發動佔領「立法院」行動的學生領袖林飛帆聲稱：馬英九的統治正當性已經喪失。盡管在法理上看，這個說法並不成立；但在實踐角度觀察，卻又確確實實地存在著馬英九的統治權威正在流失的問題。實際上，馬英九現時的處境比陳水扁任內最後兩年還要糟糕，當時主要是陳水扁的貪腐案爆發，及他作出的系列言行，分別遭到「紅衫軍」的抗議和中國大陸、美國的高壓，尚只是針對他個人，政府統治還可正常運轉；而馬英九目前所面臨的，不但是人們對他個人領導能力的質疑，而且更嚴重的是，馬政府的統治權威已經受到嚴重衝擊，政令出不了「總統府」。因而有政論家形容說，現在馬政府已不單止是已經「跛腳」，甚至是已經斷了一隻腳。
實際上，昨日的幾個事態發展態勢，足以證明馬英九的統治權威已經受到了嚴重威脅，因而已經動搖。
其一，是馬英九聲稱根據《憲法》第四十四條的規定，召集院際會商，以尋求恢復「國會」正常運作，及維持議場秩序的解決方案。但竟遭到王金平拒絕，認為這次學生「佔領立法院事件」是因「立法院」朝野黨團對於《兩岸服貿協議》審查的爭議而起，故而是屬於「立法院」內部的問題，並非是《憲法》該條條文所規範的行政、立法衝突問題，性質不同，而「立法院」也正在尋求各黨團獲得解決問題的共識，因而不能出席院際會商。由此，無論是馬英九親自致電邀請，或是國民黨副主席曾永權來電，王金平都沒有改變立場，三拒馬英九召集。王金平此說，確有其道理，因而馬英九最後不得不對王金平的說法表示尊重，並表態會以尊重「國會自主」的原則處理這個問題。這等於是馬英九吃了一面屁，「唾面自乾」。
而王金平更進而呼籲馬英九能「體察時局，傾聽民意」，促成朝野共識，儘早解決爭議，讓「立法院」恢復秩序。這不啻是刮了馬英九的一記耳光，明諷今次事件是由馬政府「不傾聽民意」而致。
由於臺北地方法院宣判王金平的黨籍案勝訴得直，更由於臺北地方法院宣判「檢察總長」黃世銘被控洩密及違反通保法案爭議的罪名成立，判處一年兩個月有期徒刑，王金平就更是得理不饒人，更不理會馬英九了。這種情況，與去年「九月政爭」爆發時期，馬英九威迫王金平，正好來個相反，現在是王金平脅迫馬英九，而馬英九只得懇求王金平。把一個《憲法》設計的「雙首長制」實質上是「準總統制」的政制，及「總統」管轄「五院」的政治倫理，完全顛覆了。
但諷刺的是，在學生佔領「立法院」當晚，以至直至昨日，當國民黨籍「立委」請求王金平行使警察權，驅趕學生時，王金平卻說警察權只是使用於維持「國會」議事秩序，而佔領「立法院」的是學生，因而是屬於社會治安範疇，應由「中央政府」處理。這除了是折射了王金平不願也不敢得罪學生及在野黨的心態之外，恐怕也是要把「鎮壓學生」的「燙手山芋」拋給馬英九。但卻與他昨日所的解決「立法院」亂像是屬於「國會自主」問題，正好是自相矛盾。
其二，學生所提出的三個要求，即馬英九道歉，對《兩岸服貿協議》實行「逐條審查，逐條表決」，以及將其退回中國大陸，倘若馬英九不接受，學生們將會繼續堅持佔據「立法院」，癱瘓「國會」。令到統治機器的重要一環無法運轉；但倘馬英九全部答應或部分接受，就等於是提前「跛腳」。其中道歉及退回《服貿協議》兩項，就是對馬英九個人的侮辱，而且後者還將失信於中國大陸；至於發回八個委員會聯席會議重審，則等於是黨主席否定了「立法院」黨團，使得黨主席與黨團及黨籍「立委」的關係更為緊張，馬英九最擔心的難以指揮黨團的現象就將頻頻發生。因此，他當然是堅決不接受。但由此將會引發學生們的激烈反抗，號召包圍國民黨中央黨部大樓和各地黨部。當然，倘學生們真的這樣做，也將使自己行動的正當性大幅流失。
其三，馬英九謀劃院際會商遭到王金平拒絕，吃了一面屁後，跑到南部視察軍事演習，頗有「撒手不管」之態，甚至不排除是意氣用事。在臺北市的事態頻臨失控之時，馬英九卻遠離「中樞」，似是不負責任。由此，臺北市政府要求他留守「中央」。由此看來，馬英九與郝龍斌、朱立倫等國民黨中生代的矛盾，將會因此而進一步加深，今後他在黨內的朋友圈，更將進一步縮小。
其四、王金平昨日在拒絕馬英九的院際會商召集之後，當然須以「國會自主」的原則，負起解決「立法會」亂象的責任。因此，他與國民黨黨團和台聯黨黨團商量。而國民黨黨團在形勢格禁止下，而不得不讓步，同意對《兩岸服貿協議》進行「逐條審查，逐條表決」；但卻又以協議已送出委員會為由，主張只能是在院會進行審查，而不願意退回委員會。這與學生們發起這次學運的其中一個籍口，就是國民黨黨團召委張慶忠違反委員會審查程序，因而堅持必須退回委員會「逐條審查，逐條表決」的主張，存在距離，相信學生們不會接受。但國民黨黨團按照學生們的主張行事，就等於是承認自己犯錯，承認自己違反朝野共識。既此，這場政治危機，還不知何時才能結束。
其五、國民黨黨團要求清場，有一個安靜及安全工作的環境，這是合理要求。但是，在學生們堅持不撤退的情況下，怎樣才能有一個安靜及安全的工作環境？除非是出動警察，而國民黨黨團卻說，是否出動警察清場，他們管不著。這又將這個棘手的問題拋給了王金平，而王金平則肯定不會請求警方執行清場任務。既此，「立法院」不能運轉的責任，就是由王金平負起，除非是學生們「體諒」王金平，自動撤出「立法院」。
但學生們卻似是「哪壺不開提哪壺」，林飛帆昨日傍晚舉行記者會，聲稱「行政院」將出動警察進行「鎮暴」，而相關的消息也在網絡中頻傳，甚至還有台大醫院已啟動大量傷患機制的傳說。這立即將近年來一直向「二二八」受難者家屬致歉，及每年「六四」紀念日都發表講話的馬英九，拋到火爐中燒烤。因此，急得「行政院」和台大醫院連忙澄清。從中，卻也折射了馬政府正陷於恢復「國會」正常運轉與避免與學生發生衝突的兩難之中。