藉著「五都」市長和市議員的黨內初舉，民進黨內原曾一度受到壓抑的「扁系」和「新潮流系」，似是有「鹹魚翻生」、捲土重來的跡象。相反，曾在二零零零年「立委」和「總統」選戰前夕張狂一時的「謝系」及「游系」，卻遭受重大挫折。至於代表「台獨」原教旨主義派的「公（女麻）派」，卻在窺測方向，要乘著蔡英文主席參選新北市長的空隙，進佔黨中央和「立法院」黨團的主要位置；但是否能得逞，還得分別看蔡英文和陳水扁的政治大管家柯建銘的「眼色 」。

原「新潮流系」的重新崛起，使民進黨有可能脫離陳水扁的控制，增添了幾分成數。實際上，在一九九九年的民進黨黨內「立委」和「總統」的初選過程中，謝長廷和游錫（方方土）與「公（女麻）派」聯手，瘋狂圍剿「新潮流系」，將較為理性務實的「新系」或親近「新系」的骨幹黨員打成「十一寇」，致使他們除李文忠一人外，在黨內初選中全部受到封殺，就是在陳水扁的慫恿和支持下進行的。不過，親近「新系」的蘇貞昌在「總統」初選中，也受到謝長廷與游錫（方方土）的聯手砍殺，卻不是陳水扁的本意，因為陳水扁擔心謝長廷當選後為了顯示自己是民進黨的改革派而向他的貪腐案「開刀」。但「謝系」和「游系」卻挾著「立委」初選中圍剿「新系」的餘威，把蘇貞昌殺得見血見骨，令到陳水扁也無可奈何，只能是迫著謝長廷放棄自己心目中的「副總統」搭檔葉菊蘭，接受與蘇貞昌配搭參選。此後，「新系」幾乎從臺灣地區以至是民進黨內的政治舞臺上撤退下來，只能憑藉著《新社會》雜誌和網站繼續發聲。

至於「扁系」，則是另一種情況。二零零零年陳水扁當選並就任「總統」後，聲望曾升高至極致。以陳水扁所創辦的「正義連線」為基礎，吸收了不少從其他派系自動靠攏的政治人物，從而組成了新的「扁系」，並壟斷了大部份的公職職位。在「扁案」爆發之前，「扁系」成為黨內最大的派系。但其組織較為鬆散，對組織嚴密、紀律嚴明的「新系」並未能形成威脅。相反，在「扁系」被揭發前，「新系」倒是全力支持陳水扁，尤其是在陳水扁兩次參選「總統」的過程中，其競選總部的主要操盤手及各一級部門的主管，大部分是由「新系」成員在把持。可以說，「新系」是陳水扁能兩次當選「總統」的最大功臣。這段時期，陳水扁與「新系」處於蜜月期。

但在陳水扁提出「公投制憲」、「廢統」等重大政治主張，尤其是在「扁案」被揭發後，主張穩定和平兩岸關係至多是穩健「臺獨」的「新系」，即與陳水扁漸行漸遠。尤其是在謝長廷與游錫（方方土）聯手圍剿「十一寇」及民進黨通過「解散派系」決議之時，「新系」判斷是陳水扁在背後撐的腰，因而更是要與陳水扁作出切割，以至是反目成仇。與此同時，由於「扁案」的被揭發，尤其是蔡英文當選黨主席後，民進黨內多數人有意與陳水扁區隔開來，「扁系」因而遭受挫折。自此，「扁系」和「新系」這兩個民進黨內最大的派系，逐漸走向式微，「新系」甚至還差點遭受「滅門之災」。

而隨著「五都」市長和市議員的黨內初選，「新系」和「扁系」都有翻身的跡像。一方面，「新系」憑籍著自己的努力，再次發揮運籌帷幄的本領，在大高雄市和大臺南市長的黨內初選中捭闔縱橫，再加上黨內對「新系」產生同情心理，因而使「新系」能戰勝重重困難，分別將陳菊、賴清德拱上位，為「新系」繼續佔領南台灣「根據地 」創造了牢固的組織基礎。而確定分別參選台北市長和新北市長的蘇貞昌和蔡英文，雖然不是「新系」成員，但卻一直受到「新系」的支持和力捧。實際上，早在二零零四年「新系」為陳水扁輔選期間，就已決定在二零零八年推出「蔬（蘇）菜（蔡）配」。這也正是一心要坐上「總統」大位的謝長廷要圍剿「新系」的主要原因之一。現在，由於蘇貞昌有自己的競選班子，再加上「新系」對蘇貞昌搶前宣佈參選台北市長，把個人政治利益擺放在民進黨的政黨利益之上，從而打亂了民進黨的戰略部署，不無微言，因而已決定傾全力幫助沒有競選班底的蔡英文，但也樂見蘇貞昌選出好成績。

「新系」捲土重來的另一跡象，是在台北市議員初選中，大有斬獲。其中第一次參選的梁文傑、高嘉瑜等年輕一代，都順利過關。這就形成了從市長到市議員，「新系」雙管齊下的局面。

其實，蔡英文的《十年政綱》和最近在兩岸關系上發表的一些比較務實的談話內容，就有著「新系」影響的影子。而蔡英文也深知「新系」的輔選實力，藉著蘇嘉全參選大台中市長，將再次邀請「新系」大老吳乃仁擔任黨的秘書長，總綰民進黨的「五都」選戰，也是減輕帶職參選的蔡英文也須指揮全黨選戰的負擔。

「扁系」則以另一種形式復活。陳水扁被羈押後，「扁系」分崩離析，甚至是在「五都」市長初選和臺北市黨部主委選舉中遭受重挫，因而在市議員初選中，只能改頭換面，以「蓬萊島連線」的形式出現。由於市議員初選是復數名額制，終讓「蓬萊島連線」在深綠黨員的支持下，過關斬將，拿下好成績，推出的十六名參選人中有十四人通過初選，其中台北市江志銘、許家蓓、童仲彥、柯景升，新北市王淑慧、林秀慧、周雅玲，大台中江正吉、劉錦和、劉淑蘭、何文海，大台南王定宇，大高雄陳政聞、黃昭星都獲得資格代表民進黨參選。另外還有高雄市議員鄭新助及陳水扁兒子陳致中以無黨籍身份自行參選，並未算在此一輔選平臺內。這使得陳水扁辦公室秘書江志銘興奮地說，這完全是因為「阿扁們」站了出來，「阿扁們動起來了」。也正在此時，陳水扁的「外交」款案獲台北地方法院一審宣判無罪，也給「扁系」打了一支強心針。

相對地，「謝系」和「游系」在「五都」初選中收獲甚微。除了是謝長廷本人先後爭取新北市長和大台中市長不果，曾爭取新北市長的游錫（方方土）也因蔡英文最後宣布參選，而「煮熟了的鴨子飛走」之外，在市議員初選中也受到「扁系」和「新系」的排擠。這正是「風水輪流轉」、「六月債還得快」，曾聯手封殺「新系」的「謝系」和「游系」也嘗到了被人封殺的苦果。