在六月二十六日召開的第十四屆全國人大常委會第三次會議上，全國人大常委會委員、香港民建聯主席李慧琼向新設立的代表工作委員會，遞交全體三十六位港區全國人大代表聯署的信件，盼望早日與海關總署探討取消俗稱「海關黑碼」的《中華人民共和國出／入境健康申明卡》的申報，以方便來自不同國家和地區的人士出入內地。
  聯署信件指出，香港有接近二十六萬六十五歲以上人口使用非智慧手機，長者在使用智慧手機填寫資料方面有困難，令部分長者未能順利入境。另外，關口網絡不穩導致無法順利生成二維碼，很多香港市民反映由于用的手機是香港網絡而遇上網絡不穩的情况，因此填寫資料遇上困難，無法生成通關所需的二維碼。上述問題除了造成關口的擁擠現象外，亦不利於香港與內地人民的往來以及疫後社會經濟、民生的恢復。現時疫情情況已經趨於穩定，希望海關總署以及其他相關部門在平衡防疫以及便民的情況下，研究取消「黑碼」，讓兩地居民的往來及交流更暢順。
  李慧瓊也在社交網站發文表示，前幾天與多位民建聯成員到澳門考察，感覺到所有通關程序都高效便捷，因而希望內地相關部門也能考慮取消填寫「健康申明卡」的安排。她收到不少聲音反映，希望能取消出入境「黑碼」的安排。
  其實，李慧瓊早在赴京出席全國人大常委會的會議之前，就曾經透過各種平台，包括臉書和出席電台節目等，大聲疾呼，建議海關總署審時度勢，適時取消「海關黑碼」。她指出，目前內地已經不再追踪新冠肺炎確診個案，而且在通關時，「黑碼」僅僅作為掃描過機之用途，內地海關並未對申報內容進行核查，因而「黑碼」的用途存疑，其效能確實值得重新檢視，而電子填表又令不懂用手機的人難做，因而有必要研究在目前環境下是否具備取消的條件。
  目前內地口岸海關實施的俗稱為「海關黑碼」的《中華人民共和國出／入境健康申明卡》的申報措施，是於今年一月間開始實施的，是基於國務院聯防聯控機制宣布將新冠肺炎疫情由「乙類甲管」調整為「乙類乙管」，取消核酸檢驗陰性結果通關檢疫措施後，在對外口岸實施的新通關檢疫措施。具體在珠澳口岸來說，是以「海關碼」取代含有核酸檢測結果的「粵康碼」系統，珠澳口岸出入境人員使用「海關旅客指尖服務」小程序進行健康申報。而在澳門口岸方面，進出澳門也無須使用「澳門健康碼」進行健康申報。
  在「海關碼」使用初期，申報程序較為複雜，由於不少人不熟悉「黑碼」、手機沒有網絡，又或者無下載微信用來掃碼，在關口造成擠塞。隨後海關健康申報進行優化，阻塞情況得到一定程度的緩解，但是「黑碼」僅限一日內使用，令須經常往返兩地的市民極度不便。
  對此，內地的相關部門是相當盡責的，在注意到長者申請「海關碼」多所不便後，派出工作人員在關口協助長者申請「海關碼」。而且也與時俱進地簡化申請「海關碼」所需的程序和資料，如不再要求申請者填寫離境十四日前曾經到過哪一個內地城市；申請過一次「海關碼」後，未來再次入境或出境前的十四天只要未曾到過外國，只須按一下「自動修改」的鍵鈕，便能輕鬆地完成下一次的健康申報等。
  但「海關碼」的功能是否真正有效，仍然令人存疑。實際上，現時旅客申請「海關碼」須自行申報有否新冠肺炎相關病徵，但按現時機制，申報內容真偽主要依靠申報者的誠信。雖然在「海關碼」操作頁面，有警告如虛假申報需負刑事責任，但由於內地海關似乎未有認真核查，處理較為寬鬆，掃碼即過，有意瞞騙者極易蒙混過關，令「海關碼」淪為虛設。何況，內地與澳門已不再追蹤確診個案，因而再實施「海關碼」等於是多此一舉。而且，「海關碼」的申請者進入內地的十四日前，是否真的曾到過外國，主要依靠申請者自主申報。因而有可能會有部分進入內地前曾到外國的人，便有可能靠虛報蒙混過關。這不同於查緝「走私」，倘走私者從「免申報通道」通關，可以從其攜帶實體「私貨」而坐實其「走私」行為；而對「海關碼」的虛報，根本無從驗證查緝，因而等於「海關碼」是虛設。實際上，從「海關碼」實施半年多來，尚未有過「揭發虛報」的報導。而在同一時段內，卻經常有揭發走私案的報導「出鏡」，兩者形成鮮明的對比。
  目前，雖然珠澳口岸的每日旅客通關流量，尚未恢復到疫前的水平，但也已相當可觀。據珠海邊檢總站七月十九日消息，今年上半年該總站共查驗經拱北、港珠澳大橋、橫琴、青茂、灣仔和九洲港等轄區主要對港澳口岸出入境人員七千三百餘萬人次，同比去年增加了一千八百萬人次。其中，拱北口岸日均客流量達二十五萬人次，粵澳深度合作區內的橫琴口岸上半年出入境客流量達七百餘萬人次，粵澳新通道青茂口岸今年單日客流量連續十一次創出歷史新高，單日最高客流量達九點四萬人次，較開通初期增長百分之一百五十。而隨着「澳車北上」和「港車北上」等政策陸續實施，上半年，與香港、澳門路橋連接的港珠澳大橋珠海公路口岸出入境車輛達一百二十五萬輛次，同比增長約百分之六十九。拱北口岸上半年出入境車輛突破一百一十三萬輛次，其中單日最高車流量在六月二十一日，突破八千五百輛次，創下近三年紀錄。此外，經橫琴口岸的澳門單牌車數量約三十四萬輛次，同比去年翻了一番。估計，在下半年，旅客流量可能會逐步恢復疫前的水平。在此情況下，「海關碼」對口岸工作造成的負荷就會愈來愈大，可能成為阻礙恢復旅客流量的阻力。這對於加強兩地跨境人流往來，相互拉動消費和投資，推動粵港澳大灣區發展，並非是正面因素。因此，有必要研究取消「海關碼」措施，縮短通關時間，便利跨境往來，促進兩地經濟發展。
  李慧琼向全國人大新設立的代表工作委員會遞交取消「海關黑碼」的建議書，是由全體三十六位港區全國人大代表聯署的，可見港區全國人大代表觀察事物較為接地氣，觸角較靈敏，而且同心一致。但如果澳區的全國人大代表在此議題上無動於衷，並不跟進，可能就會令他們的建議書的效力受到削弱，使得這項對澳門居民、澳門經濟復甦發展也大有裨益的建議，未能引發中央有關部門的足夠注意。因此，澳區的全國人大代表，也宜緊緊跟隨下港區全國人大代表，連署建議書，建議取消「海關黑碼」。