「立法院」「外交及及國防委員會」昨日邀請「外交部長」吳釗燮報告業務概況，並備質詢。台灣基進「立委」陳柏惟在質詢中聲稱，台灣地區的陸委會目前是隸屬於「行政院」之下，與中國大陸的國台辦相對應，負責處理海峽兩岸事務。然而，國台辦是設在統戰部之下，但台灣地區沒有統戰部之設，目前陸委會與中國國台辦並不對等，因此建議未來「外交部」可以成立「中國司」，或是成立「內交部」或「統戰部」將陸委會併入，處理中國、香港、澳門的議題。
陳柏惟還聲稱，陸委會目前的角色主要是處理兩岸交流，不敢強硬回批國台辦的發言，許多議題都是在國台辦發言後，卻由蔡英文來做回覆，這樣是貶低台灣當局的「國家地位」。因而他才拋出陸委會組織定位的改善建議。他形容，「現在陸委會整天被人家吃豆腐就飽了」。
吳釗燮對此回應說，「可以討論，但是超出我的職權」。
將陸委會併入「外交部」成為其下屬的「中國司」，雖然只是台灣基進黨的唯一「立委」陳柏惟提出，並非是民進黨「立委」的構思；但吳釗燮「順著桿子爬」的回應及態度，卻令人感到驚詫。他說是這個議題已經超出他的職權，因而未能當面答复，只是說「可以討論」；但以他並不反對的「可以討論」回應看，倘若他具有此職權，可能就是當即給予陳柏惟滿意的答复，並承諾立即進行研究並透過相關程序付諸實施了。
別看吳釗燮「謙稱」自己沒有此職權，他可是蔡英文有關「國家安全」尤其是「外交」、大陸事務的最重要謀臣。當年他是接替蔡英文出任陸委會主委的，兩人是一脈相承，「心有靈犀一點通」。後來吳釗燮在出任民進黨駐美代表時，充分利用其在華盛頓的人脈關係，打通華府「關節」，讓到訪的蔡英文有機會向華府承諾，維護「中華民國憲政體制」，「維持現狀」，從而令華府放心，這也是華府將以陳水扁為代表的民進黨當局視為「麻煩製造者」，轉變為支持以蔡英文為代表的民進黨的關鍵轉捩點。吳釗燮在出任民進黨秘書長時，全力襄助黨主席蔡英文參選「總統」。蔡英文當選後，對吳釗燮的表現極為滿意，任命他為「總統府秘書長」，後來在蔡政府面臨系列「國安危機」時，又讓他臨危受命出任「國安會秘書長」，作為蔡英文在「國安」領域尤其是「外交」、兩岸事務的頭號智囊。正因為他對蔡英文的絕對忠誠，因而雖然在他手中連接丟了幾個「邦交國」，蔡英文也沒有向他「問責」；也正因為他是作為蔡英文在「外交」、兩岸事務事務的頭號智囊，如果蔡英文對將陸委會併入「外交部」成為其下屬「中國司」的構思言聽計從，可能就將會成為事實。
蔡英文本來就是「兩國論」的研擬者，這個含有「兩岸國與國關係」的構思可能正對其「口味」。實際上，一九九八年十月海基會董事長辜振甫訪問大陸，李登輝把當時出任「國安會」諮詢委員，並非是海基會工作人員的蔡英文，以「顧問」的名義塞進訪問團，作為「監軍」及「密探」。江澤民在釣魚台國賓館會見辜振甫一行時，在重申「一個中國」原則的同時，提出進行兩岸政治對話的建議。蔡英文返台後向李登輝匯報此事，分析翌年十月海協會會長汪道涵回訪台灣，在與李登輝會面時，將會提出同樣的命題，尤其是「一個中國」的內涵，建議李登輝及早作出應對措施。
於是，李登輝指令蔡英文領銜成立「強化中華民國主權國家地位小組」，以圖研擬出一套理論，在法理上證明，「台灣不是中華人民共和國的一部分」，以便於李登輝在會見汪道涵時，以此「理論」反駁汪道涵提出的「一個中國」內涵。在一番研究之下，蔡英文正式向李登輝提交「特殊兩國論」的研擬報告。
李登輝接到報告後，愛不釋手。未等到一九九九十月汪道涵回訪台灣，就搶在七月九日接受「德國之聲」總裁魏里希等人訪問時，提前「爆」了出來，當即引發大西洋之間的「大兩岸」和台灣海峽之間的「小兩岸」的激烈動盪。
二零零零年三月，陳水扁當選「總統」，李登輝向陳水扁推薦了蔡英文。陳水扁發表蔡英文將於五月二十日起，出任「陸委會」主委。當時仍然在任「陸委會」主委的蘇起，針對「特殊兩國論」，梳理了海峽兩會一九九二年十一月在香港進行事務性商談及之後所達成的共識，將之歸納為「九二共識」。其中一個用意，就是意圖阻止蔡英文將「特殊兩國論」帶進「陸委會」。
而現在由陳柏惟提出，獲吳釗燮認同的將陸委會併入「外交部」，並成為其下屬的「中國司」的概念，等於是將中國大陸視為另一個國家，與台灣地區割裂，與蔡英文當年研擬的「兩國論」，或陳水扁的「台灣中國，一邊一國論」，完全吻合。
倘此，「陸委會」也就沒有存在的必要了，其現在所主管的所有業務，包括香港、澳門事務，都將併入「外交部」，並成為「外交部」下的「中國司」。按此邏輯，「僑委會」也將裁撤並併入「外交部」。
其實，要將陸委會併入「外交部」的設想，並非首次現世，而且還昰民進黨的一些政客提出，建議將「陸委會」和「蒙藏委員會」、「僑委會」併入「外交部」。就連馬英九上台後，都曾研擬過將「僑委會」併入「外交部」。後來因為受到海外僑胞的強烈反對而作罷。但馬政府仍然策劃將「蒙藏委員會」併入陸委會。蔡英文上台後，則是在正式裁撤「蒙藏委員會」後，將其業務分別劃進陸委會和「文化部」，算是當作內政事務而不是「外交事務」處理。
吳釗燮說，將陸委會併入「外交部」的議題超出他的職權，實際上此職權掌握在蔡英文的手中。而由於蔡英文曾經向華府作過「維持現狀」及「遵守中華民國憲政體制」的承諾，因而可能不敢接過這個「超前」的命題。但既然她的重要謀臣吳釗燮已經認可，必然會以其特殊身份的便利，向她「吹風灌水」，尤其是投其所好，將之與蔡英文研擬的「特殊兩國論」對接融合起來，可能會讓蔡英文心動起來。
而吳釗燮之所以認同陳柏惟的概念，除了是本身的「台獨」思維在發酵之外，可能也有要做「大外交部長」的個人野心，在將陸委會「僑委會」等相關部會併入「外交部」之後，「外交部」的業務職權範圍就將會擴大，成為超級部會，滿足其做台灣地區「國務卿」的官癮，當然更是認為這是他扶持蔡英文上台的應有獎賞酬勞。
值得注意的是，陳柏惟當著吳釗燮的面，大數陸委會的「不是」。這顯示，「獨派」很不滿意陸委會近來的表現。實際上，陸委會曾經幾次澄清了「獨派」製造的謠言，包括血友病少年的「國籍」問題等。但也導致陸委會主委陳明通遭到蘇貞昌、陳時中的「打臉」。可能陳柏惟感到吳釗燮與蘇貞昌、陳時中的觀點相通，因而在吳釗燮的面前告陸委會的「狀」，這就令吳釗燮更為認同他的陸委會併入「外交部」的「台獨」構想。