二零零九年粵澳合作聯席會議的最主要成果，是簽署了《關於貫徹落實全國人大常委會決定，推進橫琴島澳門大學新校區項目的合作協議》。這個協議的全文雖然未有公佈，但從特區政府透過新聞局發佈的「新聞稿」看，主要是為了全面落實橫琴島澳門大學新校區的項目，雙方認同在粵澳合作機制下充分發揮各自的優勢和特色，為項目建設提供全面的政策支援和工作便利。同時，承擔建設項目的單位必須充分體現粵澳合作的精神，以粵澳合作的模式進行開發。粵澳雙方共識，於項目建設實施階段，將透過政策協調及設立合理的參與機制，創造條件，讓澳門的專業人士、工人及建築企業能在粵澳合作的模式下以適當的方式參與。 也就是說，在興建澳大橫琴新校區的過程中，澳門的專業人士、工人及建築企業，得以在粵澳合作模式下，以適當的方式參與設計、興建。

實際上，按照全國人大常委會的決定，澳門特區對橫琴島澳大新校區實行管轄，是在澳大新校區落成使用之後。因此，在澳大新校區的建設過程中，仍是由內地實行管轄，這就決定澳大新校區興建工程從設計、建築，到裝修、水電電話設施安裝等，都是仍由內地的設計、施工單位承攬。這就將會形成由澳門特區政府預計出資達五十億澳門元，建成後屬於澳門特區公產並將由澳門人使用的工程，澳門的建築企業及專業人員、工人卻只能「望梅止渴」的「不正常」狀況。而且，雖然澳大新校園的概念性規劃是由澳門特區政府制訂，但校區內的建築物以至園林的設計，既然是在仍由內地實施管轄的情況下進行，當然也是由內地的設計單位執行。雖然改革開放三十年來，粵澳兩地的建築設計技術交流已經很成熟，廣東設計單位也十分了解澳門的建築風格及使用習慣，實際上澳門的一些建築物就是由內地設計單位設計，但在具體細節上仍是會有並不交集之處。比如，在資訊使用方面，由於澳門實行「一國兩制」，就是境內外有別。由沒有境外資訊使用習慣的內地技術人員來設計澳大新校區的網絡系統，恐怕就將會重犯北京市建築設計研究院的失誤。－－中國以二點六億元援建柬埔寨首相府的設計及施工任務，分別由北京市建築設計研究院和雲南建工集團承擔。經過二十二個月的施工，於今年三月完成，並計劃邀請中國政府官員前來參加大樓竣工儀式。但在儀式舉行之前，柬埔寨首相洪森用了兩天時間仔細參觀大樓的各部份。三月十二日，洪森突然宣佈取消竣工儀式，並下令在旁邊另建一座新首相府。為此，他下令拆射旁邊的國家藥廠，用了一個星期的時間搬空，然後就開始打地基，當時連圖紙也沒有，顯得十分倉促。

一向對中國態度十分友好的洪森首相，為何對中國贈送的友誼禮物如此「失禮」？據北京《環球時報》記者實地採訪後報導，原來是洪森對北京市建築設計研究院的設計風格和裝修不太滿意。－－大樓外型為長方型，中間嵌進去一個金字塔形的會議廳，洪森認為不符合柬埔寨的風格。而中方設計的大門，是小吳哥風格的，但小吳哥是吳哥寺，大吳哥是吳哥城，柬方認為大門不能設計成小吳哥風格。另外，對於大樓的功能設置，洪森也不很滿意。比如，大樓內的圓形會議廳，就像小型影院，前面是主席台，下面是聽眾座椅，這種會議廳風格柬方不太適應。此外，普通工作人員的辦公間被設計成開放式大平台，也讓柬方感到不習慣，他們又自行分隔成小間。原為洪森本人設計的辦公室，地面是複合地板，牆壁貼了壁紙。對此，洪森甚不滿意，因為柬埔寨木材豐富，高檔辦公室的地面和牆壁的裝修一般都用實木。由於洪森拒絕搬入，該辦公室已改由副首相棉森婉使用。還有，大樓前的停車場，中方設計為碎石路面，但柬方認為應設計成水泥地面。這個教訓教訴我們：由於雙方文化不同，雙方在援建工工程中一定要及時溝通，避免好事最後成了尷尬。

因此，昨日粵澳雙方簽署的「合作協議」，固然是出於「澳門出錢，將由澳門使用」的工程，應有澳門的專業人士、工人及建築企業參與的考量，使到澳門特區政府能夠抒解勞動就業及企業經營困難的問題，充分體現了「一國兩制」的優越性和「以民為本」的精神，但也折射了實事求是的態度，因為有澳門的設計專業人士及建築企業工人參與，就可避免重犯援建柬埔寨首相府「好事變成了尷尬」的失誤。

至於連接澳門與澳大橫琴新校區的海底隧道的興建，因是由澳門使用，且有部分工程是在澳門境內，故不但是由澳門出資興建，而且也是由澳門的建築企業和工人施工。這將產生一個問題，就是因為配合澳大校區的落成使用，這條海底隧道是必須與校區的興建同時進行的。但在此時，校區部分仍由內地執行管轄，亦即尚未進行封閉管理，而海底隧道的橫琴陸地和水域部份，則由澳門的建築企業和工人施工，而且該工程與澳門一側是整體的，屆時如何做好「兩制」之間的區隔，必須慎重因應。