自國務院頒佈《橫琴總體發展規劃》，明確把橫琴定位為「『一國兩制』下探索粵港澳合作新模式的示範區、深化改革開放和科技創新的先行區、促進珠江口西岸地區產業升級的新平臺」，將橫琴開發上升為國家發展戰略，而珠海市也成立了副廳級的橫琴新區管委會，及《粵澳合作框架協議》將「合作開發橫琴」單獨列為其中一章並排在前列位置，，明確提出明確提出珠海發揮橫琴開發主體作用，探索體制機制創新，推動規劃實施和政策落實。澳門特區政府研究採取多種措施，從資金、人才、產業等方面全面參與橫琴開發的方向，澳門將重點建設粵澳合作產業園區和旅遊休閒等相關項目，並積極研究制定澳門居民跨境就業、生活的社會福利安排等配套政策，橫琴海關將實行「分線管理」之後，投資開發橫琴成了熱烈議題。但似乎仍處於輿論熱實際行動卻不熱的狀態，除了是由粵澳兩地政府合組公司等動作之外，私營企業仍對投資橫琴處於觀望之中。因此，現在橫琴土地上熱氣騰騰的，是由央企進駐的十字門商務區，及長隆主題樂園項目，以及橫琴新區管委會的市政道路工程，其他地塊或項目仍是較冷。
對此現象，前段時間以珠海為主的內地學者與官員，將之歸咎為「橫琴新區」的層級較低，只是副廳級，而澳門特區則是省部級，兩者之間處於嚴重的「不對稱」狀態，因而澳門特區動輒就逕自找與其同一行政位階的廣東省政府，而繞過「橫琴新區管理區」，讓其失去主動性，處於被動應對狀態，有很多他們所熟悉和迫切的議題，都未能主動直接與澳門特區交流。
實情是否如此？難以置喙。不過，二零零九年十二月十五日珠海橫琴新區黨政機構正式掛牌時，在專程前往主持儀式的廣東省副省長萬慶良的致辭中，是有「橫琴新區是繼上海浦東新區、天津濱海新區之後中國的第三個國家級新區」的表述的。而上海浦東新區、天津濱海新區，及後來成立的重慶兩江新區，以及前天才成立的浙江舟山群島新區，都是副省級的行政級別，而橫琴新區雖然也是「新區」，卻只是副廳級的行政級別，真是此「新區」不同於彼「新區」。這就使珠海網民的心理頗不平衡，昨日就有珠海網民埋怨道，「新區級別打架，媒體都沒把橫琴放在眼裡。」
實際上，據《中新網》報導，浙江舟山群島新區是繼上海浦東新區、天津濱海新區和重慶兩江新區之後的第四個副省級國家戰略新區。浙江省省長呂祖善前日在國務院新聞辦新聞發布會上表示，國務院六月三十日批准設立浙江舟山群島新區。這是繼上海浦東新區、天津濱海新區和重慶兩江新區後，又一個具有副省級行政級別的國家級新區，也是中國首個以海洋經濟為主題的國家戰略層面新區。呂祖善介紹説，舟山群島新區範圍為舟山市現有行政區域範圍。在功能上，該新區被定位為浙江海洋經濟發展的先導區、海洋綜合開發試驗區、長江三角洲地區經濟發展的重要增長區。他説，浙江將舉全省之力建設舟山群島新區，從對群島新區的規劃、政府管理體制的創新以及開發與保護的關係處理等方面為新區的開發和建設營造良好的平臺。對於舟山群島新區是否有望和海南國際旅遊島一樣試水「博彩業」，呂祖善明確表示，舟山群島新區規劃不涉及博彩業。
這與當時是副省長的萬慶良將橫琴新區與上海浦東新區、天津濱海新區相提並論的位階，顯然是有著較大的距離，即前者是副廳級，後者是副省級，前者比後者低一格兩級。即使是後來才成立的重慶兩江新區和舟山群島新區，也都是副省級，讓同以「新區」為名的橫琴新區望項莫及。當然，這四個副省級國家戰略新區，除前日成立的舟山群島新區外，都是任於直轄市內，而直轄市本身的行政位階較為超然，其轄下的區就享有廳級行政位階，縣也具有副廳級行政位階。因此，其轄下的新區被定為「副省級」，是有所本的。何況，這些新區往往橫跨了幾個區，如天津濱海新區就橫跨了塘沽、漢沽、大港和東麗、津南等五個廳級區，而重慶兩江新區也包括江北、渝北、北碚三個廳級區的部分區域。在此情況下，就必須是副省級的管委會，才能協調統籌好幾個廳級行政區域。而前日成立的舟山群島新區，舟山市本身就是地級市，舟山群島新區的區域範圍包括整個舟山市行政建制，將之再拉撥一下升為副省級，與廣州、深圳、廈門等「副省級市」有著同樣的位階，也並不出奇。
而橫琴新區則有所不同，它仍屬珠海市管理，而珠海市本身就是一個廳級市，盡管近年有許多人要求將珠海市升格為與深圳市平行的副省級市，但奈何珠海市的面積、人口及經濟總量都不足以托起作為一個副省級市的規格，除非是與同是廳級市的中山、江門合併。實際上，近年當地就有此呼聲，而珠海、中山、江門三市的「同城化」追求，與其說是落實《珠江三角洲地區改革發展規劃綱要》的實際行動，毋寧說是這三個廳級市懷有合併後升格為副省級市的「小九九」，甚至是眼看著對岸的深圳市以與東莞、惠州市合併後，與廣州市爭搶升格為直轄市的競爭態勢，也對進一步爭取升格為直轄市而躍躍欲試。
回過頭來，正因為珠海市與上海市、天津市、重慶市的行政位階有別，這就形成了橫琴新區與浦東新區、濱海新區、兩江新區雖然其稱謂都是「新區」，但後者是副省級，橫琴新區卻是副廳級之差，後著直屬於省級的直轄市政府，橫琴新區則是屬於作為廳級市的珠海市政府。不過，橫琴新區的管理機構－－橫琴新區管理委員會，則是廣東省人民政府的派出機構，委託珠海市人民政府管理。不過，據說原本廣東省政府向國務院呈交的報告,是要求向橫琴新區管理委員會授予廳級行政管理權限的，但中央機構編制委員會最後批準的，卻是副廳級機構。這有可能是與橫琴的面積較小,迴旋餘地也沒有那幾個副省級新區那麼大有關。
其實，早在二零零九年國務院批復《橫琴總體發展規劃》之後，媒體在報導中最熱衷使用的一個概念，就是「橫琴新區是繼上海浦東新區、天津濱海新區之後，第三個由國務院批准的國家級新區」。因此，萬慶良也採用了這一說法。有意思的是，在此之後，二零一零年五月由國務院批復同意成立、六月十八日正式掛牌的重慶兩江新區，媒體的報導也使用了「第三個國家級新區」的概念，並引發了互聯網上關於誰是「第三新區」的口水之戰。當然，倘若「國家級新區」指的是「由國務院批准的新區」的話，橫琴也許是第三個，但是倘若強調與上海浦東新區、天津濱海新區並列的政治、經濟地位的話，珠海橫琴新區恐怕無法與之並列。