一連三日的「立法院」臨時會最後審議的法案，是「公民投票法案」 。王金平雖是中國國民黨副主席，但身為「立法院長」必須保持「議事中立」，不能偏袒任何政黨。於是，在前晚臨時會審議「公民投票法案」時，他就運用《立法院議事規則》的相關規定，快刀斬亂麻地處理了「公投立法」的問題，使他自己成為這次「公投立法爭議」的大贏家。

首先，當民進黨團要求將「整合加強版」交付「院會」審議時，王金平指出，在所有提交或尚未提交的各項「公民投票法案」中，蔡同榮版的「公民投票法」是唯一已經委員會審查的法案，「院會」審議應以此法案為優先，包括「加強版」在內的各項法案都不能「插隊」。王金平的這一裁決，實際上是

幫了「藍營」的一個大忙。但由於此裁決符合法理，民進黨也只能是無奈接受。而「藍營」則基於要在逐條條文表決中，迫使民進黨對「蔡版」第六、七條「統獨條款」進行表態的戰朮，企圖一鼓作氣，要求王金平將「蔡版」逕交「院會」表決。

但是，王金平又根據《立法院議事規則》關於任何法案如未完成朝野黨團協商，必須再討論四個月才能交付表決的規定，否決國親黨團「付諸表決」的要求，退回朝野黨團協商。這裁決，卻又救了民進黨一命，因為如是循「協商通過」方式立法，民進黨就無須為「統獨公投」條文表態，且可讓「蔡版」過關。這一裁決對民進黨當然是較為有利，但就破了國親黨團「迫民進黨表態」的局。

正因為如此，原已提出「加強版」的民進黨團，爽快地接受了「協商」的裁決，並痛快地在法案上簽署，並催促曾經聲稱「支持蔡版」的國親黨團也須履行承諾在法案上簽署。然而，此時國親黨團又「不玩」了，因為一旦簽署就等於是為「蔡版」中第六、七條的「統獨條款」「背書」，踏穿國親兩黨「不能改變中華民國現狀」的底線。於是，一些國民黨籍的「立委」衝上主席台並拉扯王金平，要求王金平將「法案」付諸表決。但此時已是深夜十一時，為期三天的臨時會的會期已告結束，王金平當即敲槌，宣佈臨時會結束。綠營和藍營打了個平手，雙方互有輸贏。

由於「蔡版」未有通過朝野黨團協商，按規定必須在九月五日第四會期開議之後繼續協商。倘仍未能協商通過，就只有在十一月十日之後進行表決。從目前情況看，國親兩黨肯定不會參與協商，故「蔡版公投法」就須拖到十一月中旬進行逐條表決。這樣，國親黨團就可在表決第六、七條時，迫使民進黨對「統獨公投」進行表態，而這正是國親黨團要設局誘使民進黨撕毀「四不一沒有」承諾，及露出「台獨」尾巴的策略的所在。至於國親兩黨「立委」，黨團則開放投票。既可以「民進黨欠多少票就送多少票」的豪語，由「本土派立委」投下贊成票，「幫助」民進黨完成「統獨公投立法」；也可讓「非本土派立委」根據個人的政治立場，或是缺席投票，或是投下反對票，以宣示自己反對「統獨公投」的一貫立場。當然，國親兩黨黨團也可根據屆時的政治局勢，調整策略，利用自己掌握過半票數的優勢，在表決「蔡版」的第六、七條時，投下反對票，收繳這個法案的「統獨公投武器」。

另一方面，如是在十一月中旬才對「蔡版公投法」進行表決，就趕不及配合陳水扁要在年底之前實施「核四公投」。因為即使法案獲得通過，送交「總統」簽署頒行仍需一些時間。法案生效後，按規定的程序，陳水扁也需要提前三個月公告實施「公投」。這當然就將使陳水扁根本沒有在今年底前實施「核四公投」的時間條件。因此，長遠來說，「公投立法」的發展趨向，仍是對藍營有利。

因此，有台灣媒體人指出，「公投立法」失敗，民進黨鬆了一口氣，但已窘態畢露，也原形畢露，算不得勝利；國親兩黨，戰略戰朮均佳，但臨門一腳似乎也踢到鐵板而無法竟其全功，算不得勝利。但國親兩黨卻是不輸就算贏，雖然不能把紅帽子及舊包袱回套給民進黨，但至少已經慢慢脫下帽子、卸下包袱，這是相當難得而重大的收獲。唯一全贏的是王金平，他對阿扁有了交代。雖一全輸的是「蔡公投」，他的「終身大事」被拿來開玩笑當皮球，還要陪著雙方玩。

這就是為何國民黨籍「立委」雖然叫喊幾句「罷免王金平」，好像對王金平拒絕將「蔡版」付諸表決十分不滿的樣子，但卻又是頗為滿足，喜氣洋洋；而蔡同榮雖然十多年來致力推銷的「公投法案」終有機會進入立法程序，但卻是十分不滿，甚至還揚言要在高雄市舉辦「國親兩黨公投騙子」三十萬人大遊行的癥結所在。

綜上所述，國親兩黨是充分利用「立法院」議事規則中的「表決」程序，來向民進黨發動攻擊。而民進黨的防守策略，就是爭取將法案發回進行朝野協商。因為按照協商程序，只要國親兩黨在法案上簽署〔台聯黨黨團已經簽署該「蔡版公投法案」〕，就等於是朝野完成協商，無須逐條表決，就可「一攬子」通過。如是這樣，一方面，民進黨就無須在表決該法案第六、七條時陷於進、退兩難窘境。──如投贊成票，就等於是「四不一沒有」承諾完全破產，「新中間路線」破局；如投反對票，就將無法向傳統支持者交代。另一方面，等於是國親兩黨愿為「統獨公投條款」背書，背叛自己長期以來堅持「一中原則」的政治立場，也無法向傳統支持者作出交代。

「協商」機制，是「具有台灣特色」的立法機制，亦即只有台灣地區才通行這一機制。據說，當年是由現任民進黨秘書長的張俊雄提出建議，並經朝野各黨接受，在運用過程中經過不斷丰富發展，最後寫進了《立法院職權行使法》，使協商機制得以法制化，並成為「立法院」非常重要的機制。

政黨協商通常是為了協商議案或解決爭議事項。在過去解除黨禁之前，「立法院」實際上等於只有國民黨一個政黨，法案通常依照「行政院」版本直接通過，當時也沒有助理的設置，故「立委」想自行提案也不太可能。到了黨外增額「立委」進入「立法院」之後，開始出現了不同聲音，但還不足以撼動國民黨在議事上的絕對優勢，所以國民黨也沒有與之協商的必要，充其量在事先會和黨外「立委」溝通一下，純屬禮貌性的。但在後來，由於在野力量〔當時是民進黨，後來再加上新黨〕的壯大，爭議性法案的增多，國民黨控制力量的降低，以及「立委」人數的增多，再加上「立委」作秀心態的影響，許多法案在審議時往往無法進行下去，立法效率大受影響。時為民進黨籍「立委」的張俊雄即提出「政黨協商」的建議，並規定凡經協商互作讓步取得共識、各黨團的黨鞭簽署了的法案，在交付「院會」審議時是以全案表決通過，亦即不作逐條條文表決，而且所屬黨團「立委」不得投反對票。在討論時，除黨團按比例名額派員發言外，其他「立委」不得請求發言。