在二零零八年的「立委」、「總統」選舉中，蔡英文雖然已因前一屆「立委」選舉被民進黨提名為「不分區立委」候選人而履行了入黨手續，但因此刻並非是民進黨核心領導人物，而且其所謂「清新」、「學者」形象也與以草英雄為主的民進黨人格格不入，因而並未較深地介入民進黨的選情。不過，對於民進黨在這次「立委」、「總統」選舉中「兵敗如山倒」的原因，她還是心知肚明的，那就是受陳水扁家族貪腐案的影響較深，使多數選民厭惡和不滿民進黨。
正因為是在民進黨內外都有著這樣的認知，故民進黨在選舉新一屆黨主席時，就擺脫了過去派系運作配票等陋習，各派系共同推出形象清新，且沒有任何派系背景的蔡英文出任主席，為的就是希望蔡英文能夠領導民進黨徹底改變形象及拋棄陋習，帶領民進黨在穀底中翻身。
也正因為如此，蔡英文在剛接任民進黨主席時，是有著帶領民進黨與陳水扁作出切割的決心的。因此，她在就任黨主席的演詞中，就有「走一條沒有陳水扁的路」的語句。但無可奈何的是，由於陳水扁在位八年來的操作，也由於民進黨「台獨黨綱」的性質定位未能得到根本的改變－－民進黨雖然為了凍結「台獨黨綱」而通過了《台灣前途決議文》，但後來在遊錫的主導下，又通過了《正常國家決議文》，以「正常國家」來凍結了「中華民國」——，蔡英文仍是遭到「台獨」基本教義派的綁架，既變成了「暴力小英」，又強化了自己對「兩國論」的信仰。
不過有一點必須肯定的是，蔡英文對陳水扁卻仍一直是採取了敬而遠之，保持距離的態度。其中最典型的，就是從陳水扁遭特偵組起控到接受法院審判的過程中，蔡英文對陳水扁的支持，只是「抽像式」的，亦即只是支援陳水扁的司法人權，卻完全避開了陳水扁涉貪案情。蔡英文這樣做，還算是聰明的。一方面，司法人權是屬於程序性的問題，與陳水扁的案情亦即實體部分沒有關聯；這樣，蔡英文就可向黨內的「扁系」和「台獨」基本教義派作出交代。另一方面，蔡英文婉拒支援陳水扁案的實體部分，就是要保持著與陳水扁之間的適當距離，以利於爭取中間選民成為「轉投族」。
蔡英文的這種態度，一直延續至今。本來，陳水扁眼看著馬英九的民意支持度直直落，蔡英文也領導民進黨打贏了好幾場地方型的選戰，心想民進黨將可在二零一二年有翻身的機會。倘若民進黨能再度執政，按「憲法」所規定的「總統」職權，蔡英文或許會特赦自己。因此，陳水扁一直對蔡英文寄以極高期望，並不斷地透過發表「獄中劄記」，一邊極力吹捧蔡英文，拋出蔡英文將能當選的「十個理由」，另一方面則不斷地向蔡英文下指導棋。
但蔡英文要與陳水扁保持適當距離的態度，仍未改變。一方面，她接收了陳水扁辦公室的幕僚作為自己選戰辦公室的成員，滿足了陳水扁要籍著這些「扁系子弟兵」進行「代理人戰爭」的願望（但也婉拒了陳水扁所介紹的邱義仁進入其競選辦公室任職）。另一方面，卻在陳水扁不斷向她施加壓力的情況下，堅持拒絕在當選後是否特赦陳水扁的問題上表態，以防流失中間選票。
這可讓陳水扁急壞了。他最近的兩篇「獄中劄記」，都折射了他按奈不住的焦急心情，並一反自己曾經吹捧奉承蔡英文的態度，開始指責蔡英文起來了。前一篇，在埋怨蔡英文不願做作出特赦他信承諾的英拉的同時，指責蔡英文不應在選戰中採取守勢，還批評蔡英文所主導的民進黨「不分區立委」候選人名單，並聲稱蔡英文倘切割陳水扁，就只能是落選。而昨日發表的一篇，則是在「台灣人認同」和「得票率」方面大做文章。
陳水扁昨日發表的「你不知道的真相」系列「獄中劄記」的第十四篇《台灣人的國家認同》，在肯定英文電視廣告《我是台灣人》的廣告行銷功效的同時，也批評這個議題並未占到平易，不容易為蔡英文加分，並指責蔡英文提出的「不分區立委」名單引發黨內爭議與內訌，難免會影響選民對蔡英文的支持，而這正是蔡英文近日來面對直直落，即使是馬英九吳敦義對果賤傷農的頻頻失言，也無法拉抬蔡英文民調的支持度對根本原因，要求蔡英文競選總部要特別小心。
陳水扁在文中大彈蔡英文的民調策略，指出議題不容易為蔡英文加分，不分區立委名單的爭議與內訌難免會影響對蔡英文的支持，即使馬吳對果賤傷農的頻頻失言，也無法拉抬蔡英文民調的支持度，這是蔡總統競選總部要特別小心的地方。陳水扁還指出，蔡英文到各地辦國政說明會提出得票率的預期目標數字，固然可以提振士氣，但如果過於浮誇，動輒百分之六十五「亂喊」，於事無補，也可能鬆懈意志並不客氣地警告蔡英文，由於選舉種類及候選人不同，以「五都」及十七個縣市首長得票率和「總統」大選比較，不會太準確，並批評蔡英文亂喊「南台灣選票衝高到七成，「那是吹膨風」，容易麻痺自己人。
在這一點上，陳水扁似乎是與自己不久前才發表《我看好蔡英文的十個理由》的信心滿滿，截然相反。這就折射出陳水扁焦急了，因為倘是蔡英文選輸了，連特赦他的機會也都沒有了。陳水扁似乎是恨不得現在就被釋放出獄，親自為蔡英文操盤，糾正目前偏離他的「指導棋」的選戰策略。
平心而言，在台灣地區各類選戰中曾打滾了二十多年的陳水扁，對選戰策略還是頗為在行的，因而他的分析也是具有一定的參考價值的。再加上「旁觀者清」的因素，他呆在監獄中少了許多凡俗事情，對選情的觀察更加清晰。因此，曾經對蔡英文信心滿滿的陳水扁，現在也焦急了起來，盡管他想的是自己獲得特赦的機會更小，但也從中可窺見，蔡英文的選情並非如民進黨所吹噓的那麼樂觀順利。