「中央和國家機關工作委員會」，作為黨中央派出機構，不再保留中央直屬機關工作委員會、中央國家機關工作委員會，及將中央黨校和國家行政學院的職責整合，組建新的中央黨校（國家行政學院），實行一個機構兩塊牌子，作為黨中央直屬事業單位等一道，凸顯了「黨政合一」的取向。

國台辦與港澳辦並沒有合併，凸顯了不能將台灣事務與港澳事務混為一談。因為兩者的情況不同，香港、澳門是已經回歸，納入中央政府的直接管轄，如習近平在中共「十九大」報告就強調必須將維護中央對特區的全面管治權，與保障特區的高度自治權有機地結合起來，並強調香港、澳門是在國家憲法和基本法構成的基礎性法律地位。習近平去年七月視察香港特區時，也提到香港回歸二十年，已經納入國家治國理政的體系。

而台灣問題，雖然從政治立場及國際認知上說，台灣地區是中華人民共和國不可分割的一部分，但由於歷史的原因，現在中央政府尚未能對台灣地區實行有效的行政管轄，有待統一。而且，台灣地區的政治情勢極為複雜，有其本身的一套政權架構，也有各種不同政治立場的政黨，並實行西方式的政治制度。何況，國台辦與國務院港澳辦合併，也很難進行人事安排。因而這就注定了台灣事務與港澳事務並不相同，如果生硬地將之合併，可能會造成混亂。

曾有學者專家分析說，國台辦與港澳辦合併，有利於反對「台獨」和「港獨」。其實針對這兩「獨」的方式並不一樣。香港因為現已經在中央政府的直接管轄之下，有基本法作規範，因而當因「港獨」等因素發生暴亂時，最高國家權力機關可以依法決定將某些全國性法律在香港特區實施，而現有的一些法律，尤其是被反對派或人權組織視為「護身符」的法律，暫時「凍結」，這是有效的法律手段。而對台灣，則缺乏這樣的法律手段，而是啟用《反分裂國家法》，採取非和平手段。

其實，即使是香港特區發生某些暴亂，也將無須使用到上述的手段，而是依法治港，使用現有的法律手段，就能發揮作用。如近日的以法律手段，懲治在「佔中」、「旺角暴動」違反相關刑事法律制度的「本土」以至「港獨」分子；或由全國人大常委會「釋法」，處理個別立法會侯任議員的辱華行為，就能將「港獨」氣焰壓了下去。

至於將民族、宗教、僑務納入統戰部，這也符合習近平的統一戰線工作觀。而並未將台灣事務和港澳事務納入統戰部，則可能是出於實際操作的需要。當然，在客觀上也可消除部分台灣民眾的疑慮。實際上，在二十年前，當「陸委會」還是由反「獨」、不排斥統一的國民黨人主掌時，就曾對「統戰」一詞表達疑慮。因為他們中有不少人，對國共內戰的「統一戰線」仍然懷有一種恐懼感。因而認為適宜效仿香港、澳門新華社，將工委統戰部對外稱為「協調部」那樣，改名為中共中央協調部，或是中共中央協調服務部。但由於「統一戰線」的中共的「三大法寶」之一並排列在「置頂」位置，因而不可能接受此建議。

從國台辦和港澳辦沒有合併，也可以預料，中央對台工作領導小組和中央港澳工作協調小組，將不會像某些中央辦事機構「升格」為「委員會」那樣，也「升格」為「委員會」，仍然是以「小組」方式運作，國台辦或港澳辦仍然分別作為其辦公室或執行機構。