美國總統特朗普星期二發表推文稱，前一晚他告知博爾頓，白宮不再需要他。特朗普在推文中寫道，「我強烈不同意他的一些建議，其他幕僚也有同感，因此我請他辭職」。當日上午，博爾頓遞出辭呈。
特朗普採取這樣的方式「炒掉」博爾頓，幾乎是帶有羞辱的意味，歷來罕見。實際上，外電就報導，博爾頓對過去二十四小時發生的事情感到猝不及防，在白宮工作十七個月後，博爾頓為總統特朗普沒有讓他體面離開白宮感到震驚。
而被指與博爾頓一直存在矛盾的國務卿蓬佩奧在談及此事時微笑著稱，「我從未對此感到意外」，並指出特朗普完全有權這麼做。他也欣然承認，自己和博爾頓確實存在分歧。
實際上，據外電報導，特朗普與博爾頓的分歧以至不和早有苗頭。今年七月，特朗普在日本「G二十」峰會上與外國元首談笑風生、突然與朝鮮領導人金正恩在朝韓邊境見面時，作為國家安全顧問的博爾頓，居然被派往對美國外交來說優先權重較低的蒙古。雖然白宮稱，博爾頓的蒙古之行是早先計劃的，美國媒體仍將此解讀為博爾頓被特朗普「打入冷宮」。外電也報導說，兩人近來就朝鮮、阿富汗、俄羅斯等對外議題產生了不可調和的矛盾，博爾頓的立場更為好戰，特朗普則更傾向於達成協議。因而在近幾個月內，媒體多次披露博爾頓被排除在白宮重要會議之外。美國有線電視新聞網（CNN）近日報道還指出，博爾頓與國務卿蓬佩奧在國際議題上爭奪政策話語權，幾個星期內兩人互相沒有說過一句話。博爾頓與白宮代理幕僚長馬爾瓦尼的關係也冰凍三尺。就在博爾頓辭職前幾天，特朗普政府剛取消了與阿富汗政府、塔利班的三方和談，該談判因定在接近「九一一」恐襲週年紀念日之時而飽受爭議。博爾頓早前堅決反對與塔利班談判，「CNN」的報導稱，蓬佩奧及其他幕僚則支持達成協議。被指與博爾頓「宮鬥」的蓬佩奧在週二下午的記者會上坦言，兩人在很多問題上觀點不同。因而媒體形容，在白宮團隊中，蓬佩奧以「唯特朗普馬首是瞻」著稱，與博爾頓的桀驁不馴對比鮮明。白宮副新聞秘書吉德利當天也向記者表示，博爾頓在優先事項與政策方面與總統的立場不符，「他們只是在很多問題上沒有達成一致」。
其實，特朗普本來也是強硬人物，當初就是為了協助自己在處理全球幾個焦點問題中落實貫徹自己的強硬政策，而邀請被貼上「極端的好戰分子」、「鷹派中的鷹派」和「戰爭狂人」標籤的博爾頓作自己的近身幕僚。因而特朗普在任命博爾頓時，就宣稱「這就是我想要的人」。但意想不到的是，驕縱慣了的博爾頓，卻是「妹仔大過主人婆」，不知自己是何物，竟然要「尾巴搖狗」地指揮特朗普。倘是有益有建設性的作為，雖然仍然是不尊重特朗普的犯忌，那倒也是罷了；但偏是「哪壺不開提哪壺」，許多建議甚至自把自為地推動的事項，都是衝過了頭，與特朗普在競選時作出的「自古自家門前雪，不理他人瓦上霜」承諾「離行離列」，可能會威脅特朗普爭取連任的前景，壞了特朗普的大事。在經警告幾次無效後，特朗普終於要他「躝斯趌路」。因而特朗普在宣布炒掉博爾頓的推特文中特別強調，「白宮再也不需要他的服務」、「我強烈不贊同他的許多建議」。
博爾頓與特朗普之間的政策矛盾，雖然主要是在國際大戰略的範疇，但也牽涉到「大兩岸」－－太平洋兩岸的美中關係，和「小兩岸」－－台灣海峽兩岸的兩岸關係。早在他在小布希時代出任美國駐聯合國大使時，就在《華盛頓郵報》發表題為《重估一中政策——與台灣更密切的軍事關係有助於反制北京的好戰》的文章，聲稱針對中國大陸大秀軍事力量的舉動，美國必須採取符合二零一七年的策略，不僅要重新審視「一個中國」原則，而且還要擴大對台軍售，甚至重新派美軍駐台，以此強化美國在東亞的軍事利益，並稱依據美國國會在一九七九年通過的《台灣關係法》，美國可以擴大與台灣的互動，不需要另外洽談新的防禦協定，也不需要組成完全的軍事聯盟。
博爾頓支持台灣「自決」，在二零零七年訪台時曾主張美國應該跟台灣恢復全面的「外交關係」，他認為這符合美國的最佳利益。他更早在一九九四年時，就主張美國應支持台灣成為聯合國的完全會員；李登輝發表「特殊兩國論」時，博爾頓也表示支持。二零一二年七月，博爾頓在與時任民進党主席的蘇貞昌會面時曾表示，台灣具有完整的「國家定位」，應該有資格參與聯合國、成爲會員；台灣有領土、首都、政府、有自由民主的社會，他期待台灣未來加入聯合國及其他聯合國架構下的組織；他說，台灣應該積極擴大國際參與。
博爾頓出任美國國家安全顧問後，更變本加厲。美國在台協會台北辦事處新大樓舉行落成典禮時，博爾頓透過媒體放風，聲稱他將親自出席，但最後還是遭到傳統官僚們的反對。今年三月，大陸軍機飛越海峽中綫，博爾頓發布推文聲稱：《台灣關係法》與我們的承諾更加清晰。蔡政府如獲至寶，「外交部長」吳釗燮隨後在其官方推特轉發波頓推文幷表示，很珍惜博爾頓對台堅定不移的友誼與支持。五月，蔡政府「國安會」秘書長李大維在訪美期間與博爾頓會晤，創下四十年來首例。蔡政府又大吹大擂一番。
博爾頓的被「炒魷魚」，並非是與台海問題有關，而是在於阿富汗、伊朗、朝鮮等大戰略。但也有一定關聯，兩者相輔相成。用一句不大恰當的話來說，就是美國與上述國家的矛盾是「對抗性矛盾」，與中國的關係尚算是「非對抗性矛盾」，有一定的轉彎餘地，因而特朗普希望能透過談判解決，盡管條件很「辣」不對等。因此，博爾頓將適用於「對抗性矛盾」的手法來使用於「非對抗矛盾」之上，就犯了大忌，擺明是吃白宮的飯，砸白宮的鍋。
當然，盡管是「非對抗矛盾」，但畢竟也是「矛盾」，不是友好，因而博爾頓的接任者，仍將緊緊抓住「矛盾」二字大做文章，只不過是盡量保持「非對抗性」的位階，而避免向「對抗性」發展而已。既然如此，未來在大西洋之間「大兩岸」之下的台灣海峽之間的「小兩岸」，仍將會是有很多麻煩，仍要「丟掉幻想，準備鬥爭」。
或許，博爾頓的去職，蔡英文會感到沮喪。她本來預算在自己爭取連任的過程中，除了緊緊抓住在香港事態上「撿到」的「槍」之外，希望在美國也能爭取到支持。但在美國在台協會台北辦事處處長酈英傑，繼接受《中國時報》專訪，表態歡迎韓國瑜訪問華府後，又跑到高雄，邀請韓國瑜到「AIT」的高雄分處會面，這讓她深感威脅，擔心華盛頓「兩頭下注」。因而不排除將會打破慣例，在本屆任期結束之前再搞一次「過境外交」，在「過境」美國的過程中與高層密商，爭取支持。