曾經被提到台灣當局議事日程之上的設立「內政部移民署」之議，在沉寂了一段時間之後，近日因大陸私渡女子被蛇頭推落海溺死六人的事件，再次被炒熱。看來，台灣當局為了凸顯大陸私渡客問題的「嚴重性」，以之作為反制北京當局在有關兩岸人民交往交流政策方面對台灣當局的批評，並將之作為管控兩岸人民交往交流的「有力籌碼」，再次推動設立「移民署」的可能性，將會很大。不過，這又將會與台灣當局目前正在籌劃的「政府改造」，亦即精簡「中央政府」部會架構的方向，發生嚴重衝突，違背陳水扁在競選「總統」時發布《新世紀，新出路，陳水扁國家藍圖──政府改造白皮書》中提出的「中央政府組織再造」的承諾，也將可能會遭到輿論和在野陣營批評「濫開空頭支票」。如果處理欠妥，就將可能會影響陳水扁的選情。
目前，台灣當局對入出境証照核發及查驗許可、停留、居留、定居的管理，「國籍」行政業務等，分別隸屬於「內政部警政署」的出境管理局〔「境管局」〕、航空警察局、外事組，「內政部」戶政司，「僑委會」，台灣省政府警政廳，台北市政府警察局，高雄市政府警察局，台灣省各港務警察所。權責單位眾多，事權分散。對於民眾洽公、事權統一及業務協調，均待整合。因此，台灣當局就有設立隸屬「內政部」的「移民署」之構想，將上述事權單位統一在「移民署」之內。
另外，台灣當局原來規範入出境或移民業務的法規，只有《國家安全法》是法律。其他如關於台灣居民入出境的《台灣地區入出境管理作業規定》、《國人入境短期停留長期居留及戶籍登記作業要點》；關於外國人入出境的《外國人入出國境及居留停留規則》及其作業規定、《外國人免簽証入境停留辦法》及其作業規定；關於移民輔導的《我國現階段移民輔導措施》、《移民業務機構管理辦法》等，均屬行政命令。這些業務均涉及人民權益事項，卻不是以法律規範，被指為與「憲法」第二十三條及《中央法規標准法》第五條有抵觸，對於保障人民權利，課予人民義務，並不適當。因此，台灣當局決定草擬《入出國及移民法》法案，並於一九九九年五月十四日由「立法院」三讀通過，同年五月二十一日頒佈施行。
當時，台灣當局在《入出國及移民法》的基礎上，由「內政部」特別邀集有關機關代表及專家學者，成立「內政部籌設移民署專案小組」，主責研擬《內政部入出國及移民署組織條例草案》的工作。而「行政院研考會」亦曾召開研商審查《內政部入出國及移民署組織計劃書》會議，決議由「內政部」繼續規劃籌設「移民署」事宜。與此同時，還研擬對將因成立「移民署」而涉及到的有關部會機構的組織章程進行修訂，包括《內政部組織法》〔增列一條，作為「入出國及移民署」的法源〕，《內政部警政署組織條例》〔將警政署屬下的境管局劃歸移民署〕，《內政部警政署入出境管理局暫行組織規程》〔廢止〕，《內政部警政署航空警察局組織條例》〔將其中機場入出境証件查驗的架構及職能劃歸移民署〕，《僑務委員會組織法》，《內政部警政署外事警官隊設置要點》〔配合修訂或廢止〕，《內政部人民申請入境未經許可案件審查委員會組織規格》〔配合修訂〕…等法規。不過，此一立法工作，進展緩慢，至今尚未完成。
但是，《入出國及移民法》已為「移民署」的權責，預留了法律空間。依據「入出國及移民法》規定，其規範對象包括居住台灣地區設有戶籍國民、在台灣地區無戶籍國民及外國人。不過，大陸地區人民及居住港澳居民，仍將適用「兩岸關係條例」及「港澳關係條例」等相關法規。研擬中的「移民署」的業務範圍，將包括「海外入國審查」、「國境線上查驗許可」、「國內管理查察」等三層作業體系，將原來分屬於不同機關〔單位〕的入出境及移民業務，予以整合。
實際上，在現時已經實施的《入出國及移民法》中，提及到「移民署」的內容，就有第二條第二項：「內政部為辦理本法規範之入出國及移民業務，設入出國及移民署。但有關查察逾期停留、居留及非法入國之業務，由入出國及移民署會同警政署辦理」。為落實該條條文，在「立法院」三讀通過《入出國及移民法》當日，「內政部」隨即成立「入出國及移民署」籌備小組，由「內政部」次長簡太郎任小組召集人，戶政司長劉明堅任執行秘書。計劃將「僑務會」，「內政部」戶政司、警政署外事組、外事警察隊、入出境管理局、航空警察局，台灣省政府警政廳及所屬各港務警察所，縣市警察局外事科等機關，掌理入出境管理，証照查驗，外籍人口的停留、居留及定居管理，移民輔導及國籍行政等相關業務及人事合併，整合成單一服務窗口，以避免事權分散、民眾往返多單位洽公的困擾。
據有關資料顯示，按照「入出國及移民署」籌備小組的設計，「入出境及移民署」成立後，將以不增加員額為原則，編制約一千五百人以內，執法人員被賦予司法警察權。預計在全台灣地區的國際機場、港口等成立十三個單一窗口服務處。
而從近日台灣當局及一些政客的言論來研判，他們所主張成立的「移民署」，其職責範圍與「政黨輪替」前設計的有所不同，將會延展至大陸地區人民及港澳地區居民入出境台灣地區及在台灣地區停留、居留、定居等業務。而且，它的位階也將「升格」，直屬「行政院」領導。由此，《入出國及移民法》、「兩岸關係條例」、「港澳關係條例」及其配套法規，也可能會據此而進行修訂。