開放兩岸「三通」，在台灣地區形成了一股強大的民間輿論。就連被視為「民進黨准機關報」的《台灣日報》，也發表了題為《加入ＷＴＯ之後，兩岸應認真思考三通課題──兩岸直航可以節省時間金錢，有助於提升競爭力，更可鼓勵根留台灣》的社論指出，兩岸如能擱置主權爭議，致力經濟合作，既可造福兩岸人民，也將為東亞帶來安定，有助於世界和平。歷經波折的「小三通」終於開啟金廈定期航班，兩岸的直航之路，又再度跨出了一小步，這得歸功於兩岸政府的「默契」。且從台灣與港澳之間的互動模式來看，只要拋開無謂的政治糾纏，兩岸關係仍有實質進展。事在人為，就看兩岸領導人的眼光和智慧了。執政民進黨似是覺得「民氣可用」，據說有可能利用今年五月二十日陳水扁就職兩周年紀念發表文告之機，正式提出「三通」訴求，一方面是為了為陳水扁兩年後競選連任「總統」創造績效，收攏人心，另一方面也是要繼續做「好戲」給美國人看，並「將」最先提出「三通」訴求的北京當局一「軍」。

按照「陸委會」的設想，有關兩岸通航的腹案，是以「先海後空、先貨後客」為政策目標，面對「兩岸境外航運中心」實施已屆滿五年，兩岸海運將是下一波發展之方向，應在「確保國家安全，尊嚴以及全民福祉」的前提下，循序推動兩岸航運往來。為配合這一政策導向，「交通部」運輸研究所進行了一系列調查研究，並提出了幾個報告書，其中《兩岸航政管理體制問題與因應對策之研究》一種中所議及的幾個問題，就台灣當局對實施兩岸海運直航的政策和策略問題，提出了一系列對策。

該研究報告認為，在中共堅持「一個中國」前提下，實不可能與台灣方面簽訂雙邊協定，加以目前並無協商談判的條件如由海基、海協兩會舉行通航協商，充分交換意見，待初步達成共識後再提請雙方政府核決，應較直接由官方接觸而想獲得回應，更為務實及便利。由於兩岸通航對航商具有直接利害關係，必須考慮業者的意願，若要由航商在「政府」監督下，如主管機關以顧問方式參加雙方民間組織間的協商，再俟機進行官方正式接觸協商，簽署通航協定或協議書。若官方因意識型態而無交集，則仍可退而依據民間諮商所達成之共識，以資遵循，亦為可行之道。

該研究報告從航政管理的角度指出，政治意識形態桎梏兩岸航運之經營發展，協商空間因「一個中國」問題使交集更少而尖銳化，無法單純以市場機制主導或決定兩岸間的運輸方式。但兩岸直航的經濟利益主要在於台灣方面，故台方應就經濟層面多加考量通航的利弊。針對兩岸航政管理體制的差異，產生對兩岸直航的影響，則仍需在」雙向同步，互惠互利」情況下漸次開放，並冀求各自善意回應的配合。而有關兩岸通航主要航政管理問題較可行的協商方向，則有以下幾點：

一、航運規範與法規問題。雙方船舶或船員再進入對方領海及港口期間，應遵守對方的法律規章。而其也有關法律適用及法律衝突事項，則依相關國際公約或海事慣例處理，並得以契約約定法規的適用、管轄及仲裁辦法。

二、航線與船舶旗號問題。依對等原則開放兩岸航線的申請、營運，並由各自航政主管機關監督。而為保障航行安全，共同遵守雙方約定航線所設定的航道。進入對方領域時，依該管轄規定懸掛識別旗幟。而雙方航政主管機關除各驗船協會所核發航行安全証書查驗外，其他船舶文書的查驗作業應予簡化，或甚至免除。

三、兩岸直航港口問題。兩岸直航仍以兩岸間營運的港口為限，可分階段逐擴增境外航運中心的港埠，到未來直接通航真正開放通商的港埠。而開放的港口以有海關管轄的國際商港為主，對於不定期船則不予限制或指定港口。台灣地區可能陸續開放台中、基隆兩港，大陸方面則希望開放台灣航商殷切盼望的「廣、大、上、青、天」等港〔按：即廣州、大連、上海、青島、天津〕。

四、航運產業競爭問題。兩岸對航商及船舶與船員的認定，仍以兩岸人民登記設立或依法認可者為主。有關船員、航商的待遇應對等，至少應不低於外籍船員的待遇。准許雙方航商得於對方設立分支機構或指定代理人。稅費收取則依平等互惠原則，不得高於其他外籍船舶，甚至可相免徵所得稅或營業稅。

五、海事合作問題。航運安全較政治層面較易形成共識，兩岸目前已逐步推動完善台灣海峽的航行安全保障體系，透過民間組織力量建立聯繫管道，可加速解決面臨之海事問題，共享兩岸資源。達成共識後來提請雙方主管機關係速推動。

該研究報告還針對台灣地區的情況，提出了一些改善建議，包括盡速改善航政管理組織與體制，推動成立航政局；引進企業經營的觀念，建立現代化的航政管理制度；加速相關海事立法國際化；推動航政管理制度化與法治化等。另外，該研究報告還就兩岸海事合作問題提出了一些對策，包括海難搜救合作〔有效的建立通報系統，迅速執行應變工作，維持大型海上油污染的應變能力與設備，規划應變所需的各項訓練協調，並制定參考准則，建立監測系統與體系〕，海上油污染防治等。〔台北專電〕