曾經在「扁朝」時出任過「陸委會」主委的蔡英文，似乎也學會了大陸改革開放的一句著名口號：「遇到紅燈繞道走」。－－當她已經明確得知大陸方面極度不滿其拒絕承認「九二共識」及其「兩岸同屬一個中國」的核心內涵，因而導致兩岸制度性聯絡溝通及協商機制完全「停擺」，就連曾經將之當作「妙棋」伺測時機拋出的海基會也已成為「死棋」，而她本人更是籍著接受《華盛頓郵報》專訪，斷然地正式拒絕認定「九二共識」之後，就尋思開闢「第二軌道」，以求「衝破」大陸方面的「防區」。實際上，在處理「火燒車」事件的過程中，就曾利用這個「難得而及時」的「良機」，意圖促成「台旅會」與「海旅會」的「二軌協商」。但卻被大陸方面看破手腳，除繼續申明兩岸制度性聯絡及協商機制已經「停擺」，現在所啟動的只是人道救難的臨時性緊急機制之外，前往台灣地區處置事件善後工作的人員，也極力避免讓人產生「進行協商」的假象，因而使得蔡英文的「暗渡陳倉」之機失效。但蔡作為當局仍然沒有死心，又改而求其次，祈求在學術範疇開闢「第二軌道」，以促成制度性或非制度性的「兩岸聯絡機制」。
因此，蔡當屆加快了在馬政府時期曾經為促進兩岸關係和平發展發揮重大作用，以至直接參加促成「習馬會」及其實質運作的幕僚工作的亞太和平研究基金會及兩岸交流遠景基金會的重組工作。這兩個基金會繼七月二十九日選舉產生新任董監事後，昨日分別舉行董監事會議，選舉民進黨前主席許信良為亞太和平研究基金會的董事長，任命中山大學教授林文程為執行長，現任副執行長唐開太將留任；選舉「扁朝」時的「總統府秘書長」及「外交部長」陳唐山為兩岸交流遠景基金會的董事長，任命台灣智庫副執行長賴怡忠、新台灣國策智庫副執行長林廷輝分別擔正副執行長。
這兩個基金會都是「國安局」的外圍智庫，經常受「國安局」委托進行相關政策研究。因而其財政狀況相當充裕，既有受薪的董座，也有實位專職的研究員，且其辦公地點也是在地價最貴的鬧市的商業大樓內。但兩家單位也有具體分工，亞太基金會主力兩岸關係，因而曾任「陸委會」特任副主委的林中斌曾任其執行長，而其副執行長董立文也被時任民進黨主席的蘇貞昌物色出任民進黨中國事務部主任，而並不忌諱他是外省人（祖籍河南）的第二代，及當時尚未加入民進黨。而遠東基金會雖然也掛著「兩岸交流」的招牌，但其主要業務卻是調研國際關係，尤其是台灣與美國、日本的關係。
馬英九在其八年任期內，十分重視這兩個基金會，因而不避嫌，兩個基金會的董事長都交給他的大陸和「外交」政策頭號顧問趙春山出任。這是較為罕見，因而趙春山也不辱使命，為馬英九兩岸關係政策的推動，及謀劃實施「活路外交」，東奔西走，多次前往大陸洽商，據說還曾獲安排見到了很高層次的領導人。而去年十一月的新加坡「習馬會」，趙春山還一直參與謀劃幕僚工作，因而成為與馬英九統計同乘一架專機前往新加坡的幾名學者之一。因此，本來，已經確定由許信良出任亞太基金會董事長，以便於釋出海基會董事長位子讓王金平、宋楚瑜「良性競爭」的蔡英文，在諮詢江春男出任遠景基金會董事長的意願，但後者志不在此，一心要做派駐新加坡代表之下，就有意讓趙春山留下。但趙春山既可能是因為感到由於蔡英文不承認「九二共識」，留任就將無所作為；也可能是由於兩人的意識相形南轅北轍，難以相處，因而就像二零零零年首次「政黨輪替」時，「考試院」副院長關中雖然享有「任期保障」，也不屑留任而宣佈辭任那樣，即使是自己的任期尚未完成，也要堅持離去。
江春男和趙春山都沒有意願，本來人們認為會找一個較為中性，即使不是有藍色背景，至少也是淺綠以至中間的人士接手。但意想不到的是，竟然找了個「獨派」陳唐山。而且蔡英文已經賦予遠景基金會新的研究方向，就是「新南向政策」，而新加坡又是「重中之重」；但陳唐山在「扁朝」任「外交部長」時，曾公然出言侮辱新加坡是一個「卵泡國家」、「鼻屎大的國家」，這豈不是錯置？
更讓人感到不可思議的是，蔡英文繼在海基會人事上推行「排藍」政策之後，在這本來設想是「第二軌道」的這兩個基金會中，也居然在主攻兩岸關係的亞太基金會大搞「排藍」，而且還否定了過去以學術界為主的傳統，幾乎全部是現任政務官：陸委會副主委邱垂正、「文化部」次長楊子葆、「國發會」副主委龔明鑫、「教育部」次長陳良基、「農委會副主委陳吉仲、「總統府秘書」長林碧炤辦公室主任王思為、前「國安會」副秘書長陳忠信、及警大公共安全系教授董立文。這又如何能與大陸「接軌」？反而是由「獨派」人士主持的遠景基金會，其董事成員：「國安會」副秘書長曾厚仁、「國安局」副局長周美伍、新台灣國策智庫研發長李明峻、中興大學國際政治研究所所長陳牧民、前「國安會」諮詢委員翁明賢、前「國安會副秘書長裘兆琳、政大國關中心東南亞研究中心執行長楊昊、中興大學國際政治研究所教授蔡明彥、台北大學公行系教授郝培芝、中山大學中國與亞太區域研究所教授顧長永，還有一抹「藍色」，而且也有在各領域盛名的學者。
看來，蔡英文的度量遠不如陳水扁和馬英九。陳水扁上台後，雖重視「國安體系，但卻仍讓這兩個外圍基金會由藍營持續掌控，深藍的陳一新、張亞中等學者繼續在基金會有職務。而馬英九二零零八年就職後，海基會由陳水扁任內委任的社會賢達人士董監事，還可一直任職到任期結束為止，不再續聘就是了。但蔡英文卻不但要把創設「九二共識」稱謂的「老仇人」蘇起，及「胡連會」和「國共論壇」的重要搞手幕僚張榮恭從海基會「掃地出門」，不讓其留到明年的任期完結，而且還要在被其視為「二軌」的智庫機構大搞「排藍」，就連原定由在兩岸事務上持溫和立場的顏建發，也最後推翻了對其出任亞太基金會執行長的承諾，而是另行安排深綠的林文程。
從蔡英文的「二軌」佈局看，似乎是組成了一個「鐵三角」。其一是這兩個基金會；其二是在顧立雄因獲委任「不當黨產處理委員會」主委而辭去「不分區立委」後，由許信良嫡系、也是「親陸反獨」的郭正亮遞補；其三是還有一個主動配合的「小角色」，就是許信良曾其任董事長，郭正亮現仍任其副董事長的《美麗島電子報》，繼續為蔡英文的大陸政策「護航」，意圖幫助蔡英文扭轉大陸對其觀感。這個「鐵三角」的如意算盤可能是，由許信良繼續像以往那樣經常往大陸跑，套近乎；陳唐山則除繼續經營美、日關係之外，還專注「新南向政策」，既互相配合又互相牽制。而郭正亮則在民進黨「立法院」黨團內搞平衡，並為較為溫和的兩岸政策向民進黨「立委」解畫。
正因為民進黨內深綠者對郭正亮「有看法」，他的「酒駕」事件也被翻炒了出來。不過，在「中天」電視上猛批江春男酒駕的國民黨中央政策會執行長蔡正元，卻為他緩頰。可能是認為他是可以商量的人，盡管不會站到國民黨的一邊，但都可合作。
但是，蔡英文的「宏圖大計」能否如願？不要說是「二軌」也得服從「九二共識」主軸這個大道理了，就說是這兩個基金會的情治系統背景，就讓北京頗為顧忌。此前，亞太基金會就曾發生了「間諜案」，案中兩「軍情局」特工以亞太太基金會副執行長名義，與程翔建立關係，因而大陸學者可能會擔心陷入「間諜門」，避而遠之。實際上，蔡英文當選後，兩個基金會的研究人員希望能「搭檔」台灣學者前往大陸參加學術研討及參訪活動，都被打回頭。至於老「獨派」陳唐山，就更不用說了，早已被收進「拒絕來往戶」的黑名單中。