在這次台北市長選舉中，雖然連民進黨內許多人都認為李應元輸得很慘，只能維持住民進黨的「基本盤」，但卻無法維繫住陳水扁最為著意的中間選票〔中間選票要不是流向了馬英九，要不就是因不滿民進黨未有兌現「改革」諾言而乾脆放棄投票權〕，李應元今後的仕途就將是「前途似咁」了，但偏偏是陳水扁卻很可能是並不認為李應元要對輸選負責，甚至有可能會對他委以重任。

實際上，其實包括陳水扁在內的民進黨高層都知道，由一個在台北市知名度並不高，而且具有「台獨」背景〔台北市民政治傾向架構獨特，「台獨」是選戰的「票房毒藥」〕的李應元來迎戰人氣甚高的馬英九，簡直是「不可能的任務」。正因為如此，民進黨內當初在研究台北市長選舉的戰略時，就偏重於「把馬英九綁在台北市」，避免馬英九在二零零四年「總統」選舉時再次與陳水扁對決的考量。在對台北市長選舉並沒有「一定要贏」的思考定位之下，民進黨一開始就沒有積極備戰，從而延宕了提名時機。而在陳水扁嫡系的「超級戰將」中，也有人擔心倘若萬一贏了馬英九，會否功高震主，威脅陳水扁？就在這種邏輯思維之下，民進黨找了個明知不會贏的李應元來「挑戰」馬英九，以免「缺席」台北市長選舉，拱手讓出台北市的三分之一政治版圖。當然，雖說是「明知不會贏」，也有最低目標和最高目標之分，其中最低目標是保住三分之一的「基本盤」，最高目標是不要讓馬英九的得票率衝得太高，這也是防止馬英九挾高得票率的餘威來取得「泛藍軍共主」資格，在「總統」選舉中代表「泛藍軍」挑戰陳水扁。因此，我們就可以理解，為何在台北市長選舉的競選期後期，陳水扁會親自赤膊上陣，強力「打馬」了，目的就是要千方百計壓抑馬英九的得票率，讓他只能是「低空掠過」當選。

對於民進黨和陳水扁的這一選戰策略，李應元是瞭然於胸的。因此，他在整個競選過程中，也就並沒有很落力去競選，而是設計了一套較為溫和文明的選戰策略，並拒絕接受羅文嘉等人提出的「攻擊性」選戰手法〔這也是導致羅文嘉等人宣佈退出李應元競選總部的原因之一〕。目的就是不想在這次選戰中，破壞自己的形像。他的這種「溫吞水」選戰作風，遭到黨內一些人的不滿和媒體的嘲諷。正好此時發生了「涂醒哲舔耳疑案」，從而將涂醒哲代理了好幾個月的「衛生署長」也未能「真除」的事實暴露了出來，因而有人分析，其實李應元是明知自己在選後將會出任「衛生署長」，所以才會對自己的選情並不是那麼著力。而李應元是美國哈佛大學的醫療經濟學博士和醫務管理碩士，出任「衛生署長」也可算是「專業對口」。

然而，前天民進黨中常會後，當記者們詢問陳水扁，涂醒哲是否會真除「衛生署長」時，陳水扁一句不經意的「沈富雄也很好嘛」，卻破滅了李應元的「衛生署長夢」。其實，據說在民進黨前年奪得「總統」大選後，民進黨內幾位醫科專業出身的政客，如「新潮流系」大老洪奇昌，與陳水扁同屬「正義連線」的沈富雄等，都曾被「點名」出任「衛生署長」。但因「衛生署」是官小事繁，不符「錢多事少離家近」的當官哲學，這些大老級的人物又豈是會甘心「屈就」？因此，陳水扁的「沈富雄也很好嘛」，可能只是一句戲言而已。

那麼，李應元是否如同選前一些人所分析那樣，去出任「衛生署長」？以他的公共衛生管理專業學歷，及以他曾任「行政院秘書長」的資歷，坐上「衛生署長」的位子，當然是綽綽有餘。但也正因為「衛生署」終究是一個小衙門，讓李應元去執掌未免是對他有些委屈。或許，從陳水扁「沈富雄也很好嘛」這句戲言中，可以揣測陳水扁將會對李應元有更為重要的任用。

實際上，在李應元至少鞏固住民進黨台北市「基本盤」的思維下，陳水扁不會讓李應元賦閑在家過久。很可能在二零零三年農曆新年前後，就向李應元委以重任。而按照李應元的特長及過去履歷，他將會獲得的職務，很可能會有「外交部長」､「國安會秘書長」及「陸委會」主委等。

「外交部長」極有可能是李應元的第一選擇。這不但是因為在「政黨輪替」後，李應元曾任「駐美副代表」，以其在美國留學時結下的人脈，為陳水扁上台後消除美國人的疑慮，爭取到美國政府調整兩岸政策，在兩岸天平上向台灣傾斜，立下「汗馬功勞」，而且也因在三個月前，傳出「第一夫人」吳淑珍訪問美國被不禮貌安檢的新聞後，陳水扁即有意撤換「駐美代表」程建人，改由「外交部長」簡又新任「駐美代表」，而由李應元接掌「外交部」，也正好是將可實現陳水扁「從李登輝手中收回外交主導權」的意圖──當時正是扁､李關係鬧得最僵之際。當然，如果屆時扁､李關係改善，也有可能是簡又新留任「外交代表」，李應元則接任「駐美代表」，為陳水扁做好美台雙邊關係。

李應元的第二個選擇，是「國安會秘書長」，倘此，則是由邱義仁接任「駐美代表」。一方面，在「總統」選舉腳步聲越來越響，陳水扁面對「泛藍」整合，必須大力開拓中間選票票源，有可能會打出「三通牌」，及向大陸表達和善態度之時，如仍由「新潮流系」幹將邱義仁擔任「國安會秘書長」，就隨時會「砸」了陳水扁的「牌」。而讓李應元接任「國安會秘書長」，陳水扁就可在就近繼續裁培李應元的全方位政務能力的同時，借助李應元在台北市長選舉中的溫和斯文表現及特質，管好「國安會」，避免刺激北京。

李應元的第三個出路，是「陸委會」主委，替代心力交瘁的蔡英文。這樣做，既可凸顯「扁政府」要安排最信得過的政壇伙伴「看」好兩岸政策，也可藉此向「獨派」團體暗示不會對「三通」放水〔李應元曾任「台獨聯盟」副主席和「一中一台」行動聯盟總指揮，並因此而受到情治機構的追緝〕。然而，正因為他的本質是「台獨」，看來北京並不會被他的「溫和斯文」的表面所迷惑，相反還更加深對台灣當局的疑慮和戒心。這對要藉打「三通牌」來打好「總統」選戰的陳水扁來說，只能是一個下策。