自「公投」立法後，過去曾三次六題「公投」並捆綁大選，都因「門檻」較高而未能獲得通過。首先就是因為投票率未能過半而被否決了，遑論還要跨過第二道贊同票也需過半的「門檻」。而按照「立法院」去年十二月通過的《公投法》修訂法案大幅降低「門檻」，不但「成案門檻」降低，而且「通過門檻」也降低。而比照新的「門檻」，此前的六個全島性「公投案」，有四個是可以通過的，包括民進黨和國民黨分別提出的「入聯公投」與「返聯公投」。因為只要投票率達致四分之一，贊同率只要獲得簡單多數，就「頭過身也過」地獲得通過了。
在「成案門檻」和「通過門檻」都大幅降低到刺激及鼓舞下，各方勢力都蠢蠢欲動地提出「公投案」，並意圖與「九合一」選舉捆綁起來，以借助「九合一」選舉抬高「公投案」的得票率，就可跨過「簡單多數」的「贊同率門檻」而得遂其願。而《公民投票法》也有「公投案」公告成立後一至六個月內若有全島性選舉，「公投」就必須與全島性選舉合併舉行，以降低鉅額的選務成本的規定，因而竟然有三十多個議題申請「公投」，而且還是首次捆綁全島性的地方選舉。但雖然「連署門檻」也已大幅降低，畢竟第二階段連署仍需繳交二十八萬多選民的連署書，而且為保險起見，避免因重複連署或不具選民資格者參與連署而被剔除，而造成「廢案」，往往需要呈交四十萬張連署書，因而最後能夠在本週內呈交「中選會」審核的「公投連署書」，只有九宗。
然而，即使如此，也給台灣當局「九合一」選舉的選務工作，帶來了極大的工作量。據「中選會」透露，已經召集二十一萬名人力，後續薪資與訓練費用需八千萬元左右，還有舉辦公聽會及電視辯論會的費用等，「公投案」估計要耗費十三億元的經費；倘加上「九合一」選舉預估花費三十億元，此次選舉下來，起碼要花四十五億元。
因此，在十一月二十四日的投票日，可能會出現一個奇景，那就是每一位選民，手中將持有十多張選票。比如，選舉縣市長、縣市議員，鄉鎮長（或里長）、鄉鎮市民代表的選票，這是「九合一」選舉中最基本的選票，再加上九張「公投」票，就是十三張或以上的選票。這就不但將使每一位選民在填票、投票過程中使用的時間較多，而且選務方面的開票時間也將會大為增加。
而且，由於「九合一」選舉就要為每個選舉標的（如縣市長、縣市議員及鄉鎮長等）各設置一個投票箱，本來就比「總統」、「立委」大選更佔空間，再加上有九道「公投題」，倘每道「公投題」都設置一個投票箱，那就將是投票箱塞滿投開票所了。而投開票所多數是借用學校的課室，本來面積就不大，如何佈置十幾個投票箱？據說，「中選會」將會採取權宜辦法，每三道「公投題」合用一個投票箱，投票結束後，先是將每個「公投」投票箱的「公投題」分開，再將每道「公投題」按照「贊成」、「反對」或「棄權」分開，再作點算，以節省時間。但仍然必須是在先行點算「九合一」選舉的選票並公佈選舉結果之後。因而估計，整個「公投綁大選」的開點票工作，要忙到凌晨甚至是天亮。
這還不算是麻煩事，某些有爭議的「公投題，才是棘手大事。此前「中選會」就利用程序技術手段，阻止了「禁五星旗公投」進入第二階段連署。但「東京奧運，台灣正名公投」，雖然「行政院長」賴清德及「外交部」、「體育署」、中華奧會等都清楚說明，即使是獲得通過也將無濟於事，台灣運動員還是必須以「中華台北」的名義參加東京奧運，否則將會戕害台灣運動員的出賽權益，但「獨派」團體及紀政卻仍然頑固到底，繼續徵集連署書，而且還徵集到五十二萬份，因而跨過「成案門檻」的機率甚高。
蔡政府說，即使是「台灣正名公投」獲得通過，也將不會執行，更不會向東京奧運組委會申請改名，台灣運動員仍將會以「中華台北」的名義出賽。真的是這樣嗎？非也。因為按照《公民投票法》規定，「公投案」通過後，「行政院」必須在三個月內，根據「公投案」的內容擬定法案，並在「立法院」本會期內提請「立法院」，「立法院」也必須通過，這就成為「國家法律」，否則將構成「違憲」，因而中華奧會就必須打著「台灣代表團」的旗號出場。盡管國際奧委會完全可以根據會章的系列法條予以拒絕，但已在國際上造成擾攘。
而且，國際奧會還可能會以中華奧會違反國際奧會章程，及《洛桑協議》等的規定為由，撤銷中華奧會的會籍資格。而按照國際奧會章程規定，會員體被開除會籍後不能申請恢復會籍，只能在更改名稱後，以新的名稱申請入會。但台灣地區今後就根本沒有機會重新入會，因為在西班牙籍的薩馬蘭奇擔任國際奧會主席時，針對其家鄉的「獨派」政黨醞釀發動「獨立公投」的事態，而主導修改會章，規定只有主權國家才可成為國際奧會的會員（並不影響此前此已經成為會員體的中國香港、中華台北）。由此，中國澳門一直未能加入國際奧委會，即使是得到中國奧委會和中國香港奧委會的背書，都不得其門而入。既然連已經回歸祖國的中國澳門都不行，尚未統一的台灣地區就更不可能。這樣，台灣地區的運動員，就將會喪失參加「奧會系列」的各項國際性賽事的資格。
蔡政府及其「中選會」顯然是已經意識到此問題的嚴重性，因而也在設法讓該案「流案」。比如，陳英鈐日前在受訪時就表示，各項「公投案」要綁年底大選，理論上應於九月六日前將連署書送件。但「台灣正名公投案」就算送件了，仍可能有無法預期的狀況導致錯過十一月二十四日的「九合一」選舉。他的如意算盤是，因為「中選會」接到「台灣正名公投案」的連署書後，還需將之寄送到戶政事務所查對連署人是否符合資格。而「獨派」團體在徵集該「公投案」的連署書時，並沒有嚴密的組織系統，只是在街頭擺攤的方式進行，因而在向「中選會」送件時，並沒有按照連署人的戶籍所在地分類，必須由「中選會」工作人員代勞，這就需要耗費不少的時間。待到戶政事務所審核完畢時，已經錯過了「綁大選」的時間。雖然仍然可以單獨舉行「公投」，但因為沒有依附大選，投票率肯定不高，而可能會遭到否決。
「中選會」為了達致此目標，而又避免讓「獨派」團體「抗議」，可能會以同樣的手法，施用於國民黨發動的三個「公投案」，以作「陪綁」，彰顯「公正性」。國民黨是否會「顧全大局」？並未見得，因為是它是希望能籍著「公投」來提高投票率及得票率的。而且，也「樂見」「台灣正名公投案」獲得通過，讓蔡政府被迫品嚐「苦果」。
蔡政府遇到的另一棘手問題，就是在今次「公投綁大選」中，有兩個「公投案」的內容，是完全相反的。那就是在同性婚姻的議題上，反對及推動的「公投案」各有一個。由於「贊同門檻」已經降低到簡單多數，而不是此前的過半數，因而兩個「公投案」都有機會獲得通過。
屆時蔡政府將怎麼辦？究竟是為同性婚姻立法，還是立法禁制同性婚姻？有專家說，「立法院」可以申請「釋憲」。但問題是二零一六年「大法官會議」已經作出了「釋字第七百四十八號」「釋憲文」，認定現行《民法》無法使同志族群享有結婚的權利屬於「違憲」，要求相關機關於兩年內完成修法，保障相同性別的二人擁有婚姻自由平等的權利，若未在兩年內完成修法，則比照現行《民法》辦理。
按照這個邏輯思路，為反對同性婚姻而立法，將會形成新的「違憲」。但「公投」是「憲法」保障的公民權利，倘不執行獲得通過對「反同性婚姻公投」進行立法，也是「違憲」。這真正是「自相矛盾」啊。