盡管在第十七屆「海峽兩岸關係學術研討會」上，有若干台灣地區的「急統派」人士起勁地批評馬英九，並聲稱他們在投票時，是「含著眼淚將選票投給馬英九」，但更多的與會學者專家，卻給予馬英九肯定的評價，尤其是在他的兩岸關係政策方面。

台灣淡江大學中國大陸研究所教授潘錫堂在其題為《從馬英九「五‧二零演說」到兩會復談看兩岸關係》論文中指出，馬英九「五‧二零演說」為未來兩岸關係締造嶄新格局，體現了如下數項積極正面的意涵：一、重申「九二共識」為兩岸復談基礎，準此將賡續展開由易入難的各種協商，包括周末包機和大陸居民入台觀光的協商，以及未來將展開的「台灣國際空間」與兩岸「和平協議」的協商，使得兩岸關係因注入一股活水而豁然開朗。爾後，兩岸將掌握「求同存異」精神，擱置爭議，務實開展協商，將可陸續針對入台觀光，由周末包機到每日包機到全面雙向直航、開放金融機構兌換人民幣業務、開放陸資來台、大陸台商投資權益保障、開放台灣金融機構赴大陸開設分行……等議題，在近期內協商；更可營造和諧氛圍及累積互信，為未來的「台灣國際空間」與兩岸「和平協議」的協商，進行暖身及舖路。

二、馬英九提及「兩岸人民同屬中華民族」，又視大陸十三億人為「同胞」，在文化上是認同「一中」，不僅完全與扁執政時的「去中國化」固然不同，甚至隱含「台灣與大陸同屬一中」的意涵，在某種程度上應可稍微緩解北京對其「不統」的疑慮，堪稱頗具善意與誠意。

三、馬英九除了倡議台海和解，又呼籲兩岸應先「外交休兵」，繼而在國際社會相互協助和扶持，俾能創造兩岸的和平發展，已為兩岸關係的發展與台灣的「國際空間」找出一條能夠併行不悖且可相輔相成的平衡點，堪稱頗有新意，唯其前題是兩岸必須逐漸累積足夠的互信，方能有成。

美國紐約大學終身教授熊玠則在《參加馬英九就職典禮後對其兩岸政策的體會與詮釋》論文中，闡述了他對馬英九兩岸政策重要方針的觀察點：一、主張「不獨、不統、不武」。這是他競選的承諾，也是概括了大陸與美國反對以任何方式改變台灣海峽現狀的一項共識。二、絕對不贊成民進黨和「台獨」人士企圖以「台灣」取代「中華民國」。在他就職演說中特別強調「中華民國與台灣命運緊密結合」。但他也特別標榜由「善良、正直、勤奮、誠信、包容、進取」這些核心價值所構成的「台灣價值」，用以取代搞「台獨」人士的「台灣主體」論（即變相為台灣「法理台獨」提供的理論支柱）。三、提出兩岸相互不否認彼此的存在，並在「九二共識，一中各表」原則下恢復兩岸談判。強調兩岸人民同屬中華民族，確認十三億人口是「同胞」，一反陳水扁的否認自己是中國人及民進黨否定「一個中國」的「台獨」黨綱。四、指出兩岸最終解決關鍵不在「主權」爭議，而在生活方式與核心價值。這點應屬創舉。等於具體落實如何「擱置爭議」與「開創未來」之道。五、認為兩岸互動不容國際介入，一反陳水扁仗外援以抗中共因而喪失了台灣自主權的失誤。

中國社科院台灣研究所研究員王建民在其《馬英九兩岸思維解讀》論文中認為，馬英九逐漸揚棄了擔任國民黨主席時期及選前有關兩岸關係問題的不成熟論述，一系列新的思維與論述逐漸清晰，基本上形成了一個「理性的政治思維」、「開放的經濟思維」、「務實的外交思維」、長遠的「兩岸關係思維」。當然，這些思維只是向現實妥協的結果，只求時岸關係的平順發展與政治權力的鞏固，卻無追求未來兩岸和平統一的志向，顯示了馬英九兩岸思維的兩面性。

王建民指出，馬英九的兩岸思維有如下特點：一、法律與現實妥協的「兩岸關係定位思維」。馬英九在談到台灣的「政治（國家）」定位時表示，他當選的是「中華民國總統，可以說是中華民國台灣的總統，也可以說是台灣的總統，但不是台灣國的總統」。在處理兩岸關係的法理定位上，馬英九也是依據「中華民國憲法」與有關法律來處理，與民進黨的「台灣與中國」的兩岸定位有質的區別，反映出馬英九與陳水扁、民進黨在台灣政治定位上的本質的不同，但他仍無法解決台灣真實的政治地位問題。

二、折衷的「兩岸互不否認思維」。從選後馬英九有關兩岸關係發展的論述和主張看，「擱置爭議，互不否認」逐漸成為馬英九啟動兩岸協商談判與兩岸關係正常化發展的基礎。何為「互不否認」？其實就是國民黨一貫堅持的黨版「九二共識」，即「在海峽兩岸共同努力謀求國家統一的過程中，雙方雖均堅持一個中國的原則，但對於一個中國的涵義、認知各有不同」，也就是說，雙方承認一個中國，區別在於，台北講的「中國是中華民國」，大陸講的「中國是中華人民共和國」。可以說，「互不否認」也是維持台海現狀「不統不獨」與突破兩岸關係談判僵局的基礎。要強調的是「互不否認」與承認「九二共識」的背後就是默認「兩岸同屬一個中國」，「擱置爭議」則迴避了敏感的「主權」問題，也可能留下新的後遺症。

三、務實開放的「兩岸經濟思維」。馬英九在兩岸經濟關係問題上完全是一種受西方經濟思想影響的開放思維，主張減少管制，加大開放，才能吸引外資，才能搞活經濟。其中最重要的就是在兩岸經貿關係發展問題上，強調不能處處設置障礙，嚴加管制，必須以「活水經濟」取代「烏籠經濟」。正是在這種開放思維下，選後馬英九迅速行動，積極兌現選舉承諾，大張旗鼓地採取一系列開放與落實兩岸經貿往來的行動，諸如規劃周末包機和未來定期班機、開放大陸民眾赴台旅遊、開放人民幣在島內兌換、放寬台商赴大陸投資限制、逐步開放兩岸資本市場等等，很快營造出台灣一種開放與自信的氛圍。這種積極開放的兩岸經濟思維，是與馬英九的政治理念與兩岸關係發展主張一致的，體現了他對兩岸經濟整合或融合的期待，體現了對兩岸關係改善與發展的期待。

四、彈性與務實的「活路外交思維」。馬英九在就職演說中正式將「尊嚴、自主、務實、靈活」作為處理對外關係和爭取「國際生存空間」的指導原則。馬英九對外關係思維與政策的「彈性」、靈活、現實性，為未來處理兩岸在國際上的互動留下可討論的空間。但兩岸的現實問題要比政治思維複雜得多，兩岸在國際上的外交鬥爭仍會很激烈，這對馬英九是一個新的考驗。尤其是台灣有關方面在台灣「國際空間」問題上，過於急切解決，要求大陸做出回應和表態：這不僅不符合馬英九提出的「先經濟後政治，再國際空間」這一處理兩岸關係的原則，而且在條件不成熟時急於推動將不會有好的效果和結局。

五、長遠的「兩岸和平思維」。在馬英九的兩岸關係發展思維中是「先經濟後政治」，「先兩岸後國際」，而且提出的兩岸談判順序為：經濟、和平、國際空間。其中，馬英九將簽署兩岸和平協議作為未來兩岸關係發展最重要的政治目標，但考慮到其難度，而是強調第一步優先解決兩岸經濟文化交流與合作問題，第二步才是推動簽署兩岸和平協議，為兩岸的長久和平打下基礎。

王建民在論文中分析說，馬英九在選後能有如此冷靜、理性、務實的兩岸關係發展新思維，源於馬英九的學識背景、民主素養、民族情感與現實主義國際觀。因此，馬英九在處理台灣政治與兩岸關係問題上特別強調依制度辦事，遵守「憲法」和法律。但過度的依法辦事，缺乏與現實對接，則有固執己見的弱點，可能「被法所困」，綁住手腳，反而不利施政與推動兩岸關係的發展。

（長春專電）