「法務部長」邱太三接受媒體專訪，以其法學尤其是曾任法官的經驗，分析議評了特赦陳水扁的問題。他指出，從法律的角度來說，赦免是要赦免罪或刑，這代表要被赦免的人，一定要在判決確定之後，才有辦法考量特赦。因為特赦時要寫犯罪事實，如果判決都還沒確定，犯罪事實該怎麼寫？邱太三又表示，特赦毫無疑問是政治性考量，他沒有置喙餘地，但任何人要做特赦，一定會考量整體情勢，他相信蔡英文也很清楚。倘有人建議可以先赦免判決定讞的案件，但還沒有定讞的部分，未來若被判有罪，「還要再特赦一次嗎？」而且不同罪名有不一樣的考量。邱太三還透露，蔡英文沒有問過他關於特殊陳水扁的問題，但如果要特赦陳水扁，他會告訴蔡英文如何寫特赦書，因為怎麼寫的效力會影響到有多少會被赦免，在法律上來說「只有那一塊」（判決定讞部分），停止審判的部分無法寫入特赦書中，因此要做整體考量。對於陳水扁出席活動或前往翠山莊向李登輝祝壽，被台中監獄質疑未提申請，邱太三表示，他相信陳水扁很聰明，因為大家都知道法律的界線在哪，但不要跟法務單位玩政治，而他自己的基本態度就是「法律歸法律、政治歸政治」。
邱太三的上述評議，都是完全符合台灣地區相關法律的規定，從實體到程序都嚴格按照法律規定一絲不苟，無愧於「法務部長」的法學涵養。不料，卻遭到陳致中立即在臉書上發文攻擊，指責既然邱太三說特赦是政治考量，自己無置喙餘地，那又說那麽多幹麼？至於特赦不能及於審判中，陳致中聲稱，這是《赦免法》的法律漏洞，可以透過解釋補填，再不然「立委」蔡易餘已在司委會提案修法補起來，邱太三可以支持該提案來解決這個問題。陳致中又指責邱太三關於特赦要寫犯罪事實的說法，聲稱陳水扁任內特赦過二十二人，都沒寫過犯罪事實。而且陳水扁任內行使特赦，也沒有「法務部長」教「總統」寫「特赦書」。陳致中還抓住邱太三民調滿意度不高的「軟肋」，攻擊他有關特赦陳水扁要作民調之說，聲稱若論民調，邱太三的民調滿意度是內閣最低的，「一位不懂法律，沒有政治倫理，還要對總統下指導棋的閣員，令人不敢領教」。還批評「世界上豈有總統用政治特權救濟司法不正義要作民調之理」？
陳致中此舉除了是「救爸」，可能也是為了自己籌備參選「立委」積累資本之外，可能還是在配合「獨派」上演「逼宮罷黜」邱太三的戲碼，進而對一直沒有對「特赦陳水扁」進行表態的蔡英文，形成並施加政治壓力。
實際上，邱太三在從政前，曾任過法官，因而對司法獨立及司法公正，具有一定的定見及堅持。盡管他是民進黨人，也是「新潮流系」成員，但在「法務部長」的位子，雖然必須執行執政民進黨的基本政策，但還算遵守司法公正的原則，在處理一些法務問題上，太體上堅持公正，而沒有明顯的偏離。比如，邱太三所出任的「法務部長」，按「憲法」和相關法律規定，掌管全島各檢察機關的人事，但他竟然沒有全面派任「綠色」檢察長，而且一些基層檢察機關在辦案時，也敢於查辦涉嫌觸犯法律的民進黨官員或綠營「有功之士」，尤其是檢察機關在偵辦馬英九的相關涉嫌案件時，沒有「從死裡整」馬英九，還是按照法律程序去處理，直到如今仍未按「獨派」的意願囚禁馬英九；相反，被「獨派」視為「無罪」並受到迫害的陳水扁，邱太三卻予以「嚴管」，「嚴苛限制」他的行動自由，就連去幫為李登輝祝壽也予以「干預」。因此，陳師孟的「辦綠不辦藍」之說，表面上是針對某些司法官，實際上卻是「打蛇打七寸」，要「敲打」掌管全島檢察長人事權的邱太三。
對此，已經在政治圈打滾多年的邱太三，又豈會有政治嗅角遲鈍，察覺不到其中的「潛台詞」之理？但他卻偏是剛直不苛，針對陳師孟在在「立法院」審查上所說的「上任後要專打辦綠不辦藍的法官」，直指台灣的政治人物在很多場合都會有一些發言，法律人如果要和政治人物的發言逐一回應或口水戰，「我想這是在浪費我們的生命」。邱太三還指出，他在審查會當天在「立法院」就有很直白地跟陳師孟講，司法有法律程序可以進行相關的救濟措施，如果還不服，「高檢署」也有成立受理完善定罪的單位，台灣是一個民主法治的「國家」，有各項機制來處理相關問題。若對刑事案件不服，在定讞之後仍可向法院聲請再審或非常上訴。而或許有人認為再審和非常上訴的成功機率較低，或認為法官可能官官相護，而無法信服；但「高檢署」也已成立「完善定罪小組計畫」，針對再審、非常上訴的案件，被法院駁回後，仍可由律師公會、或法學、人權團體移送至高檢署審查。
邱太三這番話，及對特赦陳水扁訴求的「怠慢」態度，激怒了「獨派」團體。包括台灣社、台灣北社、中社、南社、東社（花蓮）、東社（台東）、台灣客社、台灣教師聯盟等「獨派」社團，就曾於一月二十一日共同發表聲明，指責「法務部長」邱太三嚴重濫用職權，「辦綠不辦藍」，期待新任監委對台灣司法可以發揮最大的救濟。這些「獨派」團體在這份名為《檢舉邱太三，辦綠不辦藍》的聲明中聲稱，陳水扁幾天前去為李登輝祝壽，台中監獄又再度發函指未遵守規範，要求陳水扁日後外出參加職能活動或其他活動都要在前七天申請，「區區一個台中監獄，沒有上級單位示意，有權限發出這種函文嗎？」聲明中指出，一月十六日邱太三表示台中監獄正蒐集資訊，將視實際情形做後續的處理，然後就有了一月十九日台中監獄的這個警告函，「不就是明明白白昭告是法務部長邱太三的指示？」聲明聲稱，他們將向「監察院」檢舉邱太三嚴重濫用職權，辦綠不辦藍，「更期待新任的監委們對台灣司法可以發揮最大的救濟」。
「監察院」在接到「獨派」團體的這個「檢舉」案後，如果恰巧就分發給陳師孟辦理，那就是正好符合陳師孟的政治口味，而且是他「上任後要專打辦綠不辦藍的法官」的第一案，並可讓他可以「揚名立萬」。儘管邱太三不是法官，但畢竟是掌管全台檢察長人事權的「法務部長」，而且在從政前也當過法官，總算是滿足到自己「上任後要專打辦綠不辦藍的法官」的職志。
然而，邱太三卻仍然秉持法律人及掌管全島司法行政事務的政務官的獨立人格，並沒有在「獨派」團體的「檢舉」的面前退縮一步，昨日更是對「特赦陳水扁」的議題秉法直說，可說是「豁出去」了。
由於談到了「特赦陳水扁」的議題，而且還是以法律為準繩，站在依法不能在陳水扁所涉的案件尚未全部審理定讞之前，就辦理對其的特赦的公正立場上，當然是激怒了陳致中。而且，這也可能是也是早就「不鳥」邱太三的陳致中，緊緊抓住邱太三就「特赦陳水扁」議題發表公正的談話的機會，進行發洩式的「反擊」。
陳致中此舉，雖然在表面上與陳師孟聲稱「上任後要專打辦綠不辦藍的法官」，及「獨派」團體「檢舉」邱太三等事件，沒有直接關聯，但其實也是「心有靈犀一點通」，互相呼應，並要形成合力。或許，在過了農曆新年之後，蔡英文為挽救自己的民調而進行「內閣」改組時，被視為「民調低」的邱太三，及同意也是民調低的「內政部長」葉俊榮、「勞動部長」林美珠（蔡英文表姐）、「外交部長」李大維等，一道被「拔掉」，成為陳師孟等「獨派」等犧牲品。