馬英九近日接連表示，《兩岸人民關係條例》是在一九九二年他擔任「陸委會」副主委時所訂立，迄今沒有太多更動，確實需要配合現在的時空環境，進行全盤翻修。因此，他已指示「陸委會」、「教育部」和「衛生署」等主管部門通盤檢討《兩岸人民關係條例》。這幾個部門已著手檢討，並就進展情況進行過兩次彙報。在台灣社會形成共識的情況下，應該繼續放寬陸資赴臺，並依照兩岸簽訂的投保協議予以保障，以提高陸資赴臺意願。陸生赴臺、大陸配偶等有關政策都應檢討。
馬英九此語顯示，他在擔任了一屆「總統」之後，終也感覺到現行《兩岸人民關係條例》雖然為促進兩岸交流提供了法源依據和規範，但在形勢急速發展之下，卻也成為阻礙兩岸人民交流深入發展的伴腳石，非進行全盤翻修不可。否則，在未來三年多的任期內，兩岸關係難以有進一步的發展，無法為他建立「歷史地位」創造有利的兩岸關係和平發展氛圍。當然，馬英九是否會趁這次對兩岸人民關係條例》進行大翻修之機，塞進「一國兩區」的私貨，籍以阻攔兩岸政治對話的進行，則仍有待觀察。
其實，馬英九的「迄今沒有太多更動」之說，並非是實事求是的說法。實際上，根據最新的紀錄，《兩岸人民關係條例》自一九九二年七月三十一日由李登輝以「總統華總（一）義子第三七三六號令」公佈以來，已經修訂了十四次。其中有五次是在李登輝任內進行，四次是在陳水扁任內進行，五次是在馬英九任內進行。盡管其中大多數都是只修訂幾個條文的小修小補，但也有「大翻修」之時。其一是在李登輝任內的一九九七年五月，共增訂了五個條款，修訂了二十個條文；其二是在陳水扁任內的二零零三年十月，在九十六條正文中，修訂了五十五個條文，新增了三十七個條款，調整範圍比例高達百分之七十，是《兩岸人民關係條例》頒布十一年來最大規模的一次翻俢。
這次大翻修是由時任「陸委會」主委的蔡英文具體主導之下進行的。大幅調整了有關兩岸協商、「三通」、經貿文教交往的各項具體規定。具體內容主要有：
在兩岸協商方面增設了「複委託」機制，除海基會外，「陸委會」或其他主管機關，得依所屬事務的性質與需要，委託或逐案委託符合相關資格的民間團體協助處理兩岸事務。將「直航」條款由「禁止」放寬為「許可」。對兩岸人員、文教交流的限制有所放寬，取消臺灣民眾赴大陸的許可制規定，改行一般出境的查驗手續，但臺灣民眾不得在大陸設籍或領用大陸護照，否則喪失臺灣人民身份；除黨政軍機關團體外，原則開放臺灣人民擔任大陸地區之職務或為其成員；大陸台商子弟學校可以增設高中部；大陸教育機構經許可，得委託臺灣地區、大陸地區或其他地區人民在臺灣辦理招生事宜；兩岸學校間締結為姐妹學校或進行合作，采申報異議制；大陸配偶結婚後馬上可赴台團聚，無需每半年出境一次。對兩岸經貿交流的限制有所「鬆綁」，台商投資大陸簡化為「禁止類」及「一般類」，台商只要經「經濟部」許可就可以在大陸投資。……等等。
儘管經過此次修訂的《兩岸人民關係條例》仍有一些不如人意之處，對徹底解除「戒急用忍」束縛所邁的步子仍不夠大，但在當時的政治環境而言，尤其是在「台獨」勢力猖獗，大搞「台灣正名」、「一邊一國」、「兩國論」、「推動新憲法」等「台獨」活動之際，「條例」仍能守住「國統綱領」的底線，而且也對大陸當局提出的一些涉台政策作出了善意的回應，相對地還是有利於兩岸關係的發展的，因此還是顯得頗為難能可貴的。尤其是在其第一章「總則」的第一條，仍保留「國家統一前」的提法，堅持了「國統綱領」的底線，而其第二條有關「名詞定義」的規定，仍是使用「台灣地區」、「台灣地區人民」及「大陸地區」、「大陸地區人民」的概念，並將「大陸地區」繼續定義為「指台灣地區以外之中華民國領土」，也符合「國統會」關於「一個中國」涵義的詮釋。也許，由於這些論述是馬英九當年曾親身參與擬就的，而且在當今也符合馬英九「一國兩區」的理念，故而相信將仍然能夠得到保留。
馬英九上臺後，反而未有因應兩岸已進行了八次「陳江會」，簽署了十八個協議的現實情況，針對《兩岸人民關係條例》已不適應兩岸關係和平發展的新形勢，對其進行大翻修，只是進行幾次小修小補，似是跟不上形勢的發展。尤其是近來有關台商擔任大陸政協委員，大陸廣告在台「置入性行銷」，陸生健保等問題日益突出之後，倘再不進行修訂，就必然會陷於被動。
這就給民進黨提供一個予以反制的機會，在七月二十四日「立法院」召開臨時會時，民進黨眼看到在馬英九的民意支持度如此的低迷，林益世貪腐案被揭發重傷國民黨之下，民進黨卻仍然無法抵擋「證所稅」、「美牛修法」及「NCC」人事案，心猶不甘，就有意令抄近路，在國民黨尚未有所準備之下，進行突然襲擊，拋出修訂《兩岸人民關係條例》的「重磅砲彈」，意圖反客為主，掌控對「立法院」議題的主導權。並以此來貶低國民黨，譏諷馬政府雖然也有提出要修法，但只是像過去那樣的只修改個別條文，「頭痛醫頭，腳痛醫腳」，既欠缺戰略眼光，又沒有魄力；而民進黨則是除非不出手，一出手就是動大手術。與此同時，掩蓋自己在「總統」大選中應贏未贏，是在於未能縮短「最後一條路」的宭境，以主動提出修訂《兩岸人民關係條例》，來證明民進黨是有決心改善兩岸關係的，而且比馬政府還要積極和主動，並首先從法源依據做起。
顯然，馬英九是被民進黨的「將軍」唬住了，必須趕快掌握住整盤棋局，不得不思考對《兩岸人民關係條例》進行全面翻修，以其掌握執政權及提出法案主動權的優勢，將主導權牢牢掌握在自己的手中，將「修法」的方向引入自己的軌道，及可掌控的範圍內，以防止民進黨胡亂提案。
上一次對《兩岸人民關係條例》進行大翻修，花費了整整兩年的時間，橫跨了四個會期。今次相信也將不會太輕鬆。由於民進黨擔心國民黨將會「挪火為自己煮食」，將「修法」作為三年多後爭取繼續執政的武器，必然會以其在立法院內擁有三分之一議席的實力，及已與台聯黨黨團和親民黨黨團結或鬆散的在野黨聯盟的陣容，予以反制，因而估計將會耗費一大段時間。
不過，國民黨仍佔有過半議席，有能力不會讓民進黨「整盤拿去」。盡管為了妥協，將會在某些無關宏旨的條文上作出讓步，但主要的條文還是堅守高地的，只要國民黨不發生內訌及跑票，還將能打好這場攻堅戰和狙擊戰。