陳水扁兼任執政民進黨主席，這是他爭取二零零四年勝選連任「總統」的重要部署之一。而「總統」兼任黨主席的重要配套措施，就是民進黨四月二十三日舉行的第九屆第十二次中央執行委員會會議通過的「修正中央黨部組織規程第八條案」，除了在中央黨部的一級部門中，增設族群事務部之外，還規定國際事務部、社會發展部、婦女發展部、中國事務部、族群事務部的主任得由「立委」兼任，以加強中央黨部尤其是與選務工作有密切關係的一級部門的戰鬥力。
按「民進黨中央黨部組織規程」規定，民進黨中央黨部的一級部門共有十三個，分別是秘書處、政策委員會、組織推廣部、財務委員會、文化宣傳部、中國事務部、社會發展部、民意調查中心、婦女發展部、台灣民主學院、青年發展部、國際事務部，及剛成立的族群事務部。
其中，秘書處的職掌是：一、人事管理；二、議事安排；三、文書處理；四、總務；五、會計；六、社會服務工作之辦理；七、各級黨部工作資訊化之規劃、推動；八、中央黨部資訊網路系統之建構與支援。秘書處主任為夏梓晏，副主任林秋菡。
政策委員會由委員三十一至三十五人組成，其中「立法院」黨團互推十三至十四人，「國大」黨團互推六至七人，縣市首長互推六至七人，院轄市議會黨團互推六人。政策委員會的職掌是：一、與其他政黨之溝通、協商工作；二、各級議會黨團之協調及聯繫；三、政策之研究分析、規劃及評估；四、與政策推動有關之相關事宜。政策委員會的主委由黨主席擔任；執行長由黨主席從「立委」中任命之，現任執行長是沈富雄，副執行長是吳祥榮、許淑芬。
組織推廣部的職掌是：一、組織發展計劃之研擬與推動；二、黨員及幹部之組織與訓練；三、地方及特種黨部之聯繫與協調；四、黨籍管理；五、選舉提名與競選策略之研擬及規劃。組織推廣部的副主任為莊嚴、高幸雪。
財務委員會由十五至十九人組成，其職掌是：一、財源籌措；二、預算決策之編制；三、財務及財產之稽核；四、會計制度及支出審核辦法之訂定。財務委員會的主委由主席提名經中央常務執行委員會同意而任命之；執行長由主委提名經主席同意後聘任之。財務委員會的執行長是張鴻銘。
文化宣傳部的職掌是：一、黨綱及政策之宣傳；二、新聞之發佈與聯繫；三、宣傳廣告之設計與製作；四、輿論動向之異集與分析。文化宣傳部的主任是鄭運鵬，副主任為林錦龍。
中國事務部的職掌是：一、有關中國事務工作的推動、聯繫與協調事宜；二、有關中國事務資訊的異集與分析事宜；三、有關台灣安全及戰略研究事宜。中國事務部的主任是顏建發，副主任為張國城、余莓莓。
社會發展部的職掌是：一、企業、勞工、農民、環保等社會關係之開發與推展；二、社會運動團體之聯繫暨社會運動之支援或主辦；三、民間團體之聯繫；四、其他與拓展社會關係有關的事宜。社會發展部的主任是謝欣霓。
民意調查中心的職掌是：一、社會意向之調查、分析與評估；二、選情之調查、分析及競選策略之評估。民意調查中心的主任是陳俊麟，副主任是鄭俊昇、李寬芳。
婦女發展部的職掌是：一、婦女工作之推動與聯繫事宜；二、協助本黨各地方黨部辦理吸收、組訓女性黨員事宜。婦女發展部的主任是何碧珍。
青年發展部的職掌是：一、青年工作之推動與聯繫事宜；二、協助本黨各地方黨部辦理吸收、組訓青年黨員事宜。青年發展部會的主任為阮昭雄，副主任為袁秀慧。
國際事務部的職掌是：一、各國政府及國會之聯繫；二、各國駐台機構及人員之聯繫；三、各國政黨之交流；四、國際組織及活動之參與；五、駐外機構及人員之管理。國際事務部的主任原是田欣，但在最近離職，已改由主席辦公室特別助理陳建仲兼任。
按照「民進黨中央黨部組織規程」規定，除財務委員會的執行長外，所有一級部門的正職主管的任期均與主席相同，而副職主管則是專任。按此規定，除財委會外上述各一級部門的主任，在今年八月一日謝長廷、陳水扁新舊主席交接時，全部均將與謝長廷共進退，而再由陳水扁委任新的主任。而陳水扁雖然可以留用舊人，但因「中央黨部組織規程」修訂後，國際事務部、社會發展部、婦女發展部、中國事務部、族群事務部的主任必須由「立委」兼任，而目前這幾個部門的正職主任陳建仲、謝欣霓、何碧珍、顏建發等人均不是「立委」，故他們都不可能會獲得留任，而有可能或是「降格」為副主任，或是離開中央黨部，或是調回原來任職的部門，如顏建發就有可能會恢復其政策委員會副執行長的原職。至於按規定目前就是以「立委」身份兼任政策委員會執行長的沈富雄，由於他一來本身就是「立委」，二來是「正義連線」骨幹，故獲得留任的機會甚高。
那麼，將會是哪幾位「立委」獲陳水扁委任為前述幾個一級部門的正職主管呢？從種種跡像看，曾有「總統府童子軍」之稱的蕭美琴回爐國際事務部的機會最高。社會發展部主任則有可能是由曾任民進黨台北市黨部主委，在「總統」大選中擔任陳水扁競選總部社團部主任的民進黨中常委、「正義連線」成員高志鵬出任。婦女發展部的主任，則有可能是由「新潮流系」的劉世芳或「福利國連線」的蘇治芬出任，這除了是發揮其主持大型晚會的功力之外，也是為了調和派系平衡。至於中國事務部的主任，如是從「正義連線」中物色，對大陸事務十分熟悉且為對岸所能接受，而且對擔任「兩岸特使」有很高期待的郭正亮、陳其邁的成數較高；尤其是陳其邁，因其父親陳哲南是「總統府」副秘書長，從陳水扁任台北市長時代就緊密追隨阿扁〔先後任市府民政局長及秘書長〕，在「信任度」方面更勝一籌。如是從「派系平衡共治」的角度考量，則一手創建中國事務部〔當年稱「中國事務委員會」〕，對兩岸事務用功很深，多次應邀到大陸出席「兩岸關係研討會」的前「美麗島」雜誌副總編輯陳忠信有望出線。