台灣民眾黨已經決定在八月十日召開「全代會」。這將是黃國昌接任黨主席後首次主持「全代會」，卻首先就遇到與其切身利益密切相關的問題，不知道「全代會」在討論審議及表決該議題時，他是否需要「迴避」？
  這個議題是：廢除「不分區立委」的「二年條款」。據說，民眾黨中央委員許正憲正在與不是民眾黨黨員，但卻是「挺柯」的直博主的陳清茂，共同發起廢除「二年條款」的黨代表連署，目前已獲得超過二十位黨代表的支持。
  其實，在六月十八日召開的民眾黨中央委員會會議上，就有中央委員提出建議，暫緩執行「兩年條款」，直到柯文哲被放出來後再回復，但此提案最終只是停留在討論階段。有知情人士透露，秘書長周榆修私下希望基層先提案，最後再由黨主席黃國昌決定是否廢除或暫緩「兩年條款」。
  但按照民眾黨實行的「民主集中制」原則，這麼重大的策略改變，不應由黨主席一人作出決定。而且，黃國昌更是「兩年條款」的直接利害相關人，為了避免惹來「挪火為自己煮食」之詬議，也不宜由個人自行作出決定。最適當的方式，還是交由﹝全代會」議決。
  所謂「二年條款」，是時任民眾黨主席的柯文哲，於二零二三年在拼湊民眾黨參加「二零二四」大選的「不分區立委」候選人名單時，遇到了「人才難找」的困擾。因而也就「沒有魚，蝦也好」地「海選人才」，導致良莠不齊。而為了「穩定軍心」，讓候選人們感覺到有希望，柯文哲就提出了「兩年輪換制」，並要求三十四名候選人都簽署「當選兩年後卸任同意書」，而讓排在前二十名的候選人都「搏曬老命」地為民眾黨「區域立委」候選人拉票，並「谷行」民眾黨政黨票的得票率。
  在「二零二四」大選中，民眾黨在「區域立委」和「原住民立委」選舉中，只獲得四十萬三千三百五十七票，得票率為百分之二點九六，所提名的十一名「區域立委」和「原住民立委」候選人全部「名落孫山」。但「不分區立委」選舉卻大有斬獲，獲得三百零四萬零六百一十五張政黨票，得票率為百分之二十二點零七，獲得分配八個「不分區立委」議席。按照排名次序，是由黃珊珊（前臺北市副市長）、黃國昌（台灣公益揭弊暨吹哨者保護協會理事長）、陳昭姿（代理孕母合法化推動人）、吳春城（戰國策傳播集團創辦人）、麥玉珍（台灣新住民黨黨主席）、林國成（民眾黨臺北市黨部主委）、林憶君（藥師公會全聯會秘書長）、張啟楷（資深媒體人）當選。
  而按照「二年條款」的約定，他們的「立委」職務將要在二零二六年一月三十一日終止，由「不分區立委」候選人名單中，排在第九至十六名的劉書彬（東吳大學政治系教授）、洪毓祥(前資策會軟體研究院副院長)、蔡春綢(中華陽光推展關懷協會理事長)、王安祥(中正大學社會科學院院長)、邱慧洳(臺北護理健康大學通識教育中心教授)、陳清龍(台中市議員)、李貞秀(新住民代表)、許忠信(前「立委」)接任。
  這就將會遇到大問題，因為除了其中的許忠信不是「菜鳥」，及陳清龍具有「直轄市」議會的議事經驗之外，其餘各人都沒有參政的經驗，甚至連最基本的議會議事常識也付之闕如，因而將難以發揮民眾黨黨團目前的戰力。尤其是在民進黨有可能會「罷免」若干席國民黨「立委」，導致「立法院」議席結構比例「此消彼長」，更需要民眾黨黨團加強戰力的情況下，接棒「立委」人選的戰力卻是難以銜接，甚至無力反擊民進黨黨團總召柯建銘的無理纏鬥，民眾黨在台灣地區的政治舞台上的影響力就將會逐漸消淡。
  另一個更為尷尬的前景是，現在身為民眾黨主席及民眾黨「立法院」黨團總召的黃國昌，也將會受到「二年條款」的規限。如果他因此而卸任「立委」，一方面民眾黨黨團缺乏像他那樣有實力及毅力的總召，再加上新任「立委」們大多是「菜鳥」，「潺將帶弱兵」，難以發揮戰力；另一方面，黃國昌在失去「立法院」舞台後，就會變成「陽春黨主席」，也難以持盈保泰。
  但是，倘若是廢除「二年條款」，可能又將會遭到黨內外的詬議。一方面，將會涉及到民眾黨的誠信，而且按照某些參與連署者的要求，只是對黃國昌、陳昭姿、林國成、張啟楷實行廢除「二年條款」，對不獲留任者也不公平；而且，發起連署的中央委員許正憲，其正職是張啟楷的嘉義辦公室主任，雖然張啟楷否認是由他發起，但始終讓了人有「此地無銀三百兩」之感。另一方面，「二年條款」是由民眾黨創黨人及前主席柯文哲確立的，而現在柯文哲正被困於看守所，在此敏感時刻廢除由其一手創立的「二年條款」，也含有對「柯P」不尊重的意涵。因此，也有人「中間落墨」，提出「暫緩執行」的建議，等待柯文哲被放出來之後再定奪。
  最尷尬的是黃國昌，因為他就是「二年條款」的「利益相關者」，而且在加入民眾黨時，是答允只做兩年「立委」的。現在他卻以黨主席的身份，背棄承諾，政治觀感坍塌。
  但似乎是「有彎轉」。作為「二年條款」的當事人，時任民眾黨秘書長謝立功，日期透露，八名「不分區立委」中其實只有一人簽名，但他不能透露是誰。如果黃國昌被證實沒有簽名，就不算是「背棄承諾」。另外，柯文哲在招攬黃國昌入黨並安排在「不分區立委」的安全名單時，是與黃國昌達成「不參與黨務運作」的默契的。但黃國昌在當選「不分區立委」及出任民眾黨黨團總召後，主導黨團的征戰議題，並籍著與國民黨黨團的合作，叱吒風雲，獲得所有「立委」中最高流量，並在柯文哲蒙難後，帶領民眾黨進行抗爭，獲得柯文哲高度信任並「託孤」，指定他代理黨主席，並指示他主持黨主席補選。這不但是由柯文哲親自撕毀「黃國昌不參與黨務運作」的默契，而且也正是黃國昌在黨主席補選獲得黨員們高度支持的重要原因。既然連「不參與黨務運作」的默契都可以推翻了，困惑他的「二年條款」也可以廢除了。