第二批以包機形式將滯鄂台胞接回台灣，前日深夜及昨日凌晨由台灣「華航」和大陸「東航」共同執飛進行，共接回三百六十一名台胞。他們在平安抵埗，隨即被分送三處檢疫所進行十四天隔離。
現在仍有近千名台胞滯留在湖北。由於湖北省以至武漢市的疫情已經緩和，習近平主席前日親臨武漢考察並作重要指示後，標誌著湖北省的抗疫鬥爭已經取得關鍵性的勝利，開始轉入復工復產，恢復生產生活秩序的新階段。實際上，包括武漢天河國際機場在內的湖北境內四個機場都正在為重新開啟作準備，省內也已有別城市解除「封城」。因此，與台灣桃園機場有對飛關係的武漢天河機場，即將恢復運作。在此情況下，繼續以「對等」亦即每批次都由雙方各派出一架客機的方式，將餘下的近千名滯鄂台胞，扣除了因為有親人被確診或是疑似病人不能回台而必須留下照顧，或是不願意在回台後接受十四天強制隔離，更因為有原本在台灣生活的大陸配偶未成年子女，受到台灣當局推出的特別限制而無法返台，迫使其母親只能留下來照護等情況之外，應是可以很快陸續返台。
這是一件值得高興的事，而且也符合蔡英文希望能緩和兩岸關係的意願。因而第二批計劃籌備期間，曾經爭吵到不亦樂乎的兩岸有關機構之間，都是高度保密，默默工作。這除了是擔心會「相拗冇好口」而導致計劃「破局」之外，也是擔心民粹「反噬」。實際上，據說有八成民眾反對將滯鄂台胞接回台灣。不過，這個數據不知從何而來？台灣地區的民調事業如此發達，卻未見有權威的民調機構進行這方面的作業及公佈數據。
第二批武漢包機回台，讓一直在為派出醫護人員隨機前往武漢執行任務，並為滯鄂台胞接回台灣後的檢疫及隔離安排而奔波的「中央流行疫情指揮中心」指揮官陳時中，頗為開心。因而在昨日中午的記者會上表示，第二班包機之所以這麼久，中間歷經很多溝通，包括雙方在認知、做法上的落差，所幸雙方都很有心，即便遇到很多困難還是成功促成這件事，這是兩岸合作的成果。
但陳時中的話音未落，就有人以「黨政人士」的名義向媒體放風，聲稱這次專機任務執行過程一波三折，直到前天「東航」班機起飛前，大陸官員竟然還百般刁難台灣防疫人員，也導致首班的「華航」延遲了超過三個小時，第二班次的「東航」更是過了凌晨才終於起飛。這位「黨政人士」似乎仍嫌罵得不過癮，還追溯到此前兩岸溝通協商之間的齟齬，指責「造成首次包機亂象的中國台辦系統，為了推卸責任，在第二次的專機協商過程，也不斷放話，不但辱罵『行政院長蘇貞昌說『蘇氏謊言』，更離譜的是，就在我方人員急著為航班防疫忙著溝通的同時，湖北台辦主任卻在深夜以不具名的方式在中國官媒新華社報導上，逐點逐項抹黑台灣。」
但未待被這位「黨政人士」指責的大陸國台辦和湖北省台辦進行回應，「總統府」卻搶先在第一時間作出反應了。中央社在十二時四十分發出「黨政人士」的「吹風」新聞稿後（其他各媒體也幾乎是同一時間以「黨政人士」的消息來源報導此番言論），中央社緊接著又於十四時四十六分發出《武漢包機一波三折，『總統』：沒有政治只有防疫考量》的報導，轉述蔡英文在臉書上的貼文說，在「防疫優先、弱勢優先」原則下，經歷許多的努力和協調，三百六十一位滯留在湖北的國人及家屬，前天晚上和昨天凌晨回到台灣。她說，感謝雙方參與這一次包機任務的所有執行人員，也感謝疫情指揮中心的調度與安排，尤其是「華航」機組員、跟隨班機前往武漢的四位醫師和九位護理師以及在停機坪上執行任務的檢疫、醫護、消毒與海關人員。看著最後一位身著隔離衣的旅客住進檢疫所，任務終於完成，大家才好不容易鬆一口氣。
蔡英文又寫道，為了把滯留在湖北的國人和家屬順利接回，從前置協商、現場工作，一直到回台檢疫措施，由於兩岸雙方對於防護標準的認知落差和不同作為，在實際執行的過程，都顯得一波三折。儘管如此，最後搭乘東航的旅客，也都還是能配合指揮中心的規定，穿戴台灣提供的防護裝備，讓這項任務終於能夠順利完成。她強調，「沒有政治考量，只有防疫考量，這是我們始終堅持的原則」。溝通和堅持，都是為了國人的健康著想，即便很辛苦，也是必要的過程。就像指揮官陳時中說的，只要有心，再多困難也可以克服。健康沒有國界，把國人照顧好，才是政府最重要的工作。
顯然，蔡英文與「黨政人士」不同調，前者是衷心感謝雙方的合作，後者卻是指責對岸「不合作」；前者對因為兩岸對於防護標準的認知落差和不同作為表達理解寬容的態度，後者卻是一味指責大陸方面「百般刁難」。
實際上，兩岸對防疫的標準有所不同。比如對「高燒」的判斷標準，大陸方面由於武漢是「重災區」，因而「料敵從嚴」，為三十七點一度；而台灣方面則是三十七點四度。那位登機之後在複檢時呈現三十一點一度的台胞被要求落機，就是按照大陸的標準嚴格要求。問題就是這麼簡單，就連跟隨「華航」班機前往武漢就地指揮的「指揮中心」醫療應變組副組長王必勝，在昨日的記者會上也否認是陸方刻意刁難，認為這是因兩岸的體溫監測標準不同，才會發生的插曲，對於陸方所採取的高標準，也是表達充分尊重。但僅隔不到一個小時，「黨政人士」卻無視這位既是在武漢現場指揮調度的「指揮中心」成員，又是台灣地區胸腔科醫生的權威，因而最具有發言權的判斷，而胡說八道。
其實，可能是就連王必勝也深知，武漢的檢測人員之所以如此嚴格控制登機人員的體溫，除了是大陸的公務人員「政治責任大如山」，尤其是對涉台事務不能有毫厘疏失之外，更重要的是，是為了避免再次發生在第一批滯鄂台胞返台時，因為有一位確診病人「混」進客機，而導致陳時中在記者會上哽咽流淚，引發各方「嘩然」的事件。這是很正常的事情，因而連蔡英文也表達理解寬容，指出這是「兩岸雙方對於防護標準的認知落差和不同作為」，並強調「沒有政治考量，只有防疫考量，這是我們始終堅持的原則」，似乎是對「黨政人士」只顧「政治掛帥」，將政治凌駕於人道之上，有所不悅。
值得注意的是，直到昨日，蘇貞昌仍然在堅持「三大原則」，而蔡英文在臉書上卻只提「防疫優先、弱勢優先」原則，沒提「接受能力」。顯然，這除了是人道主義，「應接盡接」之外，也感到以「接受能力」來阻擾滯鄂台胞回台，其實是「高級黑」，亦即否定台灣地區的抗疫能力。更重要的是，是「打臉」曾經親自下令搶建檢疫所的蔡英文。
由此可見，「行政院」與「國安」團隊對兩岸事務的態度，出現了微妙的差異。實際上，陸委會已經按照世界衛生組織的要求，及跟隨大陸方面的定名，稱之為「新冠病毒肺炎」；蔡英文昨日在臉書上乾脆連疾病名稱都不提，只提「防疫」。但包括「指揮中心」在內的「行政院」團隊，尤其是蘇貞昌，卻仍然是「武漢肺炎」不離口。