台灣「國安局泄密案」的後果，相當嚴重。但對陳水扁來說，卻極有可能是「塞翁失馬」，讓其終於找到一個要將情治系統「全面綠化」的突破口，借此大肆清洗反對「台獨」的工作人員，將情治系統打造成「陳家軍」。

誠然，「國安局泄密案」對台灣當局的短期影響，是頗為嚴重的。這一事件不但嚴重威脅其海外情報人員的生命安全，而且也令情治系統多年來辛苦經營才建立起來的情報網站陷於崩潰。更重要的是，國際情報合作是建構在誠信的基礎之上的，而這一事件卻將台灣當局與美、日、南非等國家的情報合作爆光，必然會使對方今後對是否繼續合作存有顧忌。有消息說，這次秘密資料外泄嚴重影響二十個工作站，其中已有四個危殆工作站緊急撤離，五個准備撤走，六個降低運作功能及五個停止活動，雖然這二十個工作站只是台灣情治系統全球四百多個工作站的百分之五，但以情治系統的隱密性質而言，已等於是情報網被撕開了一個大缺口。另外，台灣當局日後要推行「務實外交」，也將會相對會困難一些，因為對方的相關人員擔心收受賄賂的行為不知何時會被泄漏爆光，今後會有所顧忌，除非是其所服務政府的政策是要發展與台灣的實質關係，他們是以公務行為以作配合。

然而，「國安局泄密案」卻又給陳水扁清洗及整頓情治機構，提供了絕佳機會。實際上，無論是李登輝，還是陳水扁，雖然一方面利用情治機構來為其推行「兩國論」、「漸進式台獨」路線服務，打壓「統派」人士，但另一方面又對情治機構基層成員的「忠誠度」不足而疑慮重重，並被一些情治人員的「窩裡反」鬧得心

緒不寧。這是因為，老一輩的情治人員，大多是胸懷「反共復國」理念的外省籍人士，他們在強烈「反共」的同時，亦堅決「反獨」。因此，當李登輝暴露出其「獨台」真面目後，一些情治人員便對李登輝產生了離心傾向。最明顯的例子，是在歷次公職選舉中，「國安局」幾乎成了先是新黨後是親民黨的「暗堡」。而在平時，「國安局」的一些工作人員，也伺機將不利於李登輝或陳水扁的資料透露給新黨或親民黨的公職人員。比如，郁慕明、馮滬祥以往先後幾次在「立法院」對劉泰英對美國政治獻金、蘇志誠「兩岸密使」等事件提出質詢，據說資料來源就是由情治人員私下提供。甚至，馮滬祥還可拿出情治人員偷錄他與「總統府」副秘書長陳昭南的密談內容，而馮滬祥也毫不諱言錄音帶是由情治人員提供。

正因為如此，當「國安局泄密案」發生後，台聯黨就一口咬定是親民黨在作主導。這除了是抓住《壹週刊》記者謝忠良是親民黨發言人謝秉公的胞弟，親民黨籍「立委」李慶安、劉文雄等人亦收到載有「國安局醜聞」資料的光碟之外，就是出於李登輝及台聯黨中人早就對「國家局」基層人員與親民黨關係密切看不順眼，要趁此機會斬斷兩者關係的心理及動機。

當然，李登輝、陳水扁也不會老是坐等捱打，早就有意整頓情治機構。除了是在任命高級主管官員時，竭力設法安插自己的親信之外，就是改變招聘新人政策，將一大批懷有本土觀念的本省籍青年招收進情治機構。假以時日，老一輩情治人員陸續退休後，這些經過歷練的青年就可逐步補替之。透過新陳代謝，本省籍情治人員就逐步取代外省籍情治人員，使台灣的情治機構由過去的「反獨大本營」變成了為「獨台」護航的「急先鋒」。

實際上，在過去的三、四十年來，台灣情治系統招聘新人的程序，是先審查後考試，亦即是在對報考人進行嚴格的政治背景審查之後，才讓合格者參加考試，擇優錄取。而審查的標准，除了是否具有「中共背景」之外，就是是否懷有「台獨」意識，兩者均遭淘汰。由此，審查官寧可對外省籍軍公教人員的子弟放行，也不願將機會提供給本省籍的青年，甚至是只對外省籍軍公教人員的子女進行內部招聘，並不對外公開招考。而在李登輝上台之後，為了為推行其「獨台」路線掃除障礙，修改了情治機構招聘新人的程序，變成了先考試後審查，向社會開放報名，凡是具有所需要學歷的社會青年都可以報名。在經考試後，成績達要求者才進行審查，但已放鬆了對「本土意識」的限制，這就讓一大批具有「台獨」意識的本省籍青年進入了情治機構。經過幾年來的歷練，其中一些人已經「上位」，再假以時日，他們就有可能會成為情治機構的中堅及主流力量。

不過，由於歷史的原因，情治機構的中層以上骨幹及負責官員，大多仍是色彩偏「藍」，這仍是陳水扁要推行「漸進式台獨」的一大隱憂。而「劉冠軍案」尤其是「泄密案」的發生，正好就給陳水扁一個藉口，以「清除內奸」之名將這些偏「藍」人員清洗出去，或是迫使這些偏「藍」人員此後乖乖「聽話」。因此，近日台聯黨及民進黨的「立委」要搞「忠誠」活動，說不定就是在與陳水扁的整頓活動唱雙簧，至少也是為陳水扁營造「民意後盾」。

因此相信，陳水扁在緊急處理好「泄密案」的後遺症，採取了補救措施之後，下一步就極有可能是對「國安局」以至整個的情治系統進行政治大清洗，使情治機構真正成為「為漸進式台獨保駕護航」的「橋頭堡」。