在面臨北京提出「兩岸航線」定位及台商「三通」以至近期的「春節包機直航」的雙重壓力之下，尤其是最近陳水扁因種種施政失誤而導致其民意支持度跌至百分之三十四新低點的危機中，據說台灣當局已加緊將在關鍵時刻打出「直航牌」的籌划運作，準備在明年底、後年初的第十一任「總統」競選的過程中，當陳水扁的選情告急，或是受到「泛藍軍」推出的候選人以「安定牌」及「兩岸牌」作猛烈攻擊時，宣佈授權海基會再由海基會委托民間專業團體與對岸進行「直航」談判，以爭取人心，挽回敗局。不過，為了將「直航牌」的效益最大化，在目前階段，則對兩岸「直航」議題盡量拖延，並以「官方談判」、「繞道飛行」等無理要求來凸顯及抬高「直航牌」的「最高價值」。──這是「向天要價，適當還價」的策略運用，只有曾經「向天要價」而顯出兩岸直航的「高困難度」，在「適當還價」時才能顯出自己最終同意實施「直航」的「誠意」，使自己的競選活動收到最大的吸票效果。

然而，「直航」對台灣當局來說，是一把雙刃劍。一方面，它固然將會為陳水扁的競選起到「加分」效果，對台灣地區的經濟發展也確是有利，也讓陳水扁能兌現曾對「國政顧問團」作出的承諾；但另一方面，卻又擔心「兩岸航線」的定位及「不掛旗」的安排，將會破台灣當局「一邊一國論」的局，及因得罪了極力主張「戒急用忍」的李登輝而導致「泛綠勢力」的分裂。因此，台灣當局主掌大陸工作事務的機構，似是正打算以「特殊航線」的定位，一方面蒙騙極力主張「三通」的島內民眾，使他們以為這個定位已經迎合了北京提出的「兩岸航線」定位，從而使陳水扁的「直航牌」能夠發揮預期的作用；另一方面也可偷換概念，以「特殊航線」來偷置「特殊國際航線」，保持「一邊一國論」及「特殊兩國論」的「尊嚴」。來個一石二鳥，兩面得分。

實際上，在「特殊航線」與「兩岸航線」之間，是有著本質上的區別的。「兩岸航線」是「一個中國」範疇下的航線，猶如內河內海航線；而「特殊航線」則是背離「一個中國」前提的，帶有濃厚的「特殊兩國論」的影子，其實「特殊航線」只是「特殊國際航線」的簡寫，只不過是它並不那麼明目張膽、明火執仗，把「國際」二字隱藏起來而已。

其實，台灣當局將「三通」航線定位為「特殊航線」，還有更深一層的用意，就是要刻意討好美國人，使美國航運商也可從中分一杯羹。換句話說，台灣當局就是意圖以出讓部份航運利益的「小虧」，來取換美國政府繼續支持台灣當局「以武抗統」的「大便宜」。

美國人對兩岸直航的心情是頗為複雜的。一方面，它向台灣當局提出警告：如果不實行兩岸直航，台灣經濟就會有被「邊緣化」的危險；另一方面，美國人對北京將之定位為「兩岸航線」頗為不滿，埋怨北京斷了美國航商的「財路」。實際上，美國政府希望也能在兩岸直航中分一杯羹，亦即是美國的航商能參加兩岸直航的航運經營：在航空方面，美國人希望能讓美國飛機在執行中美航線中在台灣地區的機場享受「第五航權」攬客攬貨，海運商則除了是希望能仿照空運的「第五航權」模式攬貨之外，更希望能夠直接經營海峽兩岸之間的海上貨運。在「九一一事件」發生，美國的海、空運輸事業遭到一定程度的打擊之後，如能在兩岸直航中插上一腳，對其經營就不無小補。尤其是當今中國大陸經濟發展迅速，充滿無限商機，而台商的大舉西進，又為兩岸經濟合作與交流帶來了龐大的航運業務。這個市場商機對美國的航運商充滿強大的誘惑力，也就必然會引起美國政府的關切。

然而，按照國際公法的理論，國內河流及內海完全處於國家主權管轄之下，除另有條約規定的之外，任何外國船舶都沒有在內河航行的權利。國際法的理論和實踐都肯定了國家對內河和內海的主權。在舊中國，帝國主義國家通過不平等條約，致使不僅外國商船而且軍艦也橫行於長江、珠江等內河上及台灣海峽中，完全破壞了國際法規定的關於內河內海的法律地位。中華人民共和國建立後，廢除了一切不平等條約，並根據國家主權的原則，對外國船艦的所謂內河航行權也徹底取消。也就是說，一個國家的內海內河航運，是具有強烈的「排它性」的，亦即是只許由本國的航商經營，不准外國輪船參與。也正因為如此，國台辦負責人就曾多次強調，兩岸「三通」不能讓外國航商參與，而交通部頒佈的《台灣海峽兩岸航運管理辦法》等法規也明確規定，「非經交通部批准，外國航運公司不得經營台灣海峽兩岸間雙向直達的或者中轉的貨物運輸和旅客運輸」。

在此情況下，如果海峽兩岸的直航被定位為「一中」基礎上的「兩岸航線」，就將排除美國航商的參與經營。但如按台灣當局將其定位為排除「一中」原則的「特殊航線」處理，兩岸間的直航就將不具有「排它性」，亦即包括美國在內的外國航商可以參與經營。這也就是台灣當局主張將「三通」航線定位為「特殊航線」的其中一個重要原因，目的是為了討好美國政府，讓美國航商也能參與「三通」航線的經營。據說，美國政府也基本上滿意及同意「特殊航線」的定位提法。