在台灣地區領導人賴清德三月十三日推出「十七條措施」後，台灣當局各部門加快推出執行的具體舉措。其中一項是計劃修改《港澳關係條例》，除了是要將港澳居民赴台定居制度，從現行的居留滿一年可申請定居的規定研擬調整改為四年，以及增加「長期居留」的選項，讓港澳居民獲取類似永久居留，但沒有身分證或投票權之外，還擬將《兩岸關係條例》有關十一職等及以上公務員若赴大陸，需先取得「內政部」許可的規定，移植到《港澳關係條例》，使得現時十一職等及以下公務人員假日可自行前往陸港澳不受規管，收緊為如同前往大陸地區，必須事先向「內政部」提出申請，亦即是在這個領域，將港澳視同大陸地區。
  台灣地區公務人員的職等分第一至第十四職等，其中簡任為第十至第十四職等。簡任第十一職等通常擔任部會副司（處）長、署（局）主任秘書等職務，對應於大陸地區部委的副司局長或省級機關的副廳長，或澳門特區的副局長。
  其實，部分民進黨人早就有意廢除《港澳關係條例》，將港澳事務納入大陸事務管理。現任「內政部長」，與賴清德同屬「新潮流系」尤其是「南流」的劉世芳，在二零零二年七月一日出任「行政院秘書長」後沒幾天，就「語出驚人」地向台灣媒體聲稱，《兩岸關係條例》九月份將提出全面修法，《港澳關係條例》亦考慮朝廢除方向思考，將併入《兩岸關係條例》規範。她胡扯說，由於港澳地區有很多事務已經大陸化，因此《港澳關係條例》可能考慮廢除。劉世芳此語一出，當即震驚四方。不但是熱心於港澳台民間交往交流人士百思不解，以為台灣當局的港澳政策將會出現大逆退，並擔心日後在推動港澳台關係健康發展方面將會遇到極大困難，而港澳居民的既有權益亦將會受到極大損害，而且連主責管理大陸和港澳事務的「陸委會」，也擔心劉世芳此言將會引起思想混亂，給其主持的港澳事務工作造成干擾，據說曾通過相關渠道予以關切、了解，並婉轉地向媒體間接澄清劉世芳的言論。而劉世芳在得知自己「失言」之後，曾致電「陸委會」主委蔡英文致歉，但仍堅持不肯公開對媒體收回自己的「將考慮廢除港澳關係條例」的胡言。
  實際上，蔡英文當時是對劉世芳要廢除《港澳關係條例》之言極為震驚的，也給予了極大的關切。這是因為，《港澳關係條例》是台灣當局為規範「九七」、「九九」後的台港、台澳關係而制定的基本法律依據，是台灣當局對港澳政策的集中體現。台灣當局之所以要制訂《港澳關係條例》，是因為：一方面，港澳回歸後是中國的特別行政區，與大陸其他地區實行的社會、經濟制度不同；另一方面，台灣歷來與港澳有直接且密切的關係，繼續維護和發展與港澳地區原有的各種關係，是台灣當局的利益所在。但是，港澳回歸中國，成為祖國大陸的一個組成部分之後，台灣當局若不另行立法，其《兩岸關係條例》也將自然適用於港澳兩地。而且根據當時尚未「凍結」「終止適用」的《國統綱領》的規定，兩岸交流在進入「中程階段」之前，台灣不能與大陸進行直接的經貿往來。倘若如此，台灣與港澳間長期以來的直接關係便不能維持。故此，台灣當局制訂《港澳關係條例》的最主要目的，是將港澳區別於大陸其他地區，為規範與港澳地區的直接關係提供法律依據。正因為如此，《港澳關係條例》的第一條就明文規定，「為規範及促進與香港及澳門之經貿、文化及其他關係，特制定本條例」，並強調「本條例未規定者，適用其他有關法令之規定。但《台灣地區與大陸地區人民關係條例》，除本條例有明文規定者外，不適用之」。
  因此，《港澳關係條例》就在實際上承認港澳成為祖國大陸的一部份，及中共在港澳實行「一國兩制」的現實的同時，將港澳地區定位為既不同於一般大陸地區，也不同於外國的「特別區域」和「第三地」，並在此基礎上維持港台、澳台的直接關係，對許多涉港澳事務的管理，都「准用」或「類推適用」台灣有關涉外管理辦法。更重要的是，《港澳關係條例》第六條規定，「『行政院』得於香港或澳門設立或指定機構或委托民間團體，處理台灣地區與香港或澳門往來有關事務」，為「陸委會」香港事務局（中華旅行社）和澳門事務處（台北經濟文化中心）分別駐留香港，澳門，賦予了法源依據。如果廢除《港澳關係條例》，並將其內容併入《兩岸關係條例》，就不但是港澳居民前往台灣必須像大陸人民那樣受到嚴苛的限制，港澳地區與台灣地區之間也不能直接通航，給台港和台澳民間交往交流帶來極大的不便，而且連香港「中華旅行社」和澳門「台北經濟文化中心」（後來均改名為「台北經濟文化辦事處」）也須摘下招牌撤回台灣。
  當時蔡英文不滿劉世芳「廢除《港澳關係條例》」之言，還有一個屬於「私人」的原因。那就是，《港澳關係條例》是她蔡英文的「心血結晶」，豈能隨便毀之。實際上，一九九三年十二月，李登輝決定委託香港中文大學教授翁松燃和台灣政治大學教授蔡英文，擬制《港澳關係條例》的法案。其中蔡英文為條例法案硏修小組的召集人，翁松燃則以其在港澳人脈關係較廣，及熟悉港澳情況的特長，擔任類似蔡英文的顧問的角色。蔡英文在台灣地區物色了一批法學界的學者專家，包括她在政治大學的同事黃立教授、講師蔡孟佳，和台灣大學教授蕭全政、副教授羅昌發，東吳大學副教授楊光華等，參與該項小組的工作。在擬制法案期間，該小組由蔡英文、翁松燃率領，並在「陸委會」港澳處的「白手套」——「中華民國港澳協會」的執行長、政治大學教授金神保陪同，還有「陸委會」港澳處的職員，以「中華民國港澳協會研究員」的身份隨同下，先後三次到港澳召開座談會。其中第一次是向港澳各界（主要是親台人士，及不分左右的媒體代表，下同）介紹台灣當局擬制《港澳關係條例》的宗旨及構想，並調查瞭解港澳地區的具體情況。第二和第三次則是分別攜帶《港澳關係條例》的初擬稿和草案，徵求港澳各界人士的意見。
  蔡英文在第一次到澳門調查研究時，向參加座談會的澳門各界人士介紹了《港澳關係條例》的立法宗旨。台灣當局認為，大陸採用「一國兩制」方式設立特別行政區，採用不同於內地的法制，甚至在港澳基本法中將港澳分別列為單獨關稅領域，因此他們如果將港澳與大陸一視同仁，必將徒增困擾，並直接挑戰《國統綱領》「中程階段」的「三通」。因此，《港澳關係條例》以港澳地區實施資本主義制度與生活自由方式不變為前提，將台港澳關係相當程度地獨立於兩岸關係之外，將二者區別對待。
  經歷兩年多的工作，蔡英文率領的研擬小組終於完成了《港澳關係條例》的起草工作。一九九七年三月十八日，「立法院」三讀通過了《香港澳門關係條例》。
  因而可以說，現在賴清德當局在部分領域將港澳事務視同及納入大陸事務管理，等於是否定當年制定《港澳關係條例》將港澳視為「第三地」的初衷，「打臉」草擬《港澳關係條例》法律草案的蔡英文。在一定角度上，也可以說是「賴英大戰」的一部分。