儘管到目前為止，因為「兩岸包機曲航」必須繞道及起降港澳，且票價並不比乘搭「一機到底」班機或在港澳機場轉機便宜，只有三千多名台商登記乘搭，而在航空公司方面，也因只准「單程運載」，且須在港澳機場起降，機場使用費負擔不少，航機飛一趟基本沒有利潤甚至還會虧損，但各家航空公司仍積極參與「包機曲航」計劃，其中「長榮」、「遠航」、「複興」、「華信」、「立榮」等五家航空公司將直接參加「兩岸包機曲航」，亦即這五家航空公司的客機將在繞道港澳並起降後，飛進大陸地區上空，降落上海的浦東機場，並在該機場上落客。只有「華航」最為「怪雞」，是實行了「單純經濟主義」，因捨不得「載客去，空機返」的「經濟損失」，決定放棄難得的「飛進大陸」的機會，而是繼續執行原有的台灣──香港航班，只不過是與大陸「東方航空公司」合作，以「一票到底」方式實行聯營，亦即上海與香港之間的航程，由「東航」執行，而香港與台北〔高雄〕之間的航程，則由「華航」負責，旅客在香港機場落機後乘坐小型巴士再登機。雖然在乘客而言，是不必像「一機到底」那樣，再需辦理「轉機」手續，但已不是原機原座位，必須攜帶手提行李落、登機，因而較為麻煩，也不節省時間，機票也並不見得比「包機曲航」便宜。唯一的好處是「華航」封了「虧本門」。因此，上海台商都普遍反映，這種做法「很笨」，因為它與現行航班差不多，機票還比較貴。「華航」為了降低成本，卻犧牲了企業形象，可能將會失去倘兩岸能實現「直航」時的市場。「華航」應該先求「卡位」，先作「服務」的形象，明年若「直航」成真，才能搶到市場先機。

其實，如果單純是從「經濟效率」考量，「華航」的做法本是無可厚非。實際上，由於台灣當局的拖延及阻撓，目前其允許的「兩岸包機直航」，並非是章孝嚴設計的上海與台北〔高雄〕機場間直線「雙向對飛」，而是只能由台灣的航空公司執行，且必須停經港澳。而且還是只能夠「單程載客」，亦即「空機去，載客返」，春節後的返程，則反向執行之。這樣就使航空公司增加了幾種負擔：一、空機往返的「無效益飛航」；二、在港澳機場飛降的機場使用費；三、飛機在港澳機場起飛時的油耗〔飛機起飛時耗油量較大，往往佔整段航程的較大比例〕。雖然「單向曲航」令台灣的航空公司免除大陸的航空公司的競爭威脅，但「單程載運」及在港澳機場升降則令參與「包機曲航」的台灣航空公司無錢可賺，甚至可能會虧蝕。

然而，早就希望能在兩岸「直航」中分一杯羹的台灣各家航空公司，尤其是為了搶佔兩岸「直航」先機而早就在大陸設立辦事處的「長榮」，卻並沒有被眼前的「負經濟效益」蒙住眼睛，而是將眼光看得較遠，緊緊盯住未來兩岸「直航」營運的參與權。──如果連目前的「兩岸包機曲航」都不積極參與，倘屆時實現兩岸「直航」時，爭取參與兩岸「直航」營運就將會缺乏正當性及合理的理由。何況，即使是在眼前，能夠衝破「兩岸關係條例」關於台灣地區的民用航空器不得飛進大陸地區的桎梏，就已具有十分重大的象徵意義。最先飛進大陸地區的客機及其所屬的航空公司，可能會在兩岸關係發展史上，寫下濃重的一筆，史冊留名。這並不是「營收賬目」的金錢可以衡量的。

另外，對於在去年及今年的澳台航權及港台航權續約談判時，無法擠進澳台及港台航線經營的「遠航」、「立榮」來說，能夠藉著參與「兩岸包機曲航」經營，而得以在香港和澳門的機場降落，「爭回一口氣」，也具有某種特別的意義。儘管說，目前「遠航」已藉由「澳航」租機的形式，派出客機飛航澳台航線，其飛機已在澳門機場起降，但那還不是真正意義的「飛進港澳」。因為既然是「租機」，就是執行「澳航」的航班，而且「遠航」租出的飛機，還須噴髹「澳航」的標並，連「濕租」租給「澳航」的機師和空服員，也須穿著「澳航」的制服。而「遠航」客機在執行「兩岸包機曲航」起降澳門機場時，就是貨真價實的「遠航」飛機，其機組人員也是如假包換的「遠航人」。

實施「兩岸包機曲航」，澳門機場可能會因此受益。這是因為，由於在香港機場起降的班機十分頻密，難以騰出時間容納「曲航」飛機來「插花」；而澳門機場提供給「曲航」飛機起降的空間則較多。反正在港、澳起降的航線距離都基本一樣，故澳門機場能對「曲航」飛機提供較多的方便。而澳門機場亦可在收取機場使用費及供油等方面增加經濟效益，從而提高澳門機場的設施使用率。儘管班次不多〔據說來回只有共十二班次〕，但也不無小補。尤其是它還可使澳門機場爭取到在「率先實施一機到底」的基礎上，再爭取到「輔助兩岸包機曲航」的殊榮，為兩岸關係的健康發展再立新功。因此，澳門國際機場公司就不但不宜以「澳台航線」實施對象不包括「華航」、「華信」、「遠航」、「立榮」的客機為由，不讓這些公司的飛機在澳門機場起降，相反還應主動出擊，向計劃參與「兩岸包機曲航」的台灣航空公司「推銷」在澳門機場起降的好處，將這盤「生意」「搶」過來。