1949年12月，中央軍委以海軍接管處和兩廣縱隊第二師分骨幹爲基礎，在廣州成立了廣東軍區江防司令部，此爲南海艦隊的前身。
　　1950年10月，第44軍撤編，其所屬第130師與第45軍（軍部、直屬隊及第134、135師）合編爲第54軍。隨即，第44軍軍部與廣東江防部隊合併成立中南軍區海軍。
　　除了第44軍，中南軍區海軍還帶有第41、43、48、58軍等英雄部隊的血統。大家可能會發現，上述部隊基本上都是四野的老底子。這也是海軍的縮影，創建初期脫胎於陸軍。
　　中南軍區海軍成立之後，參加了解放內伶仃島、海南島、萬山群島、蛇尾洲島等海空作戰。特別是萬山海戰，與敵鏖戰十次前後七十一天，
　　1955年8月，中南軍區海軍改稱南海艦隊，隸屬於海軍、廣州軍區戰鬥序列。
　　1964年，南海艦隊迎來了重大轉折：司令部駐地，由廣州移駐湛江。在筆者看來，南海艦隊移防湛江，主要是以下四方面深層次原因：
　　其一、廣州的特殊地位。
　　電視劇《旗艦》中有一個細節，鄭遠海、南克江向基地司令員魯淮成彙報任務計劃。魯淮成强調二人不能同時執行任務，特意指出：
　　你們知道上級爲什麽規定，在一輛車上不能坐兩名主官嗎？我不能在一次行動中，損失兩員大將。
　　軍事主官尚且如此，更別說事關全局的司令部機關駐地。
　　廣州的特殊之處，就在於即是廣州軍區的司令部駐地，又是南海艦隊的司令部駐地。很明顯，將南海艦隊司令部搬出廣州遷往湛江，也是出於大軍區內部指揮協調問題。再者，湛江比廣州更靠近南海，這是符合海防戰略需求的。
　　其二、湛江是大西南門戶。
　　關於湛江的重要性，毛主席在1965年國防建設會議上對湛江的戰略定位，就講得很明白。時至今曰，毛主席對湛江戰略定位的金玉之言，鐫刻在湛江城市規劃館最爲顯眼的位置。從地理角度來說，湛江地處我國大陸最南端，又是西南、華南的絕佳出海口。
　　湛江歷來都有向海而興的傳統，海運極爲發達。衆所周知，湛江是「海上絲綢之路」的始發港，與之配套的陸上交通基礎設施自然是非常完善的。更別說到了近現代，湛江的水陸交通優勢就更爲特知了。
　　其三、湛江海岸綫曲折，天然良港多。
　　湛江總面積13263平方公里，地勢大致是中軸高，東西兩側低，南北高而中間低，起伏相對和緩，多爲平原和臺地，兼具平原（66%），丘陵（30.6%），山區（3.4%）等地形。
　　湛江五縣四區均面向海洋，大陸海岸綫綿延曲折長達1243.7公里，占粵境大陸海岸綫30.2%。據不完全統計，湛江擁有港灣101處，大多已經成爲運輸巷、漁港、軍港。
　　以湛江灣爲例，東西兩端連接大陸口小腹大，南有南三島、特呈島、東頭山島、東海島、硇洲島等島嶼作爲天然屏障，具備水深浪靜、航道寬闊、回淤較少、四季不凍的天然深水良港特點。
　　其四、毛主席的戰略調整。
　　1963年底，周總理視察珠江口，時任南海艦隊司令員吳瑞林奉命執行護航任務。期間，周總理向吳瑞林透露了毛主席的戰略調整，主要有兩點：準備抗美援越、東海艦隊和南海艦隊司令部搬家。毛主席的戰略調整，主要著眼於美國干涉越南內政，威脅我華南、西南，抗美援越勢在必行。
　　抗美援越的核心就是北部灣、海南島西部，在毛主席看來，湛江有軍港、商港、飛機場、鐵路，可以直達我西南陸上門戶柳州，戰略地位極爲重要。因而，南海艦隊部署於此，就是爲了應對可能爆發的衝突，便於整軍備戰。
　　在此背景下，南海艦隊從廣州搬到了湛江，而東海艦隊則從上海搬到了浙江寧波。
　　南海艦隊移駐湛江後丨自1964年起，長期處於抗美援越第一綫，僅榮獲越南民主共和國政府授予的戰功勛章就有14個單位39人。1974年，南海艦隊參加了西沙海戰，小艇戰大艦，收復永樂群島核心區永樂環樵。
　　1979年2月，對越反擊戰爆發，南海艦隊配合陸軍作戰監視蘇越動向。1988年「3.14」海戰中，南海艦隊收復華陽樵、東門礁、南熏礁、渚碧礁、永暑礁、赤瓜礁等6個島礁。
　　時隔多年，南海艦隊已經成爲鎮守南大門的海上虎賁，維護南海主權的頭號主力。無論是武器裝備，還是戰鬥力，穩穩位列三大艦隊之首。特別是隨著海軍三亞基地的建設，湛江的地位更爲突出。